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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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starry99

木虫 (正式写手)

[求助] 高斯对多分子体系的构型优化

不知道大家有没有人用高斯处理过多分子体系的构型优化，怎样才能比较高效快捷的得到能量最小的构型，而不是局部的极小值。我自己是通过Chem3D画出多分子的体系，然后先通过MM优化得到分子力场的优化结构。而且我还把两个分子摆在不同的位置优化把得到最多的构型作为高斯的输入构型进行优化，但是还是不能得到和文献吻合的结果。希望做过此方面的大牛给些建议谢谢！
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zhaochuanfan

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1楼 2011-06-12 19:05:49
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-13 11:03:39
starry99(金币+4): 呵呵，谢谢 2011-06-13 12:21:42
引用回帖:
Originally posted by starry99 at 2011-06-12 19:05:49:
不知道大家有没有人用高斯处理过多分子体系的构型优化，怎样才能比较高效快捷的得到能量最小的构型，而不是局部的极小值。我自己是通过Chem3D画出多分子的体系，然后先通过MM优化得到分子力场的优化结构。而且我还 ...

如果要得到全局最低点我觉得是不可能的，如果有条件的话可以试试能做构象搜索的软件。如果是用高斯的或者一般的量化计算软件，只能依靠人的化学知识做初步猜想得到有限的初始结构。然后再对这些结构进行计算得到不同的局部能量最小值。刻意追求一个真正的全局能量最低点无疑是很耗费时间的，很可能也是没有化学意义的。比如全局最低能量是0.0Kcal，而你找到的局部最低能量是0.2Kcal/mol。即使对于高精度计算来说，这个结果也是非常好的了。主要还是要看你计算的结果能不能说明化学问题，阐释反应现象等等。
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2楼2011-06-13 10:56:52
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starry99

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-06-13 10:56:52:
如果要得到全局最低点我觉得是不可能的，如果有条件的话可以试试能做构象搜索的软件。如果是用高斯的或者一般的量化计算软件，只能依靠人的化学知识做初步猜想得到有限的初始结构。然后再对这些结构进行计算得 ...

我也觉得也不太可行，因为毕竟自由度这么多，起码从最优化算法的角度来讲都不可能实现，没有哪一种算法能够在如此高维的情况下给出全局最小值。但是我确实看了一些文献通过这种构型优化处理一些溶剂与溶质间作用力，比如下面这个文献就是通过构型优化得到的，我一直觉得处理这样的体系最好用分子动力学。但是他却用了量化，我不知道这样应该是另一种思路还是应该值得质疑。
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3楼2011-06-13 12:27:00
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by starry99 at 2011-06-13 12:27:00:
我也觉得也不太可行，因为毕竟自由度这么多，起码从最优化算法的角度来讲都不可能实现，没有哪一种算法能够在如此高维的情况下给出全局最小值。但是我确实看了一些文献通过这种构型优化处理一些溶剂与溶质间作 ...

分子动力学处理的确也有道理，不过计算化学也没有一个绝对合理的方案。不同的文献处理同一个问题可能采取不同的方法。我觉得楼主不妨选择一种适合自己的方案去研究自己的问题就可以了。既然都是发表的文章，至少从某些方面来讲，自然有它的道理在。
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4楼2011-06-13 18:58:55
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zhaochuanfan

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
楼主会用分子动力学搜索构象吗？请教一下，具体怎么做。
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5楼2012-03-09 20:28:51
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