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小白如水铁杆木虫 (小有名气)
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opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
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我想获得amber下乙烯的力场，查到了乙烯在opls下的参数，想转换到amber下。 查了相关文献，有的把甲烷opls下的参数用到amber力场中，可是我前后对比发现怎么数值不对应呢？比如甲烷中的碳opls下L-J参数是0.35nm和0.276kj/mol，文献中引入到amber下，怎么就变成0.3207和0.251了呢？ 请大家帮帮忙。谢谢  amber下甲烷L-J参数  opls下甲烷L-J参数（表中第五六行为甲烷，单位换算后还是对不上） |
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谢谢你，我还是不要纠结于参数问题了，选opla-aa的参数先算起来再说，马上要放假了，争取年前搞定 
9楼2012-01-10 18:21:00
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谢谢，挺着急的，文章返修让加上模拟这一块儿，时间比较紧 3楼2012-01-08 19:29:53
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4楼2012-01-09 08:48:02
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两篇文献分别是 分子模拟研究气体在室温离子液体中的溶解度，Acta Phys．-Chim．Sin．，2005，21(101)：1138-1142 Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids，J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236 opls和amber的力场形式好像是一样的，只是算范德华作用的时候一个用的是L-J参数的算数平均一个用的是几何平均。我也不知道该怎么办。刚接触分子模拟不久，参数弄得我很混乱。。。。请大家指点。 |
5楼2012-01-09 10:15:31
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