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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】DMOL 构建簇模型如何添加点电荷来消除边界效应
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水月慧心

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】DMOL 构建簇模型如何添加点电荷来消除边界效应

如题： 向大伙请教一个问题：
在dmol中如果要通过加入点电荷的方法来消除簇结构的边界效应 该如何操作呢？
我只在文献中看见过用dmol做簇模型计算时通过添加氢原子 来消除边界效应的，高斯中能实现通过点电荷的方法来消除边界效应，那在dmol中是如何操作呢？
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1楼 2010-08-23 11:15:49
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石油黑人

银虫 (小有名气)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-08-23 16:04:34
一般都是采用“氢封闭”的方式吧。
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生活在白色恐怖之下，一样搞科研
2楼2010-08-23 15:18:06
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水座

铁杆木虫 (小有名气)
请问楼主说的边界效应是什么呢？
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3楼2010-08-23 18:19:57
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水月慧心

金虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢解释，了解了一些 2010-08-24 08:02:17
引用回帖:
Originally posted by 水座 at 2010-08-23 18:19:57:
请问楼主说的边界效应是什么呢？

固体是分子量无穷大的无限体系，
，簇模型是从固体中挖出有限大的一块来加以计算。。因为固体是无边界的，而挖出来的簇必然有边界，也就是会造成许多本来不存在的悬空键，也就是
会造成许多本来不存在的悬空键。为了补偿这种人为形成的误差，通常采用两种方法。一种是氢封闭，即每个悬空键用一个氢原子封闭，通过和氢原子成键消除悬空键；另一种是加点电荷，就是在本来应该是固体中原子或离子占据的位置放上点电荷，来模拟离子的存在以消除边界效应。
  我就想知道第二种方法在dmol中如何实现
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4楼2010-08-23 20:03:55
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-08-24 08:02:28


在框的位置加电荷，一直加到满壳层为止。
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2323605&fpage=1
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
5楼2010-08-23 20:44:04
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水月慧心

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-08-23 20:44:04:


在框的位置加电荷，一直加到满壳层为止。
本文来自: 小木虫论坛 [url]http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2323605&fpage=1[/ ...

谢谢您 不过我不知道如何才算是满壳层呢 不好意思 我不是学化学的 另外 这个能保证如此添加的电荷能均匀分配在边界原子周围吗？
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6楼2010-08-23 21:40:08
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★
水月慧心(金币+2): 2010-08-24 09:01:05
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-08-24 09:16:47
引用回帖:
Originally posted by 水月慧心 at 2010-08-23 21:40:08:

谢谢您 不过我不知道如何才算是满壳层呢 不好意思 我不是学化学的 另外 这个能保证如此添加的电荷能均匀分配在边界原子周围吗？

18电子满壳层理论的使用性还是较好的，你可以查查。
至于电荷能否均匀分配到原子周围，我想谁也控制不了的，但是电子应该会自动寻找电势低的位置占据，就好像水往低处走一样
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
7楼2010-08-24 08:25:56
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水月慧心

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-08-24 08:25:56:


18电子满壳层理论的使用性还是较好的，你可以查查。
至于电荷能否均匀分配到原子周围，我想谁也控制不了的，但是电子应该会自动寻找电势低的位置占据，就好像水往低处走一样

谢谢！我想再问一下 打个比方我做了一个Ni2O2的簇 那如何才算满壳层呢？NI的原子排布是1S2 2S2 2P6 3S2 3P6 4S2 3d8
那个charge框里应该填多少合适呢？
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8楼2010-08-24 09:04:06
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
水月慧心(金币+2): 2010-08-24 14:51:32
aylayl08(金币+2):感谢讨论回复 2010-08-24 16:06:57
引用回帖:
Originally posted by 水月慧心 at 2010-08-24 09:04:06:

谢谢！我想再问一下 打个比方我做了一个Ni2O2的簇 那如何才算满壳层呢？NI的原子排布是1S2 2S2 2P6 3S2 3P6 4S2 3d8
那个charge框里应该填多少合适呢？

你给出的是原子轨道，团簇应该使用superatom轨道，即1S2，1P6，1D10，2S2，1F14，2P，1G等等，推荐阅读一篇文献Phys. Rev. Lett. 81,1909-1913(2008)。
一个Ni原子有10个价电子，一个氧原子有6个价电子，所以Ni2O2 团簇就有32个价电子，要达到1F层填满电子才是稳定结构，所以要加两个电子，即选-2。
但是这个理论要注意的是适用于闭口球状团簇！
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
9楼2010-08-24 10:44:47
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢补充 2010-08-24 16:07:10
引用回帖:
Originally posted by ym23 at 2010-08-24 10:44:47:


你给出的是原子轨道，团簇应该使用superatom轨道，即1S2，1P6，1D10，2S2，1F14，2P，1G等等，推荐阅读一篇文献Phys. Rev. Lett. 81,1909-1913(2008)。
一个Ni原子有10个价电子，一个氧原子有6个价电子，所 ...

S层填满2个电子稳定
P层填6个电子
D层填10个电子
F层填14个电子
G层填18个电子
以此类推，2P填6个电子，1G填18个电子，上面有点没写清楚
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
10楼2010-08-24 10:47:04
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