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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？
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小木虫于

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？

哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 编译时都能通过，单核能算但多核并行就有问题，用mpich2和openmpi都有问题，网上说的很多办法都试了，都不行，想试一下siesta-3.0-rc2，能奉献一下么?万分感谢。  
我邮箱yugd10@mails.jlu.edu.cn
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1楼 2011-01-18 16:14:24
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫于(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+2): 谢谢帮助 2011-01-18 17:32:22
小木虫于(金币+1): 2011-01-18 17:40:24
小木虫于(金币+6): 非常感谢 2011-01-18 21:50:12
看看这里，也许可以解决你的问题

http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=391611
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2楼2011-01-18 16:17:47
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫于(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-01-18 17:32:36
小木虫于(金币+1): 2011-01-18 17:40:28
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2011-01-18 09:14:24:
哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 编译时都能通过，单核能算但多核并行就有问题，用mpich2和openmpi都有问题，网上说的很多办法都试了，都不行，想试一下siesta-3.0-rc2，能奉献一下么?万分感谢。  
我邮箱[ema ...

这个和版本没有关系，和你的编译有关系。就如楼上的所说，试试吧。如果是Intel的内核，建议用openmpi,我的没有发现有什么问题。并行不成功，一般说来是因为mpi的问题。不要使用ifort11编译，尽量使用ifort10或者ifort9。
另外能不能给出一个并行失败的例子。包括输入文件,出错信息。

[ Last edited by zhangguangping on 2011-1-18 at 10:36 ]
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3楼2011-01-18 17:26:09
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
小木虫于(金币+10): 非常感谢 2011-01-18 21:49:35
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2011-01-18 09:14:24:
哪位有siesta-3.0-2啊，我的是beta 编译时都能通过，单核能算但多核并行就有问题，用mpich2和openmpi都有问题，网上说的很多办法都试了，都不行，想试一下siesta-3.0-rc2，能奉献一下么?万分感谢。  
我邮箱[ema ...

源代码的压缩包已经发到你的邮箱了。
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4楼2011-01-18 20:26:06
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-01-18 20:26:06:

源代码的压缩包已经发到你的邮箱了。

十分感谢，我后来发现，由于我用的是mkl库，如果我不用/mkl/bin/em64t/下的blas与lapack，二十重新编译/mkl/interface/lapack95与/mkl/interface/blas95这两个库，用重新编译的blas与lapack就行了，但是在并行计算siesta/example/h2o/orderN的例子还是会出错。总之，非常感谢你。
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5楼2011-01-18 21:46:11
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+3): 谢谢讨论 2011-01-18 22:27:22
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2011-01-18 14:46:11:

十分感谢，我后来发现，由于我用的是mkl库，如果我不用/mkl/bin/em64t/下的blas与lapack，二十重新编译/mkl/interface/lapack95与/mkl/interface/blas95这两个库，用重新编译的blas与lapack就行了，但是在并行计 ...

不知道你用的mkl是什么版本，建议用和ifort版本相近的。不要使用过高的版本。
我的mkl的em64t是没有blas的，只有lapack，但是我没有直接使用这个。
是编译的时候使用的库函数是：
BLAS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64
在使用blacs的时候由于我使用的是openmpi，所以选择的是这个。
我去测试了一下你说的那个例子，我的串行能算，但是并行的时候也是不能算。
具体的错误是cell的分配问题。
  Cells per Processor =        0       36
  Cells per Processor =        1        0
  Cells per Processor =        2        0
  Cells per Processor =        3        0

Warning: Bad load balancing: no cells allocated to node           1
Try specifying a number of nodes that is
an exact factor of the number of cells:          36
ERROR STOP from Node:    0
ERROR STOP from Node:    0
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 29111 on
node localhost exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
我平时不使用这个Ordern方法。
我记得群里有人使用Ordern方法。可以问一下他们是怎么编译的。估计这个方法的使用可能和编译时有关系的。
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6楼2011-01-18 22:17:43
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小木虫于

金虫 (正式写手)
我曾用mkl10 和ifort11中自带的mkl 无论 前者是只有blas95我用的是这个 后者是有blas95和lapack95，这两个我都试了，前者我用的mpich2 后者用的openmpi都能并行了。只是ordern都有问题，在manual中有这样一段话:
The Ordern(N) subsystem is quite fragile and only works for systems with clearly separated occupied and empty states. Note also that the option to compute the chemical potential auto-matically does not yet work in parallel.
不知这个参数能否用在并行版本中。
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7楼2011-01-19 09:13:34
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小木虫于

金虫 (正式写手)
我刚才看了一下，在mkl10.0.1中是有blas95和lapack95的，在目录/intel/mkl/10.0.1.014/interfaces目录下，不是bin下，我把这两个重新编译了一下。
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8楼2011-01-19 09:17:20
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-01-19 16:08:09
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2011-01-19 02:17:20:
我刚才看了一下，在mkl10.0.1中是有blas95和lapack95的，在目录/intel/mkl/10.0.1.014/interfaces目录下，不是bin下，我把这两个重新编译了一下。

在interfaces下是有的，我说的没是指的lib下。呵呵呵。看来是ordern本身的问题。另外并行Ordern的时候，最好机器是全空的，就是不要提交任务。你可以让ordern的这个任务把机器全占了。这样可能解决问题。我没有尝试。
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9楼2011-01-19 13:43:44
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