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gkf高

木虫 (著名写手)

[资源] VASP XCrysDenPWscf 单机安装教程(linux)已有6人参与

半个晚上加上今天下午两个小时，终于成功搞定了单机安装 vasp.4.6.28，记录一下。

本文以 vasp.4.6.tar.gz vasp.4.lib.tar.gz 为例; 由于vasp是商业版本，所以不提供下载。
操作系统是 Arch Linux(更新至20080915)，并在 ubuntu-8.04.1-desktop-i386 上测试成功，ubuntu中依赖请看ubuntu附注
mathlib 选择 atlas;
Fortran 编译器使用intel非商业版的 ifort ;
C++ 编译器使用 g++ ;
不加说明的话，都是以普通用户操作，如需root权限，则使用 sudo 命令。

关于VASP的介绍（跳过介绍）：

VASP是使用赝势和平面波基组，进行第一定律分子动力学计算的软件包。VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似（用自由能作为变量）以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题，而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VASP很容易地计算，用于把原子衰减到其瞬时基态中。

性质：

以平面波为基础的自洽赝势积分方法；
超软赝势；
最新引用Blochl的全电子投影扩张波（PAW）方法，覆盖了周期表中的所有元素；
局域密度近似（LDA）和广义梯度近似（GGA)；
旋转限制和旋转极化；
应用到块状体系、表面和界面；
总能量，力场和全压力张量；
格参数和原子位置的同时松弛；
从头分子动力学；
产生 Monkhorst-Pack特殊K点；
设计定位，旋转和局域波的态密度；
费米水平的部分态密度；
电荷密度旋转密度；
轨道和轨道密度。
操作平台: Linux/Unix

-> 安装过程 <-

1. 首先，安装依赖和 g++ 编译器

user@~$ sudo pacman -S base-devel libstdc++5

Ubuntu用户使用以下命令

user@~$ sudo apt-get install build-essential
user@~$ sudo apt-get install libstdc++5

2. 到Intel的官网上下载非商业版的 Intel® Fortran Compiler for Linux, 这里我使用的是 10.1.018 版;

解压安装（为了清理方便，解压后都在/tmp目录下）
user@~$ tar -xvf l_fc_p_10.1.018.tar.gz -C /tmp/
user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/

运行安装脚本
user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo sh install.sh

之后会出现安装选项，选1 ;
接下来问你通过’序列号网络认证，还是用 ‘.lic’ 文件认证; 我已经下了认证文件，所以选2后填写认证文件的路径;
因为Arch Linux不在支持的系统之列，它会问你是否安装不支持的版本，yes就可;
默认还是高级安装，选1 默认;
一路回车，到达接受条款那里，填 accpet ;
选择安装目录，回车默认（/opt/intel/） ;
安装完毕！

设置环境变量
user@~$ source /opt/intel/fc/10.1.018/bin/ifortvars.sh

这个是零时解决办法，应该把 ifortvars.sh 脚本中的内容加入 /etc/profile 文件中。

3. 到ATLAS的网页下载数学库[ mathlib ]
http://www.netlib.org/atlas/archives/linux/
根据CPU选择源文件，我的CPU是Athlon64 3000, 操作系统是x86的, 选择 atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz ; 千万别选错数学库，不然打死你也完不成编译;
把数学库解压到/opt/目录下( 和ifort同目录，方便管理 )，

user@~$ sudo tar -xvf atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz -C /opt/

如果并行编译的话，到 http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下载mpich2, 这不在本文讨论的范围之内。

4. 安装VASP 4.6

解压 vasp 和 vasp-lib
user@~$ tar -xvf vasp.4.lib.tar.gz -C /tmp/
user@~$ tar -xvf vasp.4.6.tar.gz -C /tmp/

上面的命令将把vasp和lib解压到 /tmp/ 目录下的 vasp.4.lib 目录和 vasp.4.6 目录;

编译 vasp.4.lib, ────> 进入源码目录，根据CPU和编译器选择makefile文件，并修改编译命令
user@~$ cd /tmp/vasp.4.lib/
user@/tmp/vasp.4.lib$ vim makefile.linux_ifc_ath
# 19行 FC=ifc ，改为 FC=ifort

user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath
# 编译获得 libdmy.a

如果遇到 “ifort: error #10001: could not find directory in which g++ resides”, 则设置环境变量 export LC_ALL=C
提示libdmy.a文件是最新，则删除已编译的文件 rm ×.o

编译 vasp.4.6, ────> 进入源码目录，根据CPU和编译器选择makefile文件，并修改编译命令
user@~$ cd /tmp/vasp.4.6/
user@/tmp/vasp.4.6$ vim makefile.linux_ifc_ath
# 50行 FC=ifc ，改为 FC=ifort

# 修改atlas数学库的路径
# 102行改为 ATLASHOME= /opt/Linux_ATHLON/lib

# 把330行之后的参数 ‘-e95′ 全部删除，然后编译
user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath

不删除参数 ‘-e95′ 会出现ERROR: “The computed GOTO statement is an obsolescent feature in Fortran 95.” ;
GOTO似乎是 Fortran 95 废弃的语法，5.0版应该会改正;
“-e95″ 参数会把F95编译F77程式码产生的警告(warning)改成错误(error)型式输出，造成编译强迫停止无法忽略跳过！

5. 拷贝vasp可执行文件到 PATH 中

user@/tmp/vasp.4.lib$ sudo cp ./vasp /usr/bin/

以后直接可以把vasp当普通命令用了。

-=全文完=-

[ Last edited by gkf高 on 2012-4-4 at 22:18 ]

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1楼2012-04-04 22:09:38

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gkf高

木虫 (著名写手)

系统是Ubuntu 10.04
linux下XCrysDen的安装

准备软件:
1.sudo apt-get install openbabel
2.sudo apt-get install imagemagick
3.sudo dpkg -i whirlgif_3.04-1_i386.deb
4.sudo apt-get install lpr

安装命令
1.tar zxvf xc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz
2.cd XCrySDen-1.4.1bin-static/
./xcConfigure.sh
3.reloginbashrc
.~/.bashrc

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2楼2012-04-04 22:11:33

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gkf高

木虫 (著名写手)

linux下安装PWscf软件
quantum-espresso（原先叫pwscf）十分容易安装，至少比同类的CPMD, cp2k容易多了，作为一个后起之秀，解决了很多前一代软件安装上的问题。

首先我假定你有一台AMD多核（4核或6核）的台式机，i7-6核更好；当然最好的是1280核的cluster神码的；其次，必须装Linux, 没听说过在windows下跑quantum-espresso的，就像火车必须上火车道。火车不是不能在大马路上跑，只是那样不叫一个事儿；如果你不会Linux操作，现学，单机装Ubuntu，上手很快的；如果你从来没装过，马上请周围懂Linux的朋友20分钟即可装好Ubuntu，再学一些基本命令行操作；千万不能被一些本来很容易办到的事情吓住，对吧。

安装过程大致是这样的，1.下载；2.解压；3.编译；4.测试一步一步来，没有搞不成的；

1.下载这里我教个更简单的下载方法，打开Ubuntu linux命令行终端窗口terminal，

在Linux 命令提示符$或>后面输入：
$wget http://qe-forge.org/fr ... -4.3.2.tar.gz
$wget http://qe-forge.org/fr ... amples.tar.gz

如果提示找不到wget那就先安装wget和curl。 Ubuntu Linux下:
$ sudo apt-get install wget
$ sudo apt-get install curl (运行测试会用到)

注意你打开终端窗口以后，当前目录为/home/xxxx xxxx为你的用户名。

2. 解压下载完后，输入：
$ tar zxfv espresso-4.3.2.tar.gz
$ tar zxfv espresso-4.3.2-examples.tar.gz

解压完成后会生成一个espresso-4.3.2的目录，
进入 $ cd espresso-4.3.2 3.

串行编译

编译前先安装gfortran
$ sudo apt-get install build-essential gcc gfortran

然后自动配置 $ ./configure
然后编译 $ make all （出去溜达10分钟,再洗个澡，换件衣服）

然后就会在当前目录下生成一个bin目录，里面就是所有编译好的可执行文件，全部以.x结尾；
你要执行它们，以pw.x为例，一般是：
$ /home/xxxx/espresso-4.3.2/bin/pw.x < input.file > output.file
(把input.file/output.file换成你的实际的输入输出文件名；)

为了不用每次都输入pw.x前面的绝对路径，可以把这个路径加入到环境配置文件.bashrc中； .bashrc文件在用户根目录 “/home/xxxx”下面； $cd 就回到了；

$ gedit .bashrc 在最下面加入一行 export PATH=$PATH:/home/xxxx/espresso-4.3.2/bin 保存关闭，然后source一下生效（每次开机会自动source，无须再次source）
$ source .bashrc

配置好路径后，每次调用pw.x直接 $ pw.x < input > output 即可

4. 测试

$ cd espresso-4.3.2/tests $ ./check-pw.x.j

这个用来测试是否全部功能正常，注意出错提示；一般来说，只要常用的pw.x ph.x功能正常，或者你用的功能正常就好；用不到功能出错，没必要去折腾；运行全部examples $ cd .. 回到espresso-4.3.2下 $ cd examples $ ./run_all_examples

5. 并行编译

先安装并行编译器和并行编译库openmpi, 最简单的方法是打开Ubuntu的软件中心，搜索openmpi然后点install会自动配置好的，超级easy；

否则手动 $ sudo apt-get install openmpi-bin 然后
$ ./configure $ make all

如果没有错误，完成后在bin下得到并行版的pw.x等可执行文件；

注意这样会覆盖掉之前安装的串行版的pwscf；

执行的话，一般是(假如用4个核来跑) $ mpirun -np 4 pw.x < input > output 效率大大提高！如果你在干净的Ubuntu Linux下按照上述步骤，一般不会出错；这得益于quantum espresso强大的自动配置 ./configure 会自动检测当前是否有并行环境，是否安装了数学库lapack, FFT，如果没找到，就自动调用自带的库（下载的压缩文件中自动包含了！）如果你安装了intel编译器，反而会更麻烦一些，因为openmpi自动与Ubuntu自带的gfortran结合，而不与intel的ifort结合，导致intel并行编译出错；欲用openmpi+intel ifort/MKL，那就的卸掉openmpi，然后手动重新编译intel版的openmpi，折腾。

并行版的测试与串行版类似，唯一不同点是运行./check-pw.x.j 和 ./run_all_examples之前，修改 espresso-4.3.2/examples目录下面的environment_variables文件，把 #PARA_PREFIX="mpirun -np 2" PARA_PREFIX="" 修改成 PARA_PREFIX="mpirun -np 2" #PARA_PREFIX="" 把2换成你要并行的核数，比如4。如果在configure或make all的过程出错，这个很正常，也很难预料是什么样的错误，那你可以来这里报告，或者去maillist上搜搜解决方法。一般你遇到的问题，都是别人遇到过上百次的；

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3楼2012-04-04 22:12:34

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