应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题
141/2返回列表12下一页
查看: 2212  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

redskywei

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题 已有3人参与

最近在做transieta的计算，发现收敛困难，看maillist里主要考虑增加屏蔽层和设置TS.UpdateDMCROnly，我在设置TS.UpdateDMCROnly时，一直不明白这个东西到底是作用在整个散射区还是仅仅与电极结构相重复的散射区中左右单元的过度层？这个coupling terms该怎么理解？
     还有期中有个人提到TS.UpdateDMCROnly + extra elec layers，又该怎么理解，是说对外电极设置这个参数么？
我用3层Al电极做左右屏蔽层，TS.UpdateDMCROnly设置为 T了，还是收敛非差差。近300步才收敛。也不知道哪里问题哦。我的输入参数如下，请大家指教：
NumberOfSpecies 3                                                                                                  
NumberOfAtoms   287                                                                                                
                                                                                                                  
%block ChemicalSpeciesLabel                                                                                    
  1     6    C                     
  2   7   N                                                                                                        
  3   13  Al                                                                                                      
%endblock ChemicalSpeciesLabel                                                                                    
                                                                                                                  
                                                                                                                  
PAO.EnergyShift       200 meV                                                                                      
                                                                                                                  
PAO.BasisType    split                                                                                             
                                                                                                                  
PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    DZP                                                                                       
                                                                                                                  
LatticeConstant   1.0 Ang                                                                                          
                                                                                                                  
%block LatticeVectors                                                                                             
16.19832    0.00000000    0.00000000                                                                             
0.00000000    16.19832     0.00000000                                                                             
0.00000000    0.00000000   26.80535368                                                                                
%endblock LatticeVectors                                                                                          
                                                                                                                  
                                                                                                                  
#kgrid_cutoff                        20. Ang                                                                       
                                                                                                                  
%block kgrid_Monkhorst_Pack                                                                                       
  1   0   0    0.0                                                                                                
  0   1   0    0.0                                                                                                
  0   0   1    0.5                                                                                                
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack                                                                                    
                                                                                                                  
# SPIN options                                                                                                     
                                                                                                                  
xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional                                            
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version                                               
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no                                          
FixSpin               F                                                                                            
TotalSpin             0.0                                                                                          
NonCollinearSpin                   F                       # 'T', 'F'                                             
MeshCutoff                               150. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid      
                                                                                                                  
                                                                                                                  
# SCF options                                                                                                      
                                                                                                                  
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM                  
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter                                                   
DM.UseSaveDM           F            # to use continuation files                                                   
DM.MixingWeight       0.03          # New DM amount for next SCF cycle                                             
DM.NumberPulay         5                                                                                          
DM.MixSCF1                               F                                                                        
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')      
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect                                             
SolutionMethod        transiesta         # OrderN or Diagon or transiesta                                          
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing                                                   
                                                                                                                  
# MD options                                                                                                      
                                                                                                                  
MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:                                                           
MD.VariableCell        F                                                                                          
MD.NumCGsteps          000           # Number of CG steps for coordinate optimization                              
ZM.UnitsLength          Ang           #the units of length used during Z-matrix input                              
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input                              
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths         
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles   
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value

[ Last edited by redskywei on 2010-5-29 at 18:21 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

SIESTA

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坠入无边的网~~
1楼 2010-05-29 18:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
redskywei(金币+2):谢谢交流，这个参数应该没有这么厉害的影响，我会试试～～ 2010-05-29 21:23:49
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-22 22:23:26
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-05-29 11:19:12:
最近在做transieta的计算，发现收敛困难，看maillist里主要考虑增加屏蔽层和设置TS.UpdateDMCROnly，我在设置TS.UpdateDMCROnly时，一直不明白这个东西到底是作用在整个散射区还是仅仅与电极结构相重复的散射区中 ...

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
2楼2010-05-29 18:23:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
redskywei(金币+2):谢谢建议，我感觉这个参数应该不是很多影响的，不过希望可以把这个参数的意义说的更清楚些～ 2010-05-29 21:22:18
redskywei(金币+3):我想同样的第二周期的原子，应该没这么大的影响吧，我把原子替换看看～～ 2010-05-29 21:24:34
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-22 22:23:49
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-29 18:23:30:

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！

这个收敛参数没有问题，200meV。 MeshCutoff=150.Ry

你在看一下其他参数。

还有可能就是体系的问题，同样结构的BN比Graphene就会要难收敛好多，体系完全一样，把原子替换成BN之后 计算量是Graphene的好几倍
赞一下(1人) 回复此楼
阿什顿联
3楼2010-05-29 18:45:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-29 18:23:30:

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！

改了这个参数，依旧没效果，不知道guangping兄的计算是否收敛比较快，能否分享一下参数看看，特别是关于碳纳米管的计算。另外还改了好多其他参数，结果都不理想。在maillist上求助也无结果，
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
4楼2010-06-08 21:27:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 163.com at 2010-05-29 18:45:14:



这个收敛参数没有问题，200meV。 MeshCutoff=150.Ry

你在看一下其他参数。

还有可能就是体系的问题，同样结构的BN比Graphene就会要难收敛好多，体系完全一样，把原子替换成BN之后 计算量是Graphene的 ...

把体现替换成了个理想（8，0)碳管来做，还是不行，真是想破头皮了哦。
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
5楼2010-06-08 21:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
redskywei(金币+3):感谢交流，我用al做屏蔽层的，3层不知道够不够，呵呵～～ 2010-06-20 10:18:20
qasd(金币+2):谢谢 2010-06-20 11:32:58
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-08 14:27:52:


改了这个参数，依旧没效果，不知道guangping兄的计算是否收敛比较快，能否分享一下参数看看，特别是关于碳纳米管的计算。另外还改了好多其他参数，结果都不理想。在maillist上求助也无结果，

我看到mailist上面确实是有些人讨论过碳纳米管的收敛性问题。我没有涉及这个，所以我基本上没有遇到收敛性的问题。当我遇到收敛问题的时候，一般通过增加屏蔽层的层数就可以解决问题！或者是通过TS.UpdateDMCROnly这个选项设置为F就可以了。要是这个选项设置为F解决问题的话，一般说明是屏蔽曾数目太少了。我个人认为你的屏蔽层是不是有点少啊？C原子属于轻元素，所以相应的屏蔽效应比较差，所以你的屏蔽曾要足够多。我用的都是重金属原子，所以屏蔽层一般在4~5层就解决了！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
6楼2010-06-19 21:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-06-21 08:10:10
再加上几层，金原子都是4~5层！你再加上几层试试！或者可以先试试把TS.UpdateDMCROnly设置为F看一下能不能收敛，要是能收敛就要考虑加屏蔽层，直到可以收敛位置。这个相当于做一个对Al的屏蔽收敛的经验积累！
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
7楼2010-06-20 11:04:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-06-20 11:04:12:
再加上几层，金原子都是4~5层！你再加上几层试试！或者可以先试试把TS.UpdateDMCROnly设置为F看一下能不能收敛，要是能收敛就要考虑加屏蔽层，直到可以收敛位置。这个相当于做一个对Al的屏蔽收敛的经验积累！

多谢了，屏蔽层的问题我会再考虑一下

我把参数都copy成maillisting里哪个prb上的参数，好像收敛快多了。不过还没发现是哪个参数的问题，嘿嘿~~
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
8楼2010-06-21 12:05:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-21 05:05:39:



多谢了，屏蔽层的问题我会再考虑一下

我把参数都copy成maillisting里哪个prb上的参数，好像收敛快多了。不过还没发现是哪个参数的问题，嘿嘿~~

是说的这一篇文章吧：Current-voltage (I-V) characteristics of armchair graphene nanoribbons under uniaxial strain
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
9楼2010-06-21 15:34:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-06-21 15:34:39:

是说的这一篇文章吧：Current-voltage (I-V) characteristics of armchair graphene nanoribbons under uniaxial strain

好像是的，俺们就是直接看他的计算文件，论文倒是没看。呵呵～～
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
10楼2010-06-22 21:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 redskywei 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭