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【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？
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哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 编译时都能通过，单核能算但多核并行就有问题，用mpich2和openmpi都有问题，网上说的很多办法都试了，都不行，想试一下siesta-3.0-rc2，能奉献一下么?万分感谢。 我邮箱yugd10@mails.jlu.edu.cn |
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2楼2011-01-18 16:17:47
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小木虫于(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-01-18 17:32:36
小木虫于(金币+1): 2011-01-18 17:40:28
小木虫于(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-01-18 17:32:36
小木虫于(金币+1): 2011-01-18 17:40:28
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这个和版本没有关系，和你的编译有关系。就如楼上的所说，试试吧。如果是Intel的内核，建议用openmpi,我的没有发现有什么问题。并行不成功，一般说来是因为mpi的问题。不要使用ifort11编译，尽量使用ifort10或者ifort9。 另外能不能给出一个并行失败的例子。包括输入文件,出错信息。 [ Last edited by zhangguangping on 2011-1-18 at 10:36 ] |
3楼2011-01-18 17:26:09
4楼2011-01-18 20:26:06
5楼2011-01-18 21:46:11
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢讨论 2011-01-18 22:27:22
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢讨论 2011-01-18 22:27:22
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不知道你用的mkl是什么版本，建议用和ifort版本相近的。不要使用过高的版本。 我的mkl的em64t是没有blas的，只有lapack，但是我没有直接使用这个。 是编译的时候使用的库函数是： BLAS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide LAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 在使用blacs的时候由于我使用的是openmpi，所以选择的是这个。 我去测试了一下你说的那个例子，我的串行能算，但是并行的时候也是不能算。 具体的错误是cell的分配问题。 Cells per Processor = 0 36 Cells per Processor = 1 0 Cells per Processor = 2 0 Cells per Processor = 3 0 Warning: Bad load balancing: no cells allocated to node 1 Try specifying a number of nodes that is an exact factor of the number of cells: 36 ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 0 with PID 29111 on node localhost exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). -------------------------------------------------------------------------- 我平时不使用这个Ordern方法。 我记得群里有人使用Ordern方法。可以问一下他们是怎么编译的。估计这个方法的使用可能和编译时有关系的。 |
6楼2011-01-18 22:17:43
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我曾用mkl10 和ifort11中自带的mkl 无论 前者是只有blas95我用的是这个 后者是有blas95和lapack95，这两个我都试了，前者我用的mpich2 后者用的openmpi都能并行了。只是ordern都有问题，在manual中有这样一段话: The Ordern(N) subsystem is quite fragile and only works for systems with clearly separated occupied and empty states. Note also that the option to compute the chemical potential auto-matically does not yet work in parallel. 不知这个参数能否用在并行版本中。 |
7楼2011-01-19 09:13:34
8楼2011-01-19 09:17:20
9楼2011-01-19 13:43:44
