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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用SMD算溶剂下单点能，自由能应该用哪个
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taylorwang

新虫 (初入文坛)

[求助] 用SMD算溶剂下单点能，自由能应该用哪个

我使用的是Gaussian 09，我在气相做了opt freq之后，取了优化后的结构（最后一个）做了溶剂中的单点能计算
输入文件我这样写的
%chk=smd-eigth.chk
%mem=1200mb
%nprocshared=8
#p b3lyp/gen scrf(solvent=1,4-dioxane,smd,dovacuum,externaliteration) nosymm

Title Card Required

算完之后高斯的.log文件里能量有好几个，我该取哪个，然后和气相里的哪个数据加减，得到溶剂下的Gibbs自由能呢
以下是算溶剂下单点能的.log文件里的，我摘了几段

SCF Done:  E(RB3LYP) =  -756.550033126     A.U. after   14 cycles
             Convg  =    0.5789D-08             -V/T =  2.0036
KE= 7.538468931103D+02 PE=-3.324979693767D+03 EE= 1.038308897138D+03
Leave Link  502 at Mon Oct 15 11:32:28 2012, MaxMem=  157286400 cpu:     589.7
(Enter /public1/Gauss09.A02/g09/l601.exe)

(Enter /public1/Gauss09.A02/g09/l124.exe)
SC-PCM: Using the SCF density.
SC-PCM: The equilibrium contribution to the free energy is   -0.005315010 a.u.
SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is      -756.555051050 a.u.
SC-PCM: Erms=  0.14603D-07 Emax=  0.60232D-07 Qconv=  0.10000D-06
SC-PCM: Convergence achieved in   5 iterations.
SC-PCM: The reaction field is now self-consistent.
Error on total polarization charges =  0.03473
--------------------------------------------------------------------
Self-consistent PCM results
===========================
                     (a.u.) =    -756.550033
                     (a.u.) =    -756.554778
                     (a.u.) =    -756.555051
                     (a.u.) =    -756.549736
                     (a.u.) =    -756.555051
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms           (a.u.) =    -756.554983
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent             (kcal/mol) =      -2.98
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -3.34
Solute polarization                      (kcal/mol) =       0.19
Total electrostatic                      (kcal/mol) =      -3.15
--------------------------------------------------------------------
SMD-CDS (non-electrostatic) energy             (kcal/mol) =       0.04
(included in total energy above)
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       0.04
DeltaG (solv)                            (kcal/mol) =      -3.11
--------------------------------------------------------------------
Dipole moment (Debye):
in vacuo    : X=  0.5513 Y=  0.1401 Z=  0.0640 Tot=  0.5724
in solution : X=  0.6048 Y=  0.1194 Z=  0.0748 Tot=  0.6210
--------------------------------------------------------------------


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taylorwang

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1楼2012-10-17 08:05:12
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jiameiye

禁虫 (职业作家)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2012-10-18 16:32:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

taylorwang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiameiye at 2012-10-18 16:32:04
用这个“Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms           (a.u.) =    -756.554983” 减去气相中的G298 就是溶剂化吉布斯自由能值

气相里我只是做了opt和freq
.log文件里有
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -756.550033010     A.U. after    9 cycles
             Convg  =    0.5311D-08             -V/T =  2.0036
KE= 7.538467221087D+02 PE=-3.324966663974D+03 EE= 1.038302468960D+03

Rotational temperatures (Kelvin)      0.06798     0.01256     0.01246
Rotational constants (GHZ):           1.41645     0.26171     0.25964
Zero-point vibrational energy     629099.4 (Joules/Mol)
                                  150.35837 (Kcal/Mol)
  
Zero-point correction=                           0.239611 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.255306
Thermal correction to Enthalpy=                  0.256250
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.194049
Sum of electronic and zero-point Energies=           -756.310422
Sum of electronic and thermal Energies=              -756.294727
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -756.293783
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -756.355984
气相里应该用哪个？是用0.194049吗？结果是-756.554983+0.194049 这样对吗？
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3楼2012-10-19 10:39:39
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emmaxue

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by taylorwang at 2012-10-19 10:39:39
气相里我只是做了opt和freq
.log文件里有
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -756.550033010     A.U. after    9 cycles
             Convg  =    0.5311D-08             -V/T =  2.0036
KE= 7.538467221087D+02 P ...

就用这个Sum of electronic and thermal Energies=-756.294727就好了。我一般计算的时候都是用这个计算的。
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itisnotprettysimple.
4楼2012-10-19 15:37:35
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liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

Total free energy in solution:
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taylorwang
5楼2012-10-21 18:02:21
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taylorwang

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by liweiyi123456 at 2012-10-21 18:02:21
Total free energy in solution:

我也想就用这个，但师姐说她曾看过有人说直接用这个有点问题。他们用过PCM模型的或者用G03的都是气相里取某个数加上溶剂里取某个数才得到的，G09这里直接合出来的这个我不知是不是就是已经经过校正的可以直接拿来用的了。
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6楼2012-10-22 18:23:26
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taylorwang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
谢谢
但那得出来的不就是DeltaG 了吗？我是想要可以画势能面的Gibbs自由能（在溶剂下的），而不是要溶剂化作用对自由能的改变（校正）
而且G09里有个DeltaG，它是什么意思啊？
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7楼2012-10-22 18:34:15
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liweiyi123456

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by taylorwang at 2012-10-22 18:23:26
我也想就用这个，但师姐说她曾看过有人说直接用这个有点问题。他们用过PCM模型的或者用G03的都是气相里取某个数加上溶剂里取某个数才得到的，G09这里直接合出来的这个我不知是不是就是已经经过校正的可以直接拿来用 ...

高斯09已经矫正过了直接用就可以了，03是不能用了
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taylorwang
8楼2012-10-23 09:13:57
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taylorwang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by liweiyi123456 at 2012-10-23 09:13:57
高斯09已经矫正过了直接用就可以了，03是不能用了...

哦 那我就用了啊 谢谢
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9楼2012-10-23 15:24:27
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