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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】求助解决用mpich2.1 编译siesta，计算出现错误，
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caqhero

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助解决用mpich2.1 编译siesta，计算出现错误， 已有7人参与

我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.286412    0.000000    0.000000
        0.000000    5.746952    0.000000
        0.000000    0.000000    5.621012

outcell: Cell vector modules (Ang)   :    7.286412    5.746952    5.621012
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    235.3780
New_DM. Step:     1
Initializing Density Matrix...

InitMesh: MESH =    48 x    36 x    36 =       62208
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   108.450 Ry

* Maximum dynamic memory allocated =     3 MB
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
rank 3 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 13
rank 2 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 13
rank 0 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 13
[1]+  Exit 255                mpd
[ms@comnod0 H2O]$

mpich包是mpich2.0,.
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1楼 2010-05-26 21:01:19
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-05-26 21:56:28
搜索SIESTA mailist上面的讨论。上面有人遇到过类似的问题。
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2楼2010-05-26 21:48:04
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):谢谢回复 2010-06-19 22:38:00
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 14:01:19:
我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.28641 ...

你在.bashrc（如果用的是bash的话）里面添加上这么一行试试行不行
ulimit -s unlimited
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弘德明志博学笃行
3楼2010-05-27 14:49:51
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caqhero

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 14:49:51:

你在.bashrc（如果用的是bash的话）里面添加上这么一行试试行不行
ulimit -s unlimited

大侠，还是不行啊！
回复此楼
4楼2010-05-27 16:45:49
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-27 09:45:49:

大侠，还是不行啊！

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！
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弘德明志博学笃行
5楼2010-05-27 17:25:44
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 21:01:19:
我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.28641 ...

问题解决没？
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6楼2010-06-09 20:21:20
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):谢谢分享经验 2010-06-19 22:38:33
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 17:25:44:

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！

我也遇到类似的情况。 也加了unlimit还有添加了mpi的lib路径，等等，还有这样，小体系比如苯分子，单核就没问题，双核并行就不行。
真郁闷。
其它的软件安装并行计算时没问题。
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7楼2010-06-09 20:31:03
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 17:25:44:

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！

make testing

最后显示：

All 514 tests passed!

这应该说明mpi装的没问题。
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8楼2010-06-09 20:36:30
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵，谢谢回复 2010-06-19 22:39:06
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-06-09 13:36:30:


make testing

最后显示：

All 514 tests passed!

这应该说明mpi装的没问题。

mpich2的我没尝试过，mpich的安装的比较顺利，并且能用。可是试一下！
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弘德明志博学笃行
9楼2010-06-19 22:21:22
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remote_lu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
siesta论坛有人遇到过类似的问题...
I have tried different values of BlockSize.
However I solved the problem reinstalling blacs and scalapack.
The problem was with 'shared memory mpich'. Scalapck was compiled with shared memory mpich. Later on I installed mpich without shared memory but I didn't install scalapack with new mpich. When I did it, everything is working fine now.
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10楼2012-04-05 21:12:07
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