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跃龙门的鱼

银虫 (正式写手)

[求助] 求助:请问各位高手在高斯09中优化单个分子时如何把一部分的参数固定了,优化其他部分 已有3人参与

请问各位高手在高斯09中优化单个分子时如何把一部分的参数固定了,优化其他部分,也就是建一个刚性结构,在高斯中如何操作,非常感谢!
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
跃龙门的鱼: 金币+5, 有帮助 2014-01-14 16:07:42
如果这个片段要参与优化,可用opt=modredundant;
如果这个片段不参与优化,可用opt=readfreeze;
还可以通过ONIOM分层的方式来做。
具体适用方法请翻阅高斯手册
2楼2014-01-14 13:17:35
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跃龙门的鱼

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-01-14 13:17:35
如果这个片段要参与优化,可用opt=modredundant;
如果这个片段不参与优化,可用opt=readfreeze;
还可以通过ONIOM分层的方式来做。
具体适用方法请翻阅高斯手册

那我如何在GASSION VIEWER中固定那些片段
3楼2014-01-14 13:42:10
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 跃龙门的鱼 at 2014-01-14 13:42:10
那我如何在GASSION VIEWER中固定那些片段...

可直接在gjf文件里面固定,GV里没试过
4楼2014-01-14 13:44:21
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跃龙门的鱼

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-01-14 13:44:21
可直接在gjf文件里面固定,GV里没试过...

哦,那在gif文件里如何固定,是在命令那一行中吗
5楼2014-01-14 13:52:20
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 跃龙门的鱼 at 2014-01-14 13:52:20
哦,那在gif文件里如何固定,是在命令那一行中吗...

分子描述之后空一行输入,具体实现方法查下高斯手册吧
6楼2014-01-14 14:07:44
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wangsihang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
跃龙门的鱼: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-14 16:07:07
在高斯view的菜单栏里面专门有一个分层的工具,在里面可以选择设定高层和低层,这样低层就相当于冻结了原子。
7楼2014-01-14 16:05:36
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跃龙门的鱼

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wangsihang at 2014-01-14 16:05:36
在高斯view的菜单栏里面专门有一个分层的工具,在里面可以选择设定高层和低层,这样低层就相当于冻结了原子。

好的,非常感谢,我试试。
8楼2014-01-14 16:07:26
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跃龙门的鱼

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-01-14 14:07:44
分子描述之后空一行输入,具体实现方法查下高斯手册吧...

好的,非常感谢
9楼2014-01-14 16:08:00
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
跃龙门的鱼: 金币+5 2014-01-15 10:43:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by 跃龙门的鱼 at 2014-01-14 13:42:10
那我如何在GASSION VIEWER中固定那些片段...

1.Edit --> redundant coordinates
2.在弹出对话框里鼠标左键单击“add”
3.用鼠标左键点中要fix的原子(只能点1个)
4.在弹出对话框里选择“cartesian coordinate”
GOTO 2.
一直到把想固定的原子选择完毕,鼠标左键单击“OK”退出。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2014-01-15 06:54:46
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