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836449366

金虫 (小有名气)

[求助] 集群和进程的问题

你好,我有几个问题要问:
1.集群有多少个核数怎样知道?
2.qstat -n后会看到cc02/17+cc02/18, 这个又指的是什么?
3. pbs脚本中,nodes=N:ppn=M, 这个结点,处理器,与核数,进程数有什么关系?
4.pbs脚本中,怎样设置使得任务在指定的计算节点上计算?
5.gjf文件中设置的mem,noprc与pbs脚本上设置的nodes,ppn有什么联系?两者怎样设置才能最大效率的使用集群?
求大神帮忙!
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QHxwzs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-02 09:15:40
1. a: cat /proc/cpuinfo
    b: top 下按 1
2. job在使用 cc02的17 和 18 两个cpu
3. N=请求的节点数   M=请求的cpu数目    至实际使用了多少要看mpirun后面的参数
4. nodes=nodename:ppn=cpunumber
  比如cc02上用2个cpu   nodes=cc02:ppn=2
5.不懂gjf
2楼2013-10-01 01:10:45
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836449366

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by QHxwzs at 2013-10-01 01:10:45
1. a: cat /proc/cpuinfo
    b: top 下按 1
2. job在使用 cc02的17 和 18 两个cpu
3. N=请求的节点数   M=请求的cpu数目    至实际使用了多少要看mpirun后面的参数
4. nodes=nodename:ppn=cpunumber
  比如 ...

谢谢你的回答,
第三个问题能不能具体点, nodes=N:ppn=M, N是请求的节点数;M是请求的cpu数目,我想问的是,M最大能够设置多大?还有什么叫做节点?
第五个问题,不知道大神用过量子化学的高斯软件没有?如果没用过,不懂也是正常,我就简单说说,gjf文件是输入文件,里面有个设置是这样的,%mem=200mw,%nproc=4,我的问题是输入文件中的mem,noprc与pbs脚本上设置的nodes,ppn有什么联系?两者怎样设置才能最大效率的使用集群?
谢谢大神!
3楼2013-10-04 21:23:10
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2013-10-06 09:42:47
N=请求的节点数   M=请求的cpu数
一个节点是有多个核的,比如我们实验室用的服务器是6个节点,一个节点包含12个核,也就是12个cpu。如果N=2,M=12,那么总共有2x12=24个cpu参与计算
一般情况下是要充分利用每个节点的,你可以pbsnodes | more看下每个节点。例如你所提到的cc02就是一个节点,而cc02/0,cc02/1,cc02/2……数下就知道每个节点的核心数了,尽量将M设置为最大核心数
4楼2013-10-05 18:45:40
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