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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta多个/种分子优化的问题
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psichologist

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta多个/种分子优化的问题

在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清楚了没有。谢谢大家！！
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1楼 2010-10-15 16:22:33
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
psichologist(金币+2): 2010-10-15 18:06:27
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流！ 2010-10-15 23:01:17
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 16:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清 ...

如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。
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2楼2010-10-15 17:34:45
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psichologist

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 17:34:45:


如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。

非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？
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3楼2010-10-15 18:06:12
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
bingmou(金币+1):能否详细介绍一下或者给出软件的链接？谢谢交流 2010-10-15 19:23:19
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 18:06:12:



非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？

Molden，免费的。。。
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4楼2010-10-15 18:07:18
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流! 2010-10-16 17:51:12
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 18:07:18:


Molden，免费的。。。

Google一下就有了。
http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
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5楼2010-10-16 17:29:28
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jlan

银虫 (初入文坛)
★
aylayl08(金币+1):谢谢提点 2010-10-27 20:00:41
Siesta中有一个选项GeometryConstraints 可以用来固定原子的位置
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6楼2010-10-27 09:47:02
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
学习学习，谢谢楼主。
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xuexizhe
7楼2010-11-11 11:04:26
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢回复！ 2010-11-11 16:27:09
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 09:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清 ...

你可以使用z-matrix来写几何结构，在这个框架下，也可以用xyz的模式写，并且限制的时候可以对xyz分别限制。
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弘德明志博学笃行
8楼2010-11-11 16:04:53
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