应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta多个/种分子优化的问题
81/1返回列表
查看: 1993  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

psichologist

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta多个/种分子优化的问题

在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清楚了没有。谢谢大家！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-15 16:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
psichologist(金币+2): 2010-10-15 18:06:27
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流！ 2010-10-15 23:01:17
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 16:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清 ...

如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-15 17:34:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

psichologist

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 17:34:45:


如果两个分子之间有相互作用，结构就会被破坏。
你可以限制某些坐标不动；或者用内坐标优化，选择一些参数动，而固定一些参数。当然体系如果大的话，会有的复杂。

A分子中的原子跑到B中，结构改变好大。。。

非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？
赞一下 回复此楼
3楼2010-10-15 18:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
bingmou(金币+1):能否详细介绍一下或者给出软件的链接？谢谢交流 2010-10-15 19:23:19
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 18:06:12:



非常感谢！
请问有没有普通坐标转化为Z-matrix 的程序或软件？

Molden，免费的。。。
回复此楼
4楼2010-10-15 18:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
zxzj05(金币+1):奖励回帖交流! 2010-10-16 17:51:12
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-10-15 18:07:18:


Molden，免费的。。。

Google一下就有了。
http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-10-16 17:29:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jlan

银虫 (初入文坛)
★
aylayl08(金币+1):谢谢提点 2010-10-27 20:00:41
Siesta中有一个选项GeometryConstraints 可以用来固定原子的位置
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-10-27 09:47:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
学习学习，谢谢楼主。
赞一下 回复此楼
xuexizhe
7楼2010-11-11 11:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢回复！ 2010-11-11 16:27:09
引用回帖:
Originally posted by psichologist at 2010-10-15 09:22:33:
在优化两个或多个分子组成的体系时，优化后原子的位置很乱，不能保持原来每种分子的基本形态，比如，A分子中的原子可能跑到B分子中。

请问siesta中可不可以保持每种分子优化后的结构不被破坏？

不知道我说清 ...

你可以使用z-matrix来写几何结构，在这个框架下，也可以用xyz的模式写，并且限制的时候可以对xyz分别限制。
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
8楼2010-11-11 16:04:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 psichologist 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 333求调剂 +5 87639 2026-03-21 7/350 2026-03-21 19:31 by ColorlessPI
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +5 张vvvv 2026-03-15 7/350 2026-03-21 19:23 by ColorlessPI
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[考研] 302求调剂 +12 呼呼呼。。。。 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭