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老猫晒太阳

金虫 (初入文坛)

[求助] 高斯溶剂化能求助 已有1人参与

本人新手,因为化合物C12H12N2O3,有顺反异构,导师突然要求用高斯计算,但是关于量子化学的知识一点儿也没有,最近发文在即,比较急切。
先简单说一下我现在用的方法
我用的是gaussain03W的软件,之前用的是结构优化,分两步,第一步是hf/3-21g opt,然后第二步是# B3LYP/6-31G* opt geom=checkpoint guess=checkpoint freq pop=(reg ,nbo),这是早前毕业的师兄摸索的。
由于做了单晶,发现反式为主,所以理应是反式稳定,结果计算结果都是顺式稳定,所以我猜想可能是因为没有考虑溶剂的原因。
问题如下:
1、我应该用什么命令语句,且这个命令在第几步的使用。(希望能全部写给我,我真是一点儿不会,尝试了几个,结果运行之后秒停,崩溃了)
2、计算溶剂能的时候,选用哪个溶剂?我这个化合物正好有个单晶,是在丙酮和石油醚的情况下培养得到的,单晶显示有异构体,反式为主。同时核磁是氢谱用氯仿打的,核磁碳谱是DMSO打的,那我在选择溶剂的时候,solvent=?
3、如果最后计算完毕,我应该看哪个数值来判断哪个异构体更稳定呢?

求各位帮帮忙,如果需要附我的相关结果,我可以附上。下面先贴两个哈。
5-h-a是反式,5-h-c是顺式,-1是第一次输出的结果,-2是第二次输出的结果。我现在比较的HF值
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
老猫晒太阳: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-03-20 12:09:40
1、溶剂化关键词是scrf,你的第一步的作用是得到初始猜么?考虑到你第二步也并没有用很昂贵的算法和基组,我觉得你初始结构不是太差的情况下可以直接用第二步来算,那scrf就加在第二步里。
scrf=(solvent=,.........)具体的你去查高斯手册scrf关键词,里面有很详细的例子。
另外如果有对称性的话可以加nosymm来取消对称性,这样一来算出来的结构基本就是能量最小的那个了。

2、我觉得溶剂应该是用产生反式结构稳定的那个溶剂,当然这个只是我觉得。。。

3、溶剂化能量的分析论坛里很多老贴,随便搜一搜“scrf能量求助”之类的就有了
2楼2014-03-20 11:50:09
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老猫晒太阳

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-03-20 11:50:09
1、溶剂化关键词是scrf,你的第一步的作用是得到初始猜么?考虑到你第二步也并没有用很昂贵的算法和基组,我觉得你初始结构不是太差的情况下可以直接用第二步来算,那scrf就加在第二步里。
scrf=(solvent=,...... ...

1、我尝试过
#opt freq b3lyp/6-31+g** scrf(read,pcm,sovlent=actone)
geom=connectivity

#opt freq hf/6-31+g** scrf(read,pcm,solvent=acetone)
geom=connectivity
这两个都是看着别人这么写,就尝试运行一下的,但是试了之后都马上出错了,2070错误。
2、可是我的三种溶剂里都是顺反同时出现,碳谱没有定量,看不出比例,氢谱的话比例大概是2:3,当然看不出哪个
3楼2014-03-20 12:14:12
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 老猫晒太阳 at 2014-03-20 12:14:12
1、我尝试过
#opt freq b3lyp/6-31+g** scrf(read,pcm,sovlent=actone)
geom=connectivity

#opt freq hf/6-31+g** scrf(read,pcm,solvent=acetone)
geom=connectivity
这两个都是看着别人这么写,就尝试运 ...

1、那是由于你只是copy别人的,对其中的各个关键词的具体意义不明造成的,比如read,还需要你额外输入控制pcm的选项,等等。
     所以我的建议是你去看下高斯手册中scrf这一章的内容,里面可以说是对于各方面都解释得很详细了,如何使用关键词,如果分析能量等等。

2、如果是这种情况,那你3种溶剂都做一下吧
4楼2014-03-20 12:25:53
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