应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
101/1返回列表
查看: 2937  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题

我想获得amber下乙烯的力场，查到了乙烯在opls下的参数，想转换到amber下。
查了相关文献，有的把甲烷opls下的参数用到amber力场中，可是我前后对比发现怎么数值不对应呢？比如甲烷中的碳opls下L-J参数是0.35nm和0.276kj/mol，文献中引入到amber下，怎么就变成0.3207和0.251了呢？
请大家帮帮忙。谢谢

amber下甲烷L-J参数



opls下甲烷L-J参数（表中第五六行为甲烷，单位换算后还是对不上）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-08 19:13:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hls85915
祝福
2楼2012-01-08 19:19:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
谢谢，挺着急的，文章返修让加上模拟这一块儿，时间比较紧
赞一下 回复此楼
3楼2012-01-08 19:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-09 09:26:47
小白如水(金币+1): 2012-01-09 21:44:27
能不能把文献附上
你是要把opls的参数转化为amber的形式呢, 还是要和amber力场混合使用? 一般是使用一套力场参数, 实在不行了再引用其他的参数.
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-01-09 08:48:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 043114076 at 2012-01-09 08:48:02:
能不能把文献附上
你是要把opls的参数转化为amber的形式呢, 还是要和amber力场混合使用? 一般是使用一套力场参数, 实在不行了再引用其他的参数.

两篇文献分别是
分子模拟研究气体在室温离子液体中的溶解度，Acta Phys．-Chim．Sin．，2005，21(101)：1138-1142
Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field
on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids，J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
    opls和amber的力场形式好像是一样的，只是算范德华作用的时候一个用的是L-J参数的算数平均一个用的是几何平均。我也不知道该怎么办。刚接触分子模拟不久，参数弄得我很混乱。。。。请大家指点。
赞一下 回复此楼
5楼2012-01-09 10:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小白如水(金币+1): 2012-01-09 21:43:47
御剑江湖(金币+3): 2012-01-11 19:45:43
应该是中文文献的问题, 不知道从哪引用的参数, 根本对不上
力场的问题最好与比较好的文献中一致, 先解决比较特殊的原子类型
不过你这也太猛了, 完全不明白就敢往文章里写
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-01-09 13:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 043114076 at 2012-01-09 13:50:48:
应该是中文文献的问题, 不知道从哪引用的参数, 根本对不上
力场的问题最好与比较好的文献中一致, 先解决比较特殊的原子类型
不过你这也太猛了, 完全不明白就敢往文章里写

我还没有改完文章呢。。。原来投的时候没有做分子动力学模拟啊，审稿人非让我加上我也很无奈，实验室倒是恰好有人刚开始做这方面的研究，我就用他们的方法计算，无奈gromacs里没找到乙烯的amber力场参数，搜完文献让我更纠结。。。我感觉应该不会写错的，汪文川老师课题组创建的这个全原子力场也发了很好的文章，这个虽然投到了中文期刊我想也不会有这种低级错误吧。

继续求教大家怎么转化力场参数
赞一下 回复此楼
7楼2012-01-09 21:43:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2012-01-10 10:30:23
小白如水(金币+8): 2012-01-10 18:21:33
汪老师的文献使用的甲烷力场确实引用了OPLS力场但引错了, 他们只开发了离子液体的力场, 这个要分清楚. 是不是低级错误, 这个仔细看就能看出.
乙烯的力场应该很常见, amber力场应该也包含了乙烯的力场, 从amber的原始文献或者官方网站上应该可以查到, 至于gromacs怎么加入这些参数, 手册中应该写的很清楚吧, 注意单位就行了. (没用过gromacs, 只用过dlpoly和namd)
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2012-01-09 22:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 043114076 at 2012-01-09 22:43:44:
汪老师的文献使用的甲烷力场确实引用了OPLS力场但引错了, 他们只开发了离子液体的力场, 这个要分清楚. 是不是低级错误, 这个仔细看就能看出.
乙烯的力场应该很常见, amber力场应该也包含了乙烯的力场, 从amber的 ...

谢谢你，我还是不要纠结于参数问题了，选opla-aa的参数先算起来再说，马上要放假了，争取年前搞定
赞一下 回复此楼
9楼2012-01-10 18:21:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夜月魂

新虫 (初入文坛)
请问amber的Bond Stretching potential parameters中 kb (kcal mol -1   )     与       OPLASS的bond 中kj/mol换算后数还是对不上，这个是如何换算的0.0
赞一下 回复此楼
10楼2020-12-18 11:38:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小白如水 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭