应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题
51/1返回列表
查看: 2708  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题 已有3人参与

最近在做transieta的计算，发现收敛困难，看maillist里主要考虑增加屏蔽层和设置TS.UpdateDMCROnly，我在设置TS.UpdateDMCROnly时，一直不明白这个东西到底是作用在整个散射区还是仅仅与电极结构相重复的散射区中左右单元的过度层？这个coupling terms该怎么理解？
     还有期中有个人提到TS.UpdateDMCROnly + extra elec layers，又该怎么理解，是说对外电极设置这个参数么？
我用3层Al电极做左右屏蔽层，TS.UpdateDMCROnly设置为 T了，还是收敛非差差。近300步才收敛。也不知道哪里问题哦。我的输入参数如下，请大家指教：
NumberOfSpecies 3                                                                                                  
NumberOfAtoms   287                                                                                                
                                                                                                                  
%block ChemicalSpeciesLabel                                                                                    
  1     6    C                     
  2   7   N                                                                                                        
  3   13  Al                                                                                                      
%endblock ChemicalSpeciesLabel                                                                                    
                                                                                                                  
                                                                                                                  
PAO.EnergyShift       200 meV                                                                                      
                                                                                                                  
PAO.BasisType    split                                                                                             
                                                                                                                  
PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    DZP                                                                                       
                                                                                                                  
LatticeConstant   1.0 Ang                                                                                          
                                                                                                                  
%block LatticeVectors                                                                                             
16.19832    0.00000000    0.00000000                                                                             
0.00000000    16.19832     0.00000000                                                                             
0.00000000    0.00000000   26.80535368                                                                                
%endblock LatticeVectors                                                                                          
                                                                                                                  
                                                                                                                  
#kgrid_cutoff                        20. Ang                                                                       
                                                                                                                  
%block kgrid_Monkhorst_Pack                                                                                       
  1   0   0    0.0                                                                                                
  0   1   0    0.0                                                                                                
  0   0   1    0.5                                                                                                
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack                                                                                    
                                                                                                                  
# SPIN options                                                                                                     
                                                                                                                  
xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional                                            
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version                                               
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no                                          
FixSpin               F                                                                                            
TotalSpin             0.0                                                                                          
NonCollinearSpin                   F                       # 'T', 'F'                                             
MeshCutoff                               150. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid      
                                                                                                                  
                                                                                                                  
# SCF options                                                                                                      
                                                                                                                  
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM                  
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter                                                   
DM.UseSaveDM           F            # to use continuation files                                                   
DM.MixingWeight       0.03          # New DM amount for next SCF cycle                                             
DM.NumberPulay         5                                                                                          
DM.MixSCF1                               F                                                                        
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')      
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect                                             
SolutionMethod        transiesta         # OrderN or Diagon or transiesta                                          
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing                                                   
                                                                                                                  
# MD options                                                                                                      
                                                                                                                  
MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:                                                           
MD.VariableCell        F                                                                                          
MD.NumCGsteps          000           # Number of CG steps for coordinate optimization                              
ZM.UnitsLength          Ang           #the units of length used during Z-matrix input                              
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input                              
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths         
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles   
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value

[ Last edited by redskywei on 2010-5-29 at 18:21 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

SIESTA

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坠入无边的网~~
1楼 2010-05-29 18:19:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-29 18:23:30:

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！

改了这个参数，依旧没效果，不知道guangping兄的计算是否收敛比较快，能否分享一下参数看看，特别是关于碳纳米管的计算。另外还改了好多其他参数，结果都不理想。在maillist上求助也无结果，
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
4楼2010-06-08 21:27:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
redskywei(金币+2):谢谢交流，这个参数应该没有这么厉害的影响，我会试试～～ 2010-05-29 21:23:49
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-22 22:23:26
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-05-29 11:19:12:
最近在做transieta的计算，发现收敛困难，看maillist里主要考虑增加屏蔽层和设置TS.UpdateDMCROnly，我在设置TS.UpdateDMCROnly时，一直不明白这个东西到底是作用在整个散射区还是仅仅与电极结构相重复的散射区中 ...

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
2楼2010-05-29 18:23:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★
redskywei(金币+2):谢谢建议，我感觉这个参数应该不是很多影响的，不过希望可以把这个参数的意义说的更清楚些～ 2010-05-29 21:22:18
redskywei(金币+3):我想同样的第二周期的原子，应该没这么大的影响吧，我把原子替换看看～～ 2010-05-29 21:24:34
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-22 22:23:49
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-29 18:23:30:

应该是你的PAO.EnergyShift       200 meV太大了吧！改为100试试！MeshCutoff                               150. Ry  有没有小点，我不是横确定，你可以先试试第一个！

这个收敛参数没有问题，200meV。 MeshCutoff=150.Ry

你在看一下其他参数。

还有可能就是体系的问题，同样结构的BN比Graphene就会要难收敛好多，体系完全一样，把原子替换成BN之后 计算量是Graphene的好几倍
赞一下(1人) 回复此楼
阿什顿联
3楼2010-05-29 18:45:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 163.com at 2010-05-29 18:45:14:



这个收敛参数没有问题，200meV。 MeshCutoff=150.Ry

你在看一下其他参数。

还有可能就是体系的问题，同样结构的BN比Graphene就会要难收敛好多，体系完全一样，把原子替换成BN之后 计算量是Graphene的 ...

把体现替换成了个理想（8，0)碳管来做，还是不行，真是想破头皮了哦。
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
5楼2010-06-08 21:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 115/5750 2026-08-19 12:09 by 医学老男孩
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +7 ziyangfang 2026-08-19 8/400 2026-08-19 11:40 by h初学者f
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +7 kkkl_v 2026-08-19 7/350 2026-08-19 10:28 by pfeng
[基金申请] 今天放榜吗？ +11 布布和一二 2026-08-19 11/550 2026-08-19 10:06 by xter9665
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭