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marson

银虫 (正式写手)

[交流] 使用重水做溶剂高斯计算时大家都是怎么考虑溶剂化模型呢？PCM里面好像没有重水的选项

使用重水做溶剂高斯计算时大家都是怎么考虑溶剂化模型呢？PCM里面好像没有重水的选项
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1楼 2013-10-15 21:37:06
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
marson(金币+1): 谢谢参与
gkf高: 金币+3 2013-10-17 09:21:51
隐式溶剂模型考虑的是溶剂对溶质的平均的、静电的诱导极化作用。此作用仅与溶剂的核外电子有关，与核无关。重水多一个中子，此中子并不影响水分子的核外电子排布，不参与静电作用，因此不存在重水的隐式溶剂选项。

当然，在真实的体系中，重水与轻水的溶剂化效应对一些与质量有关的性质的影响是有差别的，比如振动耦合。如果这是你关心的，你应该使用显式溶剂并跑分子动力学模拟之。

[ Last edited by ChemiAndy on 2013-10-16 at 10:37 ]
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13楼2013-10-17 06:35:57
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
marson: 金币+7, 你的回答一下解决了我很多疑惑~万分感谢~ 2013-10-20 12:37:30
gkf高: 金币+4 2013-10-21 09:57:45
引用回帖:
14楼: Originally posted by marson at 2013-10-17 12:49:15
如何使用显示溶剂呢？高斯能完成不？我只关心水与重水的溶剂效应对反应路径能量的影响~...

用高斯模拟重水的溶剂化效应恐怕很难。你是要跟轻水计算的溶剂化效应相比较吗？

我认为重水不改变反应路径，即不改变反应势能面，不改变反应能垒和产物反应物的能差。因为这个势能面是由电子结构决定的，而H原子加一个中子并不改变其本身的电子结构。但是，重水能减缓其中的反应速率。根据分子碰撞理论，反应速率与碰撞的频率有关，这个频率包含在阿伦尼乌斯公式的指前因子里面。因为重水比较重，振动的慢，碰撞也慢，所以其中的反应速率也慢。
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15楼2013-10-18 10:15:40
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-10-17 06:35:57
隐式溶剂模型考虑的是溶剂对溶质的平均的、静电的诱导极化作用。此作用仅与溶剂的核外电子有关，与核无关。重水多一个中子，此中子并不影响水分子的核外电子排布，不参与静电作用，因此不存在重水的隐式溶剂选项。
...

如何使用显示溶剂呢？高斯能完成不？我只关心水与重水的溶剂效应对反应路径能量的影响~
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14楼2013-10-18 08:49:15
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
marson(金币+1): 谢谢参与
gkf高: 金币+2 2013-10-21 09:57:52
重水这个东西，要看是否参与反应了。若不参与，用隐式模型就修改一下溶剂的一些参数就行。如果用显示模型，可以尝试一下用QM/MM计算一下试试
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16楼2013-10-18 13:05:59
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-10-18 10:15:40
用高斯模拟重水的溶剂化效应恐怕很难。你是要跟轻水计算的溶剂化效应相比较吗？

我认为重水不改变反应路径，即不改变反应势能面，不改变反应能垒和产物反应物的能差。因为这个势能面是由电子结构决定的，而H原子 ...

重水不改变反应势能面而是改变指前因子有相关文献看没呢？
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17楼2013-10-20 12:37:03
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-18 13:05:59
重水这个东西，要看是否参与反应了。若不参与，用隐式模型就修改一下溶剂的一些参数就行。如果用显示模型，可以尝试一下用QM/MM计算一下试试

修改参数如何进行呢，我也尝试看了下修改参数的东西，模拟没有模拟出来~
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18楼2013-10-20 12:38:14
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by marson at 2013-10-20 12:38:14
修改参数如何进行呢，我也尝试看了下修改参数的东西，模拟没有模拟出来~...

查一下相应的介电常数，PCM的核心就是介电常数
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19楼2013-10-20 19:03:19
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-20 19:03:19
查一下相应的介电常数，PCM的核心就是介电常数...

介电常数重水的和水的已经查好~包括静态和动态介电常数，也称零频及光频介电常数~修改参数的格式是按照G09版里面的说明进行的，不过提交运算后总是提示输入不对~
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20楼2013-10-21 09:18:45
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beefly

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gkf高: 金币+2 2013-10-21 09:58:00
引用回帖:
15楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-10-18 10:15:40
用高斯模拟重水的溶剂化效应恐怕很难。你是要跟轻水计算的溶剂化效应相比较吗？

我认为重水不改变反应路径，即不改变反应势能面，不改变反应能垒和产物反应物的能差。因为这个势能面是由电子结构决定的，而H原子 ...

反应路径的定义包含原子质量，因此水和重水环境下的反应路径是不一样的。
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21楼2013-10-21 09:26:27
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
20楼: Originally posted by marson at 2013-10-21 09:18:45
介电常数重水的和水的已经查好~包括静态和动态介电常数，也称零频及光频介电常数~修改参数的格式是按照G09版里面的说明进行的，不过提交运算后总是提示输入不对~...

是不是没有读进去啊。溶剂那部分加个read
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22楼2013-10-21 12:36:20
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-21 12:36:20
是不是没有读进去啊。溶剂那部分加个read...

# b3lyp/6-31G(d) SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=read) opt freq=noraman

-----------------------------------这个样写对不~或者
# b3lyp/6-31G(d) SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=read) opt freq=noraman中的Generic换成下面新的溶剂的名字？
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23楼2013-10-21 20:21:54
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by marson at 2013-10-21 20:21:54
# b3lyp/6-31G(d) SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=read) opt freq=noraman

-----------------------------------这个样写对不~或者
# b3lyp/6-31G(d) SCRF(SMD,Solvent=Generic,PCM=read) opt freq=noraman中的 ...

不用pcm=，直接read就行
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marson
24楼2013-10-23 08:44:54
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marson

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-23 08:44:54
不用pcm=，直接read就行...

谢谢大神，测试成功后的喜悦之情无以言表~万分感谢~
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25楼2013-10-23 09:48:49
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marson

银虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by beefly at 2013-10-21 09:26:27
反应路径的定义包含原子质量，因此水和重水环境下的反应路径是不一样的。...

那计算上能体现出来不？是能垒还是其他的？
或者真实的路径对于重水与水是有差别而计算上由于电子结构的因素占主导，故而反应路径的差别不能体现出来？
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26楼2013-10-23 09:57:16
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guozinina

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by marson at 2013-10-23 09:48:49
谢谢大神，测试成功后的喜悦之情无以言表~万分感谢~...

楼主可否提供一下最终的输入文件啊，我也在进行相关计算，正在一筹莫展呢
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27楼2018-06-09 09:22:56
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readytogo2楼
2013-10-15 22:01   回复  
marson(金币+1): 谢谢参与
天涯20123楼
2013-10-15 22:08   回复  
marson(金币+1): 谢谢参与
ohcesc4楼
2013-10-15 22:08   回复  
marson(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing5楼
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段小飞6楼
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