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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

[求助] 原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错

前几天才尝试用gfortran和mpich2编译siesta，通过了，并且在test目录和example、目录下都能够计算得到差不多的结果。由于当时安装的mpich2用的是mpd，后来改用新版的mpich2换hydra作为进程调度的系统，于是重新编译了一下：这次尝试用ifort10+mpich2，编译过程没什么错误，但是在test目录下make，得到的错误如下：
CODE:
[zhoulin@cluster h2o]$ make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential file for H...
    ==> Copying pseudopotential file for O...
    ==> Running SIESTA as ../../../Src/siesta
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002B54A3C4CF8F  Unknown               Unknown  Unknown
make: *** [completed] Error 174

于是我将可执行文件拷贝到第一次正确运行（gfortran编译成功那次）的目录，再次  ./siestaCODE:
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:            1  Label: O Atomic number:           8
Species number:            2  Label: H Atomic number:           1
Ground state valence configuration:   2s02  2p04
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf
Semicore shell(s) with -5 electrons included in the valence for
O
Ground state valence configuration:   1s01
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf
O                    must be in PAO.Basis (it has semicore states)
Stopping Program from Node:    0
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
[unset]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

不明白啊，为啥编译没问题，运行却出错？？

还有曾经还编译出一个版本，在前台可以算，rocks集群系统交到后台有进程，但是不计算，郁闷啊。

求教。

[ Last edited by hnuzhoulin on 2011-7-19 at 16:02 ]
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1楼 2011-07-19 14:42:28
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identation

金虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-07-21 13:23:59
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-19 20:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by identation at 2011-07-19 20:22:05:
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统

哎，确实啊。
我是帮人编译，不用他的，问题多多。。
赞一下 回复此楼
3楼2011-07-20 11:09:27
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-07-20 13:55:57
hnuzhoulin(金币+5): 2011-07-20 16:14:00
貌似mkl库的问题。
linux就是通过牺牲用户体验的方式来保证程序在不同的CPU上都能够高效率运行。设计理念与windows是完全不同的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-20 11:59:35
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2011-07-20 11:59:35:
貌似mkl库的问题。
linux就是通过牺牲用户体验的方式来保证程序在不同的CPU上都能够高效率运行。设计理念与windows是完全不同的。

嗯，我重新写了一下调用mkl库的arch.make文件，现在貌似可以了。
明天去天河上面编译一下试一试。
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5楼2011-07-20 16:15:03
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币-1): 非应助回帖请勿选择应助。 2011-07-21 13:24:25
引用回帖:
Originally posted by hnuzhoulin at 2011-07-20 16:15:03:
嗯，我重新写了一下调用mkl库的arch.make文件，现在貌似可以了。
明天去天河上面编译一下试一试。

顺便问一句，天河上面能用vasp或者MS吗？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-07-20 19:53:39
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2011-07-20 19:53:39:
顺便问一句，天河上面能用vasp或者MS吗？

可以啊，我们就在上面用着呢，呵呵。

在这里编译siesta的时候，编译能够通过，在test目录下面也是可以计算的。但是在测试某些比较大的体系的时候会出现segmentation fault的问题。。

是否需要重新安装mkl库？
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7楼2011-07-22 10:50:44
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢指点 2011-07-22 22:07:20
hnuzhoulin(金币+3): 谢，我试过了ifort10，一样的 2011-07-25 09:30:12
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
能解决你的问题
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8楼2011-07-22 16:30:57
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-07-25 12:38:37
贴出你 的arch.make，看看
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9楼2011-07-25 09:49:54
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-25 09:49:54:
贴出你 的arch.make，看看

抱歉，对应的文件在科大，没带回来。。明天贴出来。。

我觉得编译没问题，因为在前台是可以算的啊，是不死MPI的问题，
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10楼2011-08-04 09:12:17
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