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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)

[求助] 利用siesta做verlet MD时出现问题siesta: WARNING: Atoms

在利用siesta做verlet MD，用Si8做的时候顺利结束，但是换成LiBH4或者NH3BH3时，均出现siesta: WARNING: Atoms  1880  2366 too close: rij =    0.288938 Ang之类的错误警告，不知道是怎么回事？
现将输入文件附上：
SystemName          libh4
SystemLabel         libh4

NumberOfAtoms       24
NumberOfSpecies     3

%block ChemicalSpeciesLabel
1  1  H
2  3  Li
3  5  B
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisSize       SZ
PAO.EnergyShift     300 meV

LatticeConstant     6.4494  Ang

%block LatticeVectors
      1.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      0.000000000000000       0.822867243000000       0.000000000000000
      0.000000000000000       0.000000000000000       0.820525940000000
%endblock LatticeVectors
MeshCutoff          130.0 Ry

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   6  0  0  0.0
   0  6  0  0.0
   0  0  6  0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack


MaxSCFIterations    50
DM.MixingWeight      0.3
DM.NumberPulay       4
DM.Tolerance         1.d-4
DM.UseSaveDM

SolutionMethod       diagon
ElectronicTemperature  25 meV

MD.TypeOfRun          Verlet
MD.InitialTimeStep    1
MD.FinalTimeStep      200
MD.LengthTimeStep           3.0 fs
MD.InitialTemperature   10.0 K

WriteMDHistory T



AtomicCoordinatesFormat  Fractional

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.0949999988079071   0.3339999914169312   0.0740000009536743    1    h
0.0949999988079071   0.8339999914169313   0.5740000009536742    1    h
-0.0949999988079071  -0.3339999914169312   0.0740000009536743    1    h
-0.0949999988079071   0.1660000085830689   0.5740000009536743    1    h
0.5949999988079071  -0.3339999914169312   0.0740000009536743    1    h
0.5949999988079071   0.1660000085830688   0.5740000009536743    1    h
0.4050000011920930   0.3339999914169312   0.0740000009536743    1    h
0.4050000011920930   0.8339999914169310   0.5740000009536743    1    h
0.2500000000000000   0.0496999993920326   0.1831000000238419    1    h
0.2500000000000000   0.3510000109672546   0.3802999854087830    1    h
0.2500000000000000   0.5496999993920326   0.6831000000238418    1    h
0.2500000000000000   0.8510000109672545   0.8802999854087830    1    h
-0.2500000000000000  -0.0496999993920326   0.1831000000238419    1    h
-0.2500000000000000  -0.3510000109672546   0.3802999854087830    1    h
-0.2500000000000000   0.4503000006079674   0.6831000000238419    1    h
-0.2500000000000000   0.1489999890327454   0.8802999854087829    1    h
0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000    2    li
0.0000000000000000   0.5000000000000000   0.4999999999999999    2    li
0.5000000000000000  -0.0000000000000000  -0.0000000000000000    2    li
0.5000000000000000   0.4999999999999999   0.5000000000000000    2    li
0.2500000000000000   0.2712000012397766   0.1729999929666519    3    b
0.2500000000000000   0.7712000012397767   0.6729999929666518    3    b
-0.2500000000000000  -0.2712000012397766   0.1729999929666519    3    b
-0.2500000000000000   0.2287999987602234   0.6729999929666519    3    b
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
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1楼 2011-06-28 09:37:16
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hw45888792

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

qiqi2926(金币+1): 2011-06-28 10:18:58
Atoms  1880  2366 这两个原子轨道离太近了，或者重合了，一般是最小单胞外面有原子，会与单胞内某个原子重合，搭建结构的时候是很难发现的~
赞一下 回复此楼
宠辱不惊，看庭前花开花落；去留无意，望天空云卷云舒。
2楼2011-06-28 10:11:12
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hw45888792 at 2011-06-28 10:11:12:
Atoms  1880  2366 这两个原子轨道离太近了，或者重合了，一般是最小单胞外面有原子，会与单胞内某个原子重合，搭建结构的时候是很难发现的~

这个我知道，但是这个是什么原因造成的，需要修改的是哪个参数，为什么做 si 的时候是没有问题的，做配位氢化物的时候就会出现问题？？？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-28 10:20:33
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hw45888792

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

qiqi2926(金币+9): 2011-07-04 09:58:16
引用回帖:
Originally posted by qiqi2926 at 2011-06-28 10:20:33:
这个我知道，但是这个是什么原因造成的，需要修改的是哪个参数，为什么做 si 的时候是没有问题的，做配位氢化物的时候就会出现问题？？？谢谢

首先找到哪个原子重叠，检测方法就是：在MS里面把你认为可能重叠的原子标记不同颜色，然后做成超单胞，去掉单胞外原子即可。
估计你在加氢的时候，产生的问题，检测一下看看~
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宠辱不惊，看庭前花开花落；去留无意，望天空云卷云舒。
4楼2011-06-28 10:27:50
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