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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐
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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐 已有6人参与

首先现安装串行，ifort 10， mkl 10，
装siesta，make通过，
make clean ， make transiesta，出现
   m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o  nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \
                 \
               dc_lapack.a liblapack.a libblas.a  `FoX/FoX-config --libs --wcml`   dc_lapack.a liblapack.a libblas.a
m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg':
/home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_'
collect2: ld 返回 1
make: *** [transiesta] 错误 1
[hu@node02 trans]$

个人以为与数据库有关，转装blas，lapack。
安装lapack-3.2时，出现
Time for 1,000,000 SAXPY ops  =   0.00     seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including SECOND, time        =   0.00     seconds
Average time for SECOND       =   0.00     milliseconds
Time for 1,000,000 DAXPY ops  =   0.00     seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including DSECND, time        =   0.00     seconds
Average time for DSECND       =   0.00     milliseconds
结果编译通不过。
  后来装并行时，又有报错。
[hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
hu@node03's password: ** ssh timed out to node03
** ssh failed to node03
** here is the output:
[hu@node01 ~]$

共有四台机器，只有第一台通过了lapack编译，之后make transiesta通过，但是运行例子也是报错，如下
siesta:  194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913********
siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] =     156.000000      63.523758
siesta:  195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410********
整天对着电脑来来回回的装呀装，期待高手指点一二，使我脱离苦海！
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1楼 2010-06-10 20:59:19
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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-06-11 09:54:56:
下面贴出我用ifort，以及scalapck suite 0.96 编译SIESTA3.0的arch.make(重要的部分),以供参考。参考时，针对自己的scalapack所放的位置自行进行调整。

里面最重要的是，去编译scalapack suite 0.96。我的例子 ...

多谢呀，多一种方法，又多种希望。
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7楼2010-06-11 10:13:46
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查看全部 12 个回答

ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
大地飞鹰h(金币+3):谢谢参与
大地飞鹰h(金币+2): 2010-06-10 21:34:06
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-06-10 22:52:42
有一个原则就是数学库编译和siesta编译用相同的编译器。这样保证没有问题。还有就是注意并行mpi的设置。我没有看你的错误，这只是我的编译的一点经验吧。按部就班一步一步来保证没有问题。哈哈
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-10 21:22:08
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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)
开始也就是用ifort了，只是后来试过pgi了，也是siesta可以通过编译，make transiesta也是报错。第一台机器mpi并行算siesta也是没报错，transiesta就出错，例子本身没问题，是别人算过的。电脑重装系统一步步来也试过，还是同样的错。
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3楼2010-06-10 21:43:06
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
大地飞鹰h(金币+3):谢谢参与
cenwanglai(金币+2):谢谢回复 2010-06-13 09:56:20
引用回帖:
Originally posted by 大地飞鹰h at 2010-06-10 20:59:19:
/home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_'

这类的错误，多半是由于数学库lapack和blas时的编译选项同SIESTA的编译选项有所不同造成的，特别是有关是否加下划线的选项，各个fortran编译器对此处理的默认方式略有不同。

如果采用默认的编译选项的话，那么数学库编译时的fortran编译器与SIESTA时的编译器都选一样的。
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4楼2010-06-11 09:31:51
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