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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 怎么读取Siesta输出的Hamiltonian and overlap矩阵(*.HSX文件)？
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tsh8167

木虫 (小有名气)

[求助] 怎么读取Siesta输出的Hamiltonian and overlap矩阵(*.HSX文件)？

如题，我想计算体系的Hamiltonian and overlap，按Siesta3.1的手册说明，在输入文件里设置参数SaveHS T 后，得到的 *.HSX文件却是乱码，该如何操作了？
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1楼 2012-05-04 17:28:56
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tsh8167: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-04 20:24:27
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-05-04 20:58:06
tsh8167: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-30 12:26:27
那个文件是用的unformated格式记录的，机器能读。你要是想看的话，你可以将Src目录m_hsx.F文件中第106行
          open( iu, file=fname, form='unformatted', status='unknown' )
修改为
          open( iu, file=fname, form='formatted', status='unknown' )
输出的文件，你打开就可以看了。
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弘德明志博学笃行
2楼2012-05-04 19:03:34
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-04 20:58:13
当然，你修改文件后，替换掉原来的。需要对代码重新编译。一个最简单的办法就是将Scr的m_hsx.F文件修改后，在编译目录下面(估计你用的是Obj目录)只把以m_hsx.mod，m_hsx.o删除后，然后直接make开始编译。这样编译省不少时间。
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弘德明志博学笃行
3楼2012-05-04 19:08:22
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tsh8167

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-05-04 19:08:22:
当然，你修改文件后，替换掉原来的。需要对代码重新编译。一个最简单的办法就是将Scr的m_hsx.F文件修改后，在编译目录下面(估计你用的是Obj目录)只把以m_hsx.mod，m_hsx.o删除后，然后直接make开始编译。这样编译 ...

我照改了，但是重新编译后，计算会出现
forrtl: severe (256): unformatted I/O to unit open for formatted transfers, unit 15, file /home/tsh/softs/siesta/siesta-3.1/Tests/h2o/h2o.HSX 的错误，不知该如何处理？
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4楼2012-05-04 20:25:42
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tsh8167 at 2012-05-04 20:25:42:
我照改了，但是重新编译后，计算会出现
forrtl: severe (256): unformatted I/O to unit open for formatted transfers, unit 15, file /home/tsh/softs/siesta/siesta-3.1/Tests/h2o/h2o.HSX 的错误，不知该如 ...

忘记了一点，你还需要将那个文件中所有的
write(iu)
替换成
write(iu,*)
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弘德明志博学笃行
5楼2012-05-04 20:56:09
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tsh8167

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-05-04 20:56:09:
忘记了一点，你还需要将那个文件中所有的
write(iu)
替换成
write(iu,*)

替换后，重新编译时会在248,339,342行出现错误，提示：line 342:Syntax error, found END-OF-STATEMENT when expecting one of: = .EQV. .NEQV. .XOR. .OR. .AND. .LT. < .LE. <= .EQ. == .NE. /= .GT. > ...   可在相应行删除两个空格来解决。
多谢版主！！！！问题解决了。

另问：版主可否对*.HSX文件里的内容做个说明？我看里面全是数字 ，不知道哪块对应的是Hamiltonian 矩阵，哪块是overlap矩阵。
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6楼2012-05-04 21:33:50
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tsh8167

木虫 (小有名气)
附：这是我得到的H2O的.HSX文件
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    • 2012-05-04 21:40:06, 47.32 K
7楼2012-05-04 21:41:11
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tsh8167 at 2012-05-04 21:33:50:
替换后，重新编译时会在248,339,342行出现错误，提示：line 342:Syntax error, found END-OF-STATEMENT when expecting one of: = .EQV. .NEQV. .XOR. .OR. .AND. .LT. < .LE. <= .EQ. == .NE. /= .GT. &g ...

关于内容的问题，你可以直接去看m_hsx.F文件中的write_hsx子过程。
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弘德明志博学笃行
8楼2012-05-04 22:32:59
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tsh8167

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-05-04 22:32:59:
关于内容的问题，你可以直接去看m_hsx.F文件中的write_hsx子过程。

版主，有两个问题请教：
1、如何像读取*.HSX文件一样读取出*.TSHS文件的内容？该改哪个源文件？
2、siesta中默认的Hamilton的单位是什么？是eV吗？
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9楼2012-05-18 15:10:19
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-18 22:30:40
引用回帖:
9楼: Originally posted by tsh8167 at 2012-05-18 15:10:19:
版主，有两个问题请教：
1、如何像读取*.HSX文件一样读取出*.TSHS文件的内容？该改哪个源文件？
2、siesta中默认的Hamilton的单位是什么？是eV吗？

1. m_ts_io.F90中有一个子程序ts_iohs这个负责读写TSHS文件。
2. 单位是Ry
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弘德明志博学笃行
10楼2012-05-18 22:18:26
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