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【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐 已有6人参与
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首先现安装串行，ifort 10， mkl 10， 装siesta，make通过， make clean ， make transiesta，出现 m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \ \ dc_lapack.a liblapack.a libblas.a `FoX/FoX-config --libs --wcml` dc_lapack.a liblapack.a libblas.a m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg': /home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_' collect2: ld 返回 1 make: *** [transiesta] 错误 1 [hu@node02 trans]$ 个人以为与数据库有关，转装blas，lapack。 安装lapack-3.2时，出现 Time for 1,000,000 SAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including SECOND, time = 0.00 seconds Average time for SECOND = 0.00 milliseconds Time for 1,000,000 DAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including DSECND, time = 0.00 seconds Average time for DSECND = 0.00 milliseconds 结果编译通不过。 后来装并行时，又有报错。 [hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh hu@node03's password: ** ssh timed out to node03 ** ssh failed to node03 ** here is the output: [hu@node01 ~]$ 共有四台机器，只有第一台通过了lapack编译，之后make transiesta通过，但是运行例子也是报错，如下 siesta: 194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913******** siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] = 156.000000 63.523758 siesta: 195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410******** 整天对着电脑来来回回的装呀装，期待高手指点一二，使我脱离苦海！ |
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zzy870720z(金币+2):谢谢专家指导，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
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zzy870720z(金币+2):谢谢专家指导，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
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下面贴出我用ifort，以及scalapck suite 0.96 编译SIESTA3.0的arch.make(重要的部分),以供参考。参考时，针对自己的scalapack所放的位置自行进行调整。 里面最重要的是，去编译scalapack suite 0.96。我的例子，我是将编译出来的.a文件都放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib目录中。 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) #FFLAGS=-g -fno-underscoring FFLAGS=-g FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= MATH_LIB=/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib BLAS_LIBS=$(MATH_LIB)/librefblas.a LAPACK_LIBS=dc_lapack.a $(MATH_LIB)/libreflapack.a BLACS_LIBS= $(MATH_LIB)/blacsC.a $(MATH_LIB)/blacsF77.a $(MATH_LIB)/blacs.a SCALAPACK_LIBS=$(MATH_LIB)/libscalapack.a 下面是编译scalapack suite 0.96时，LAPCK, BLACS, SCALAPACK时的编译选项，等： 1、LAPACK的make.inc SHELL = /bin/sh PLAT = FORTRAN = ifort OPTS = -O3 DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = -mp LOADER = ifort LOADOPTS = TIMER = EXT_ETIME ARCH = ar ARCHFLAGS= cr RANLIB = /usr/bin/ranlib BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = libreflapack.a TMGLIB = tmglib.a EIGSRCLIB = eigsrc.a LINSRCLIB = linsrc.a ---------- make blaslib make lapacklib 将编译得到librefblas.a, libreflapack.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 2、BLACS的Bmake.inc SHELL = /bin/sh BTOPdir = /home1/zh/soft/scalapack-intel/BLACS COMMLIB = MPI PLAT = BLACSdir = $(BTOPdir)/LIB BLACSDBGLVL = 0 BLACSFINIT = $(BLACSdir)/blacsF77.a BLACSCINIT = $(BLACSdir)/blacsC.a BLACSLIB = $(BLACSdir)/blacs.a MPIINCdir = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/include MPILIB = BTLIBS = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) $(MPILIB) INSTdir = $(BTOPdir)/INSTALL/EXE TESTdir = $(BTOPdir)/TESTING/EXE FTESTexe = $(TESTdir)/xFbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) CTESTexe = $(TESTdir)/xCbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) SYSINC = -I$(MPIINCdir) INTFACE = -DAdd_ SENDIS = BUF = TRANSCOMM = WHATMPI = SYSERRORS = DEBUGLVL = -DBlacsDebugLvl=$(BLACSDBGLVL) DEFS1 = -DSYSINC $(SYSINC) $(INTFACE) $(DEFBSTOP) $(DEFCOMBTOP) $(DEBUGLVL) BLACSDEFS = $(DEFS1) $(SENDIS) $(BUFF) $(TRANSCOMM) $(WHATMPI) $(SYSERRORS) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 F77NO_OPTFLAGS = -mp F77FLAGS = $(F77NO_OPTFLAGS) -O3 F77LOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc CCFLAGS = -O3 CCLOADER = $(F77) CCLOADFLAGS = -nofor_main ARCH = ar ARCHFLAGS = r RANLIB = /usr/bin/ranlib ----- make mpi 将编译得到LIB目录里面的blacs.a blacsC.a blacsF77.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 3、SCALAPACK的SLmake.inc SHELL = /bin/sh home = /home1/zh/soft/scalapack-intel/scalapack-1.8.0 PLAT = LINUX USEMPI = -DUsingMpiBlacs SMPLIB = BLACSFINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsF77.a BLACSCINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsC.a BLACSLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacs.a TESTINGdir = $(home)/TESTING CBLACSLIB = $(BLACSCINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSCINIT) FBLACSLIB = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) PBLASdir = $(home)/PBLAS SRCdir = $(home)/SRC TESTdir = $(home)/TESTING PBLASTSTdir = $(TESTINGdir) TOOLSdir = $(home)/TOOLS REDISTdir = $(home)/REDIST REDISTTSTdir = $(TESTINGdir) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc NOOPT = F77FLAGS = $(NOOPT) -O3 CCFLAGS = -O3 SRCFLAG = F77LOADER = $(F77) CCLOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CCLOADFLAGS = -nofor_main CDEFS = -DNO_IEEE $(USEMPI) -DAdd_ ARCH = ar ARCHFLAGS = cr RANLIB = /usr/bin/ranlib SCALAPACKLIB = $(home)/libscalapack.a BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/libreflapack.a PBLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) PRLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(CBLACSLIB) $(SMPLIB) RLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(CBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) LIBS = $(PBLIBS) -------- make 将编译得到的libscalapack.a放到/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 再一次说明：根据自己的mpif90, mpicc, mpif77所放的位置，以及scalapack suite所放的位置，自行进行调整。 |
5楼2010-06-11 09:54:56
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是啊，并行时数据库和siesta都用mpif90编译，通过的话make transiesta就不会出现这个问题。这里让人头痛的是lapack编译时报错 *** Error: Time for operations was zero Including SECOND, time = 0.00 seconds Average time for SECOND = 0.00 milliseconds Time for 1,000,000 DAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero 这样的错误有时多试几次也能通过编译，但是transiesta计算时就会出问题 siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] = 156.000000 63.523758 siesta: 195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410******** 怀疑是不是机器设置上某个环节出问题了。 |
6楼2010-06-11 09:55:32
7楼2010-06-11 10:13:46
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8楼2010-06-13 00:17:19
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9楼2010-06-19 22:18:19
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我用mkl时也出错。 m_rmaxh.o m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \ \ dc_lapack.a liblapack.a libblas.a `FoX/FoX-config --libs --wcml` /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide IPO Error /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t: file not recognized: Is a directory ifort: error: problem during multi-file optimization compilation (code 1) make: *** [transiesta] 错误 1 [hu@node02 Obj]$ 我的系统是Centos5.4，后改用red hat enterprise 5.0 用它自带的gfortan,编译并行通过了，不过就是不能两台机器或更多的并起来。用的mpich2 |
10楼2010-06-20 20:31:09
