应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】求助解决用mpich2.1 编译siesta，计算出现错误，
131/2返回列表12下一页
查看: 2289  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

caqhero

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助解决用mpich2.1 编译siesta，计算出现错误， 已有7人参与

我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.286412    0.000000    0.000000
        0.000000    5.746952    0.000000
        0.000000    0.000000    5.621012

outcell: Cell vector modules (Ang)   :    7.286412    5.746952    5.621012
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    235.3780
New_DM. Step:     1
Initializing Density Matrix...

InitMesh: MESH =    48 x    36 x    36 =       62208
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   108.450 Ry

* Maximum dynamic memory allocated =     3 MB
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_size(110): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xc6376c) failed
MPI_Comm_size(69): Invalid communicator
rank 3 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 13
rank 2 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 13
rank 0 in job 2  comnod0.localdomain0_53221   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 13
[1]+  Exit 255                mpd
[ms@comnod0 H2O]$

mpich包是mpich2.0,.
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-26 21:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-05-26 21:56:28
搜索SIESTA mailist上面的讨论。上面有人遇到过类似的问题。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-26 21:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):谢谢回复 2010-06-19 22:38:00
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 14:01:19:
我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.28641 ...

你在.bashrc（如果用的是bash的话）里面添加上这么一行试试行不行
ulimit -s unlimited
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
3楼2010-05-27 14:49:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caqhero

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 14:49:51:

你在.bashrc（如果用的是bash的话）里面添加上这么一行试试行不行
ulimit -s unlimited

大侠，还是不行啊！
回复此楼
4楼2010-05-27 16:45:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-27 09:45:49:

大侠，还是不行啊！

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
5楼2010-05-27 17:25:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 21:01:19:
我用siesta计算时，出现下列错误，不知道该怎么解决，请大侠们指点
Begin MD step =      1
                        ==============================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.28641 ...

问题解决没？
回复此楼
6楼2010-06-09 20:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):谢谢分享经验 2010-06-19 22:38:33
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 17:25:44:

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！

我也遇到类似的情况。 也加了unlimit还有添加了mpi的lib路径，等等，还有这样，小体系比如苯分子，单核就没问题，双核并行就不行。
真郁闷。
其它的软件安装并行计算时没问题。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-06-09 20:31:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-27 17:25:44:

那就先去测试一下你安装的mpich能不能通过它自己的测试例子！

make testing

最后显示：

All 514 tests passed!

这应该说明mpi装的没问题。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-06-09 20:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵，谢谢回复 2010-06-19 22:39:06
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-06-09 13:36:30:


make testing

最后显示：

All 514 tests passed!

这应该说明mpi装的没问题。

mpich2的我没尝试过，mpich的安装的比较顺利，并且能用。可是试一下！
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
9楼2010-06-19 22:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

remote_lu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
siesta论坛有人遇到过类似的问题...
I have tried different values of BlockSize.
However I solved the problem reinstalling blacs and scalapack.
The problem was with 'shared memory mpich'. Scalapck was compiled with shared memory mpich. Later on I installed mpich without shared memory but I didn't install scalapack with new mpich. When I did it, everything is working fine now.
赞一下 回复此楼
10楼2012-04-05 21:12:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 caqhero 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 14:23 by jCd0dEvKHShX
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 14:15 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 面上意见出来了 +4 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 4/200 2026-08-29 14:06 by Jacob678
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 13:41 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭