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caqhero金虫 (正式写手)
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【求助】求助解决用mpich2.1 编译siesta，计算出现错误， 已有7人参与
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我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点 Begin MD step = 1 ============================== outcell: Unit cell vectors (Ang): 7.286412 0.000000 0.000000 0.000000 5.746952 0.000000 0.000000 0.000000 5.621012 outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.286412 5.746952 5.621012 outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0000 90.0000 90.0000 outcell: Cell volume (Ang**3) : 235.3780 New_DM. Step: 1 Initializing Density Matrix... InitMesh: MESH = 48 x 36 x 36 = 62208 InitMesh: Mesh cutoff (required, used) = 100.000 108.450 Ry * Maximum dynamic memory allocated = 3 MB aborting job: Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack: MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed MPI_Comm_size(69): Invalid communicator aborting job: Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack: MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed MPI_Comm_size(69): Invalid communicator aborting job: Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack: MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed MPI_Comm_size(69): Invalid communicator aborting job: Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack: MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed MPI_Comm_size(69): Invalid communicator rank 3 in job 2 comnod0.localdomain0_53221 caused collective abort of all ranks exit status of rank 3: return code 13 rank 2 in job 2 comnod0.localdomain0_53221 caused collective abort of all ranks exit status of rank 2: return code 13 rank 0 in job 2 comnod0.localdomain0_53221 caused collective abort of all ranks exit status of rank 0: return code 13 [1]+ Exit 255 mpd [ms@comnod0 H2O]$ mpich包是mpich2.0,. |
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siesta论坛有人遇到过类似的问题... I have tried different values of BlockSize. However I solved the problem reinstalling blacs and scalapack. The problem was with 'shared memory mpich'. Scalapck was compiled with shared memory mpich. Later on I installed mpich without shared memory but I didn't install scalapack with new mpich. When I did it, everything is working fine now. |
10楼2012-04-05 21:12:07
