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利用siesta做verlet MD时出现问题siesta: WARNING: Atoms
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在利用siesta做verlet MD，用Si8做的时候顺利结束，但是换成LiBH4或者NH3BH3时，均出现siesta: WARNING: Atoms 1880 2366 too close: rij = 0.288938 Ang之类的错误警告，不知道是怎么回事？ 现将输入文件附上： SystemName libh4 SystemLabel libh4 NumberOfAtoms 24 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 1 H 2 3 Li 3 5 B %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisSize SZ PAO.EnergyShift 300 meV LatticeConstant 6.4494 Ang %block LatticeVectors 1.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.822867243000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.000000000000000 0.820525940000000 %endblock LatticeVectors MeshCutoff 130.0 Ry %block kgrid_Monkhorst_Pack 6 0 0 0.0 0 6 0 0.0 0 0 6 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 50 DM.MixingWeight 0.3 DM.NumberPulay 4 DM.Tolerance 1.d-4 DM.UseSaveDM SolutionMethod diagon ElectronicTemperature 25 meV MD.TypeOfRun Verlet MD.InitialTimeStep 1 MD.FinalTimeStep 200 MD.LengthTimeStep 3.0 fs MD.InitialTemperature 10.0 K WriteMDHistory T AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.0949999988079071 0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h 0.0949999988079071 0.8339999914169313 0.5740000009536742 1 h -0.0949999988079071 -0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h -0.0949999988079071 0.1660000085830689 0.5740000009536743 1 h 0.5949999988079071 -0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h 0.5949999988079071 0.1660000085830688 0.5740000009536743 1 h 0.4050000011920930 0.3339999914169312 0.0740000009536743 1 h 0.4050000011920930 0.8339999914169310 0.5740000009536743 1 h 0.2500000000000000 0.0496999993920326 0.1831000000238419 1 h 0.2500000000000000 0.3510000109672546 0.3802999854087830 1 h 0.2500000000000000 0.5496999993920326 0.6831000000238418 1 h 0.2500000000000000 0.8510000109672545 0.8802999854087830 1 h -0.2500000000000000 -0.0496999993920326 0.1831000000238419 1 h -0.2500000000000000 -0.3510000109672546 0.3802999854087830 1 h -0.2500000000000000 0.4503000006079674 0.6831000000238419 1 h -0.2500000000000000 0.1489999890327454 0.8802999854087829 1 h 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 2 li 0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.4999999999999999 2 li 0.5000000000000000 -0.0000000000000000 -0.0000000000000000 2 li 0.5000000000000000 0.4999999999999999 0.5000000000000000 2 li 0.2500000000000000 0.2712000012397766 0.1729999929666519 3 b 0.2500000000000000 0.7712000012397767 0.6729999929666518 3 b -0.2500000000000000 -0.2712000012397766 0.1729999929666519 3 b -0.2500000000000000 0.2287999987602234 0.6729999929666519 3 b %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 如需要输出文件，请留言告知 谢谢 |
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