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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐已有6人参与

首先现安装串行，ifort 10， mkl 10，
装siesta，make通过，
make clean ， make transiesta，出现
m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o  nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \
               \
            dc_lapack.a liblapack.a libblas.a  `FoX/FoX-config --libs --wcml` dc_lapack.a liblapack.a libblas.a
m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg':
/home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_'
collect2: ld 返回 1
make: *** [transiesta] 错误 1
[hu@node02 trans]$

个人以为与数据库有关，转装blas，lapack。
安装lapack-3.2时，出现
Time for 1,000,000 SAXPY ops  = 0.00    seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including SECOND, time       = 0.00    seconds
Average time for SECOND    = 0.00    milliseconds
Time for 1,000,000 DAXPY ops  = 0.00    seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including DSECND, time       = 0.00    seconds
Average time for DSECND    = 0.00    milliseconds
结果编译通不过。
  后来装并行时，又有报错。
[hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
hu@node03's password: ** ssh timed out to node03
** ssh failed to node03
** here is the output:
[hu@node01 ~]$

共有四台机器，只有第一台通过了lapack编译，之后make transiesta通过，但是运行例子也是报错，如下
siesta:  194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913********
siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] =    156.000000    63.523758
siesta:  195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410********
整天对着电脑来来回回的装呀装，期待高手指点一二，使我脱离苦海！

回复此楼

1楼2010-06-10 20:59:19

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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)

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是啊，并行时数据库和siesta都用mpif90编译，通过的话make transiesta就不会出现这个问题。这里让人头痛的是lapack编译时报错
*** Error:  Time for operations was zero
Including SECOND, time       = 0.00    seconds
Average time for SECOND    = 0.00    milliseconds
Time for 1,000,000 DAXPY ops  = 0.00    seconds
*** Error:  Time for operations was zero
这样的错误有时多试几次也能通过编译，但是transiesta计算时就会出问题
siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] =    156.000000    63.523758
siesta:  195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410********

怀疑是不是机器设置上某个环节出问题了。