| 查看: 3034 | 回复: 9 | ||
小白如水铁杆木虫 (小有名气)
|
[求助]
opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
|
|
我想获得amber下乙烯的力场，查到了乙烯在opls下的参数，想转换到amber下。 查了相关文献，有的把甲烷opls下的参数用到amber力场中，可是我前后对比发现怎么数值不对应呢？比如甲烷中的碳opls下L-J参数是0.35nm和0.276kj/mol，文献中引入到amber下，怎么就变成0.3207和0.251了呢？ 请大家帮帮忙。谢谢  amber下甲烷L-J参数  opls下甲烷L-J参数（表中第五六行为甲烷，单位换算后还是对不上） |
回复此楼» 猜你喜欢
085602调剂 初试总分335
已经有10人回复
-
081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校
已经有12人回复
-
085410人工智能 初试316分 求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有10人回复
-
353求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
材料化工306分找合适调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
工科求调剂
已经有13人回复
-
复试调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- matlab拟合拟均相动力学参数
已经有6人回复
- castep 几何优化中的参数设置
已经有4人回复
- 求690合金电化学腐蚀参数及电解液，做极化曲线和交流阻抗的~
已经有7人回复
- 求助，高手帮帮忙，关于势参数的问题
已经有5人回复
- pdf转换成word的问题
已经有4人回复
- Johnson-cook本构模型参数
已经有16人回复
- [求助]matlab画一个非参数方程的三维图形
已经有3人回复
- 植物光合荧光参数请教
已经有10人回复
- G09集群计算结果的chk文件转换问题
已经有7人回复
- amber中硅原子键参数如何获取？
已经有8人回复
- 关于Dictra计算的问题（主要是参数调整，数据库数据添加）
已经有20人回复
- 【求助】低碳钢 Q235的材料物理性能参数
已经有3人回复
- 【求助/交流】求助关于Spss的非参数检验的问题
已经有3人回复
| 祝福 |
2楼2012-01-08 19:19:48
小白如水
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6011.2
- 散金: 6
- 红花: 3
- 帖子: 232
- 在线: 61.8小时
- 虫号: 1049434
- 注册: 2010-06-29
- 专业: 分离过程
谢谢，挺着急的，文章返修让加上模拟这一块儿，时间比较紧 
3楼2012-01-08 19:29:53
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2012-01-09 08:48:02
小白如水
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6011.2
- 散金: 6
- 红花: 3
- 帖子: 232
- 在线: 61.8小时
- 虫号: 1049434
- 注册: 2010-06-29
- 专业: 分离过程
|
两篇文献分别是 分子模拟研究气体在室温离子液体中的溶解度，Acta Phys．-Chim．Sin．，2005，21(101)：1138-1142 Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids，J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236 opls和amber的力场形式好像是一样的，只是算范德华作用的时候一个用的是L-J参数的算数平均一个用的是几何平均。我也不知道该怎么办。刚接触分子模拟不久，参数弄得我很混乱。。。。请大家指点。 |
5楼2012-01-09 10:15:31
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2012-01-09 13:50:48
小白如水
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6011.2
- 散金: 6
- 红花: 3
- 帖子: 232
- 在线: 61.8小时
- 虫号: 1049434
- 注册: 2010-06-29
- 专业: 分离过程
7楼2012-01-09 21:43:38
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2012-01-09 22:43:44
小白如水
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6011.2
- 散金: 6
- 红花: 3
- 帖子: 232
- 在线: 61.8小时
- 虫号: 1049434
- 注册: 2010-06-29
- 专业: 分离过程
谢谢你，我还是不要纠结于参数问题了，选opla-aa的参数先算起来再说，马上要放假了，争取年前搞定 9楼2012-01-10 18:21:00
10楼2020-12-18 11:38:39
