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rainandstar

银虫 (小有名气)

[求助] G09集群计算结果的chk文件转换问题

各位好,我用的是系里的集群服务器,在Linux上进行G09计算的。现在我想看一下一个结构的electrostatic potential surface,这个应该在Gview中查看chk文件才能实现。我已得到chk文件,但是查了手册才发现,在自己的电脑(windows)上,还要在转换为fchk文件才行。
我根据手册和版上几个帖子中提到的方法进行了尝试,结果失败了,下面是我的过程,有经验的同学请帮忙看看问题出在什么地方,应该怎么解决。谢谢

1,我首先尝试SSH远程登录到cluster上直接实现,具体为进入完成该任务的lanth,进入其中g09的目录,输入formchk /home/name/**.chk /home/name/**fchk,给出的提示是command not found。

2,我把得到的chk文件下到自己的电脑上,然后用g9w中的formchk时也不能转换格式,显示为:
Bad file opened by FileIO:    Unit=2 I= 2 FPrev=40960 FCur= 0.
FileIO: IOper= 9 IFileNo<1>=   2 Len=         0 IPos=           0 Q=
4573204
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FileIO.
不知道这个是什么原因。

3,接着上面的情况,我直接把chk文件复制到\g09w\scratch中,然后运行formchk c:\g09w\scratch\**.chk  c:\g09w\scratch\**fchk,屏幕显示为:
fname=c:\g09w\scratch\**.chk  fd = -1

fname=c:\g09w\scratch\**.chk  fd = -1

open-new-file
open-new-file:Invalid argument

总结下来,感觉在SSH上远程用Linux或者在自己电脑上有G09 windows应该都是可以的,但是我不知道哪里的命令写的不对。恩,就是这样了,请多指教。thanks
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xj544

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-02 15:27:52
运行formchk 命令要用绝对路径,比如g09安装在/home,就在终端输入:
/home/g09/formchk *.chk
Good Luck to you!
2楼2011-09-02 15:06:52
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xj544

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

rainandstar(金币+10): 完全正确,已经解决 2011-09-02 21:32:36
运行formchk 命令要用绝对路径,比如g09安装在/home,就在终端输入:
/home/g09/formchk *.chk

就行了。
Good Luck to you!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2011-09-02 15:07:39
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yuanzou3015

银虫 (小有名气)

非常感谢xj544 。
我也遇到了同样的问题,以前在远程上用g03计算完,可以直接输入
formchk ***.chk,将chk文件转化成fchk文件。
最近换成g09计算后,每次输入formchk ***.chk,都会出现下面的错误:
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FileIO
网上搜索了一遍后,刚按照xj544介绍的方法,将命令改成绝对路径,即/opt/g09/formchk ***.chk(g09装在opt文件下),就可以了。
建议楼主也试试吧。

再次感谢。
4楼2011-11-01 16:09:39
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yoyo103108

铜虫 (小有名气)

你好,我也出现你这样的问题,请问你的问题解决了吗?
5楼2014-07-08 10:50:06
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rainandstar

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yoyo103108 at 2014-07-08 10:50:06
你好,我也出现你这样的问题,请问你的问题解决了吗?

抱歉啊,那个结构后来没有再算,但是上面xj544的解释和建议应该是对的,顺带感谢他。
6楼2014-07-09 23:28:13
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wfmi

金虫 (小有名气)

非常感谢,是采用绝对路径解决的问题
7楼2016-01-13 21:45:22
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C-Young

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by xj544 at 2011-09-02 15:07:39
运行formchk 命令要用绝对路径,比如g09安装在/home,就在终端输入:
/home/g09/formchk *.chk

就行了。
Good Luck to you!

谢谢您!解决了困扰我好久的问题!
8楼2017-03-04 23:27:46
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