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Trevor1983

铁杆木虫 (正式写手)

探险家

[求助] 高斯优化构建的小分子,为什么每次优化后的坐标不完全相同?

写了一篇小论文,其中涉及用高斯软件对小分子进行结构优化,对一个碘分子用DFT进行结构优化,参数都是 scf=(maxcycle=9999,conver=6),为什么不同的初始距离最终优化结果坐标只有小数点前三位相同而后面不同啊?是什么原因啊?精度?怎么改关键词
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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Trevor1983: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-11-28 12:20:58
gmy1990: 金币+2 2013-11-28 16:04:56
个人观点,仅作参考:
坐标差这么点关系不大啊,毕竟初始结构不一样。而且光看坐标没有可比性的吧,看键长键角、能量等来比较是不是比较好?
另外maxcycle需要9999么?不是说500以上就无意义了么。。。。
2楼2013-11-28 11:25:42
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Trevor1983

铁杆木虫 (正式写手)

探险家

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-28 11:25:42
个人观点,仅作参考:
坐标差这么点关系不大啊,毕竟初始结构不一样。而且光看坐标没有可比性的吧,看键长键角、能量等来比较是不是比较好?
另外maxcycle需要9999么?不是说500以上就无意义了么。。。。

请问一般涉及高斯优化的论文是不是需要把优化好的坐标作为补充材料上传?
3楼2013-11-28 12:25:13
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Trevor1983 at 2013-11-28 12:25:13
请问一般涉及高斯优化的论文是不是需要把优化好的坐标作为补充材料上传?...

这个我不清楚,一般结构优化直接上图就行了吧?
4楼2013-11-28 12:44:53
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changhui1986

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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Trevor1983: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-28 20:58:34
一般在Gaussian程序中迭代会因一些外部原因略微有点差距,但是对整体数据没太大影响。
逍遥任我行
5楼2013-11-28 18:41:29
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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Trevor1983: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-28 20:58:53
gkf高: 金币+2 2013-11-28 22:25:54
不要看坐标,坐标是人为可以设定的,只要能量等一些表征分子构型的参数对就可以,或者看分子中的各个原子的相对距离,键角之类的~
思想有多远,我们就能走多远~
6楼2013-11-28 20:44:36
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Trevor1983

铁杆木虫 (正式写手)

探险家

最近投了一篇稿子,是碘化学方面的合成,用DFT 3-21G基组(conver=6)对合成机理进行了模拟解释,两个审稿人,一个正面评价,一个负面的批了很多,说不相信我的实验结果(I do not think...),特别是他用该方法重复了文中简单的I2的优化说得到不到我提供的优化的坐标值,事实上我们用GaussView构建不同的初始结构,最后优化得到的结构坐标允许小数点后第四位开始有偏差,但我从conver=6与conver=8优化能量值比较而言,但是这些最终的优化结构的能量是几乎完全一致的(小数点后7位小数一致,仅第8位小数不同),当然不排除有更精确的基组能将任意的初始构型优化后得到的坐标完全一致。
7楼2013-11-28 21:02:56
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

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★ ★ ★
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Trevor1983: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-11-29 09:09:06
如果用直角坐标做优化,可能会包含平移、转动在里边,特别是当对称性比较低的时候。所以直角坐标数值不同是正常的。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
8楼2013-11-28 23:39:42
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Trevor1983

铁杆木虫 (正式写手)

探险家

引用回帖:
8楼: Originally posted by beefly at 2013-11-28 23:39:42
如果用直角坐标做优化,可能会包含平移、转动在里边,特别是当对称性比较低的时候。所以直角坐标数值不同是正常的。

本人是初学者,听说DFT中的3-21G是20年前的计算水平,请问这个基组计算水平真的粗略到不能用吗?
9楼2013-11-29 09:22:58
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