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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐
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大地飞鹰h

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】siesta3.0 安装，错误一箩筐已有6人参与

首先现安装串行，ifort 10， mkl 10，
装siesta，make通过，
make clean ， make transiesta，出现
   m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o  nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \
                 \
               dc_lapack.a liblapack.a libblas.a  `FoX/FoX-config --libs --wcml`   dc_lapack.a liblapack.a libblas.a
m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg':
/home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_'
collect2: ld 返回 1
make: *** [transiesta] 错误 1
[hu@node02 trans]$

个人以为与数据库有关，转装blas，lapack。
安装lapack-3.2时，出现
Time for 1,000,000 SAXPY ops  =   0.00     seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including SECOND, time        =   0.00     seconds
Average time for SECOND       =   0.00     milliseconds
Time for 1,000,000 DAXPY ops  =   0.00     seconds
*** Error:  Time for operations was zero
Including DSECND, time        =   0.00     seconds
Average time for DSECND       =   0.00     milliseconds
结果编译通不过。
  后来装并行时，又有报错。
[hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh
hu@node03's password: ** ssh timed out to node03
** ssh failed to node03
** here is the output:
[hu@node01 ~]$

共有四台机器，只有第一台通过了lapack编译，之后make transiesta通过，但是运行例子也是报错，如下
siesta:  194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913********
siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] =     156.000000      63.523758
siesta:  195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410********
整天对着电脑来来回回的装呀装，期待高手指点一二，使我脱离苦海！
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1楼2010-06-10 20:59:19
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
大地飞鹰h(金币+3):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-06-20 13:21:41
大地飞鹰h(金币+2): 2010-06-20 20:54:53
引用回帖:
Originally posted by 大地飞鹰h at 2010-06-10 13:59:19:
首先现安装串行，ifort 10， mkl 10，
装siesta，make通过，
make clean ， make transiesta，出现
   m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o  ...

既然已经选择mkl了为什么还要自己编译lapack?直接用mkl自带的就可以了。另外你先不要用mpich2版本，使用mpich或者openmpi试试。这两个比较好调试一些！安装mpi的时候要用你安装的ifort编译。然后用编译出来的mpi去编译siesta。应该没什么问题的！
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
9楼2010-06-19 22:18:19
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
hedaors(金币+1):Thanks 2010-06-21 07:51:05
引用回帖:
Originally posted by 大地飞鹰h at 2010-06-20 13:31:09:

我用mkl时也出错。
m_rmaxh.o m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o writ ...

我机器是用的Redhat Enterprise 5.4,用的是mkl和ifort以及mpich或者openmpi并行通过。至于节点之间的并行我没有弄。如果要想节点之间并行的话，是不是得考虑用一下mpich2。可能我说的不一定对。节点之间并行我没有尝试。
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
11楼2010-06-20 21:18:28
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