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starry99木虫 (正式写手)
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高斯对多分子体系的构型优化
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| 不知道大家有没有人用高斯处理过多分子体系的构型优化，怎样才能比较高效快捷的得到能量最小的构型，而不是局部的极小值。我自己是通过Chem3D画出多分子的体系，然后先通过MM优化得到分子力场的优化结构。而且我还把两个分子摆在不同的位置优化把得到最多的构型作为高斯的输入构型进行优化，但是还是不能得到和文献吻合的结果。希望做过此方面的大牛给些建议谢谢！ |
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kaegi
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【答案】应助回帖
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zhou2009(金币+2): 2011-06-13 11:03:39
starry99(金币+4): 呵呵，谢谢 2011-06-13 12:21:42
zhou2009(金币+2): 2011-06-13 11:03:39
starry99(金币+4): 呵呵，谢谢 2011-06-13 12:21:42
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如果要得到全局最低点我觉得是不可能的，如果有条件的话可以试试能做构象搜索的软件。如果是用高斯的或者一般的量化计算软件，只能依靠人的化学知识做初步猜想得到有限的初始结构。然后再对这些结构进行计算得到不同的局部能量最小值。刻意追求一个真正的全局能量最低点无疑是很耗费时间的，很可能也是没有化学意义的。比如全局最低能量是0.0Kcal，而你找到的局部最低能量是0.2Kcal/mol。即使对于高精度计算来说，这个结果也是非常好的了。主要还是要看你计算的结果能不能说明化学问题，阐释反应现象等等。 |
2楼2011-06-13 10:56:52
starry99
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