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小木虫于

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】编译siesta 已有2人参与

我今天刚编译了siesta3.0-beta,编译通过了。可在计算时出现了
error(fox)
xml_addattribute:invalid character in value
这是什么意思呢,我如何才能避免这个错误呢
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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zxzj05(金币+1):奖励回帖交流! 2010-10-10 14:45:03
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2010-10-09 13:37:30:
我今天刚编译了siesta3.0-beta,编译通过了。可在计算时出现了
error(fox)
xml_addattribute:invalid character in value
这是什么意思呢,我如何才能避免这个错误呢

你把你的计算输入文件贴出来,并且把出错的前后多贴出一些来。这样别人好帮你更准确的解决。因为并不是别人都能遇到你的这个问题。
弘德明志博学笃行
2楼2010-10-09 20:45:18
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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bingmou(金币+3):谢谢详细解释! 2010-10-09 21:39:51
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2010-10-09 13:37:30:
我今天刚编译了siesta3.0-beta,编译通过了。可在计算时出现了
error(fox)
xml_addattribute:invalid character in value
这是什么意思呢,我如何才能避免这个错误呢

我要是没有猜错的话,你应该用的是Intel Compiler 11,建议你最好换一个低的版本(如10.x)去编译.
另外单独解决你的这个问题,可以在你的fdf文件里加入这个
WriteXML F
你的这个错误就可以避免了,但是如果计算别的任务,有可能还会出现新的错误。这个都是使用Intel Compiler 11导致的。所以最干脆的办法就是换一个低版本的编译器去编译。如果你用了mpi的话,那么相应的mpi也要使用新安装的编译器重新编译。
弘德明志博学笃行
3楼2010-10-09 21:24:32
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小木虫于

金虫 (正式写手)

多谢,我换一个编译器试一下.
4楼2010-10-09 22:05:12
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小木虫于

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-10-09 21:24:32:

我要是没有猜错的话,你应该用的是Intel Compiler 11,建议你最好换一个低的版本(如10.x)去编译.
另外单独解决你的这个问题,可以在你的fdf文件里加入这个
WriteXML F
你的这个错误就可以避免了,但是如果计算 ...

我换了编译器,用intel compiler 9 但是编译时出现编译器错误,inter compiler error:segmentation violation signal raised
只好用10了,但不知10怎样?
5楼2010-10-10 13:15:48
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小木虫于

金虫 (正式写手)

用ifort10通过了编译,也能正常计算,但并行有点问题。我是用siesta3的example目录下的文件计算 的。错误是:
fatal error in mpi_comm_size:invalid communicator ,error stack:
mpi_comm_size(111):mpi_comm_size(comm=0x5b,size0xdb8708) failed
rank 0 in job 1 redhat5_41852 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 0:return code 1
这是什么意思呢?
6楼2010-10-10 14:34:39
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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cenwanglai(金币+2):谢谢回复! 2010-10-11 09:15:37
引用回帖:
Originally posted by 小木虫于 at 2010-10-10 07:34:39:
用ifort10通过了编译,也能正常计算,但并行有点问题。我是用siesta3的example目录下的文件计算 的。错误是:
fatal error in mpi_comm_size:invalid communicator ,error stack:
mpi_comm_size(111):mpi_co ...

你运行一下命令ulimit -a
看一下列出来的选项中
stack size              (kbytes, -s) 这一项是不是有限制?
如果有一个数,而不是unlimited,那么你就在你的bash(~/.bahsrc)里面添加一句话
ulimit -s unlimited
然后保存之后,source ~/.bashrc(使之生效)
再去算,看一下有问题不?新账户一般都有这个限制。除非自己改掉这个限制。这个限制一般限制了数组开辟的大小。
希望有用。
弘德明志博学笃行
7楼2010-10-10 15:10:54
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小木虫于

金虫 (正式写手)

ulimit -s unlimited 已经被写到初始化文件里了,还是有这种错误。单核可以,2核并行就不行了。
不知是怎么回事? 还请多多指教
8楼2010-10-10 17:57:05
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小木虫于

金虫 (正式写手)

在2核运行transiesta时是可以运行的,没有错误。
9楼2010-10-10 18:00:14
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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cenwanglai(金币+1):谢谢回复! 2010-10-11 09:15:52
[quote]Originally posted by 小木虫于 at 2010-10-10 11:00:14:
在2核运行transiesta时是可以运行的,没有错误。 [/quote
你把你的编译arch.make贴一下,让大家看一下。你的transiesta能并行运算正常结束吗?
弘德明志博学笃行
10楼2010-10-10 18:25:22
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