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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】溶剂化效应自由能的输出问题
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hlq3175

木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】溶剂化效应自由能的输出问题

各位高手帮帮忙呀，我需要用g03算一下我的体系的溶剂化自由能 DeltaG (solv)，可是我按照常规的输入#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) geom=modredundant scf=tight，它并没有那一项结果输出。根据小木虫里面找的的帖子，我的输入文件改成这样的#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,externaliteration) geom=modredundant scf=tight，可是总是出错类似QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,exte
                            '
Last state="SCR2"
TCursr=38161 LCursr=   35
Error termination via Lnk1e in /home/apps/g03/l1.exe at Mon Mar 12 15:39:46 2012.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      8 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
这些输入文件里面的字母都是我一个一个敲进去的，没有任何空格，可是一提交就出现莫名其妙的空格，不知道是什么情况？另外能不能解释一下这两个dovacuum,externaliteration的意思，尤其是第一个，我在03说明书里没找到他们的解释呀，请各位高手给我指点指点。感激不尽呀!
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1楼 2012-03-12 22:47:38
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金币+1): ★有帮助, 谢谢您，不过我要的是溶剂化自由能，这样子算出来还是没有我要的自由能那一项。 2012-03-14 14:43:25
溶剂效应这样写就行了
%chk=H2O-S.chk
# opt rb3lyp/6-31+g(d,p) SCRF(CPCM,Read,Solvent=Acetonitrile)

H2O Structure in Solution-Phase

0 1
H                  0.00000000    0.77125000   -0.46932000
H                  0.00000000   -0.77125000   -0.46932000
O                  0.00000000    0.00000000    0.11733000

RADII=UAKS
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2楼2012-03-14 10:33:58
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

对于???一个分??结构，分别计算有无溶剂效应时的???布斯自由能，其差值自然??就是溶剂化自由能????
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3楼2012-03-14 16:44:41
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-03-17 18:58:41
溶剂化自由能不就是溶解后的自由能减去溶解前的吗
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4楼2012-03-14 16:47:01
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hlq3175

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2012-03-14 16:47:01:
溶剂化自由能不就是溶解后的自由能减去溶解前的吗

我是这样理解的，但是我觉得用频率分析做出来的那个自由能不能包括所有的自由能，我按您说的已经试过了，输出文件SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -399.126337746     A.U. after    7 cycles
             Convg  =    0.8999D-08             -V/T =  2.0039
             S**2   =   0.0000
KE= 3.975926270936D+02 PE=-1.499897705926D+03 EE= 4.215325170137D+02
--------------------------------------------------------------------
Variational PCM results
=======================
                     (a.u.) =    -399.104877
                     (a.u.) =    -399.126338
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -399.114839
--------------------------------------------------------------------
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =     -13.47
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =      18.95
Dispersion energy                        (kcal/mol) =     -12.91
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       1.17
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       7.22
--------------------------------------------------------------------
Partition over spheres:
Sphere  on Atom  Surface  Charge   GEl     GCav    GDR
    1      N1      14.71  -0.106   -3.05    2.51   -1.52
    2      C4      27.03  -0.023   -0.32    3.28   -2.30
    3      C7      24.01  -0.039   -0.52    3.47   -2.07
    4      O10     19.37   0.053   -6.10    2.53   -1.82
    5      C12     12.00  -0.109   -0.90    1.91   -1.10
    6      O13     18.00   0.100   -0.52    2.61   -1.56
    7      O14     15.46   0.084   -0.48    2.65   -1.38
Added spheres:    24.76   0.019   -1.57    0.00    0.00
--------------------------------------------------------------------
After PCM corrections, the SCF energy is  -399.126337746     a.u.
--------------------------------------------------------------------
Leave Link  502 at Wed Mar 14 11:20:35 2012, MaxMem=  838860800 cpu:      80.8
(Enter /home/apps/g03/l701.exe)这里面哪个是我要的自由能呢？难道是Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -399.114839减去RHF吗？我觉得这样做出来结果是不对的。
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5楼2012-03-14 20:24:02
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hlq3175: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢你，我大概明白我的问题出在哪里了。 2012-03-16 10:47:51
你看看这个吧Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models
dx.doi.org/10.1021/jp107136j
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[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=雨晨田木&say=不要太辛苦哦。[/img][/url]
6楼2012-03-15 09:29:41
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hlq3175

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2012-03-15 09:29:41:
你看看这个吧Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models
dx.doi.org/10.1021/jp107136j

我要的自由能应该是Cavitation energy                        (kcal/mol) =      18.95
Dispersion energy                        (kcal/mol) =     -12.91
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       1.17
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       7.22这几项的和，不过我好像应该尝试一下在优化阶段就加上溶剂去试试，谢谢您了。
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7楼2012-03-16 10:49:08
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
hlq3175: 金币+1, ★有帮助, 谢谢呀，这个我已经确定了。 2012-03-16 16:52:59
dovacuum和externaliteration都是G09中scrf的选项，G03不认识。。。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2012-03-16 11:14:28
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
6楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2012-03-15 09:29:41:
你看看这个吧Comment on the Correct Use of Continuum Solvent Models
dx.doi.org/10.1021/jp107136j

能否解释下，这篇文章的内容，有点没看明白
作者的意思是说用方程4来计算溶剂化自由能吗
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
9楼2012-03-31 13:39:39
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雨晨田木

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by boylc789 at 2012-03-31 13:39:39:
能否解释下，这篇文章的内容，有点没看明白
作者的意思是说用方程4来计算溶剂化自由能吗

对，但是有个符号写错了，Esolv应该改成Esoln。就是说溶液下溶质的总自由能= Esoln（溶液下溶质的总能量）+Gnes（溶解增加的自由能）+deltaGcorr_gas（气相下溶质的热自由能校正）。Esoln+Gnes的值在PCM计算后在log文件中作为Total free energy in solution: with all non electrostatic terms 项自动给出，而deltaGcorr_gas是在气相下作freq计算后得到的值。注意，在这里溶液和气相下溶质的结构需要分别在液相和气相重作结构优化，很有可能是不一样的。
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10楼2012-03-31 15:42:11
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