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psichologist

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta多个/种分子优化的问题

在优化两个或多个分子组成的体系时,优化后原子的位置很乱,不能保持原来每种分子的基本形态,比如,A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏?

不知道我说清楚了没有。谢谢大家!!
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ifmc1234

木虫 (著名写手)


psichologist(金币+2): 2010-10-15 18:06:27
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流! 2010-10-15 23:01:17
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 16:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时,优化后原子的位置很乱,不能保持原来每种分子的基本形态,比如,A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏?

不知道我说清 ...

如果两个分子之间有相互作用,结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动;或者用内坐标优化,选择一些参数动,而固定一些参数。当然体系如果大的话,会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中,结构改变好大。。。
2楼2010-10-15 17:34:45
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psichologist

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 17:34:45:


如果两个分子之间有相互作用,结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动;或者用内坐标优化,选择一些参数动,而固定一些参数。当然体系如果大的话,会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中,结构改变好大。。。

非常感谢!
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件?
3楼2010-10-15 18:06:12
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ifmc1234

木虫 (著名写手)


bingmou(金币+1):能否详细介绍一下或者给出软件的链接?谢谢交流 2010-10-15 19:23:19
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 18:06:12:



非常感谢!
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件?

Molden,免费的。。。
4楼2010-10-15 18:07:18
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ifmc1234

木虫 (著名写手)


zxzj05(金币+1):奖励回帖交流! 2010-10-16 17:51:12
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 18:07:18:


Molden,免费的。。。

Google一下就有了。
http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
5楼2010-10-16 17:29:28
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jlan

银虫 (初入文坛)


aylayl08(金币+1):谢谢提点 2010-10-27 20:00:41
Siesta中有一个选项GeometryConstraints 可以用来固定原子的位置
6楼2010-10-27 09:47:02
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者

学习学习,谢谢楼主。
xuexizhe
7楼2010-11-11 11:04:26
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zhangguangping

木虫 (著名写手)


cenwanglai(金币+1):谢谢回复! 2010-11-11 16:27:09
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 09:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时,优化后原子的位置很乱,不能保持原来每种分子的基本形态,比如,A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏?

不知道我说清 ...

你可以使用z-matrix来写几何结构,在这个框架下,也可以用xyz的模式写,并且限制的时候可以对xyz分别限制。
弘德明志博学笃行
8楼2010-11-11 16:04:53
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