应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta多个/种分子优化的问题
51/1返回列表
查看: 2275  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

psichologist

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta多个/种分子优化的问题

在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清楚了没有。谢谢大家！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-15 16:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
学习学习，谢谢楼主。
赞一下 回复此楼
xuexizhe
7楼2010-11-11 11:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
psichologist(金币+2): 2010-10-15 18:06:27
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流！ 2010-10-15 23:01:17
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 16:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清 ...

如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-15 17:34:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

psichologist

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 17:34:45:


如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。

非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？
赞一下 回复此楼
3楼2010-10-15 18:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
bingmou(金币+1):能否详细介绍一下或者给出软件的链接？谢谢交流 2010-10-15 19:23:19
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 18:06:12:



非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？

Molden，免费的。。。
回复此楼
4楼2010-10-15 18:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 9/450 2026-08-21 15:38 by dcqxinyang
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭