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hlq3175木虫 (正式写手)
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【求助】溶剂化效应自由能的输出问题
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各位高手帮帮忙呀，我需要用g03算一下我的体系的溶剂化自由能 DeltaG (solv)，可是我按照常规的输入#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) geom=modredundant scf=tight，它并没有那一项结果输出。根据小木虫里面找的的帖子，我的输入文件改成这样的#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,externaliteration) geom=modredundant scf=tight，可是总是出错类似QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,exte ' Last state="SCR2" TCursr=38161 LCursr= 35 Error termination via Lnk1e in /home/apps/g03/l1.exe at Mon Mar 12 15:39:46 2012. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.2 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 这些输入文件里面的字母都是我一个一个敲进去的，没有任何空格，可是一提交就出现莫名其妙的空格，不知道是什么情况？另外能不能解释一下这两个dovacuum,externaliteration的意思，尤其是第一个，我在03说明书里没找到他们的解释呀，请各位高手给我指点指点。感激不尽呀! |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金币+1): ★有帮助, 谢谢您，不过我要的是溶剂化自由能，这样子算出来还是没有我要的自由能那一项。 2012-03-14 14:43:25
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金币+1): ★有帮助, 谢谢您，不过我要的是溶剂化自由能，这样子算出来还是没有我要的自由能那一项。 2012-03-14 14:43:25
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溶剂效应这样写就行了 %chk=H2O-S.chk # opt rb3lyp/6-31+g(d,p) SCRF(CPCM,Read,Solvent=Acetonitrile) H2O Structure in Solution-Phase 0 1 H 0.00000000 0.77125000 -0.46932000 H 0.00000000 -0.77125000 -0.46932000 O 0.00000000 0.00000000 0.11733000 RADII=UAKS |
2楼2012-03-14 10:33:58
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我是这样理解的，但是我觉得用频率分析做出来的那个自由能不能包括所有的自由能，我按您说的已经试过了，输出文件SCF Done: E(RB+HF-LYP) = -399.126337746 A.U. after 7 cycles Convg = 0.8999D-08 -V/T = 2.0039 S**2 = 0.0000 KE= 3.975926270936D+02 PE=-1.499897705926D+03 EE= 4.215325170137D+02 -------------------------------------------------------------------- Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839 -------------------------------------------------------------------- (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -13.47 -------------------------------------------------------------------- Cavitation energy (kcal/mol) = 18.95 Dispersion energy (kcal/mol) = -12.91 Repulsion energy (kcal/mol) = 1.17 Total non electrostatic (kcal/mol) = 7.22 -------------------------------------------------------------------- Partition over spheres: Sphere on Atom Surface Charge GEl GCav GDR 1 N1 14.71 -0.106 -3.05 2.51 -1.52 2 C4 27.03 -0.023 -0.32 3.28 -2.30 3 C7 24.01 -0.039 -0.52 3.47 -2.07 4 O10 19.37 0.053 -6.10 2.53 -1.82 5 C12 12.00 -0.109 -0.90 1.91 -1.10 6 O13 18.00 0.100 -0.52 2.61 -1.56 7 O14 15.46 0.084 -0.48 2.65 -1.38 Added spheres: 24.76 0.019 -1.57 0.00 0.00 -------------------------------------------------------------------- After PCM corrections, the SCF energy is -399.126337746 a.u. -------------------------------------------------------------------- Leave Link 502 at Wed Mar 14 11:20:35 2012, MaxMem= 838860800 cpu: 80.8 (Enter /home/apps/g03/l701.exe)这里面哪个是我要的自由能呢？难道是Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839减去RHF吗？我觉得这样做出来结果是不对的。 |
5楼2012-03-14 20:24:02
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