| 查看: 3833 | 回复: 15 | ||||
小范范1989木虫 (著名写手)
|
[交流]
高斯view怎么样固定分子的对称性进行优化？
|
|
首先，说明一下我的问题： 1：我用高斯view画出分子，计算后，发现自己分子的homo和lumo与实验上的homo和lumo符合不上， 因为分子是D-A-D的分子，按说应该homo在两个D上，实验上画出来的是在两个D上，然而，我自己画出来的却在一个D上，从表面来看，我的应该是错误的。但是，我对我算出来的分子，计算频率，没有虚频的出现。不知道为什么？ 2：解决的办法，是不是在高斯view中固定分子的对成型来优化？我看了高斯view固定对成型的设置，但是我的就是一个c1对称。 3：我问sob，sob给我的回复，附带贴上来。但是，不是很理解 4：针对我的问题，谢谢您的解答。 ps，附带的图片。  2-我的homo.png  sob2.png  sob的回复1.png  文章的homo.png  2-我的homo.png  sob的回复1.png  sob2.png  文章的homo.png  2-我的homo.png  sob的回复1.png  sob2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
分子筛催化方向 一篇cej共一第一 可以申请上海什么学校呢
已经有4人回复
-
求助共晶分子筛的电镜图分析，有偿
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有129人回复
-
中南大学化学化工学院招收电池储能、理论计算方向博士生
已经有16人回复
-
请问哪里可以代烧带压力的炉子？
已经有6人回复
-
关于合成MIL-125的求助
已经有0人回复
-
双非本硕光催化方向想读博，请各位老师看看我！
已经有2人回复
-
瑞典林雪平大学范立洲课题组现招聘博士后、岗位制博士生
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高斯画分子式计算优化结构的问题
已经有4人回复
- 高斯分子优化及频率计算
已经有4人回复
- 如何能在优化后得到这样一个分子模型
已经有5人回复
- 求助：请问各位高手在高斯09中优化单个分子时如何把一部分的参数固定了，优化其他部分
已经有12人回复
- 高斯计算负频如何修改
已经有10人回复
- 高斯优化构建的小分子，为什么每次优化后的坐标不完全相同？
已经有8人回复
- 往优化好的晶包结构中加Li原子，怎么加呢？
已经有9人回复
- 高斯产生小分子参数问题
已经有6人回复
- 用高斯计算垂直电离能和电子亲和能的方法
已经有11人回复
- 关于高斯计算分子表面积等参数的问题
已经有10人回复
- 如何让高斯在优化结构时保持其中某个单键不变
已经有7人回复
- 优化好的分子结构，用gaussview打开后保存为高斯输入文件，再用该文件做TD，对吗
已经有5人回复
- 如何用高斯分析分子势能在某个振动模式下的分布
已经有3人回复
- 求助：谁知道结构的赝对称问题怎么解决？？
已经有9人回复
- 高斯对多分子体系的构型优化
已经有4人回复
- 关于结构优化中的对称性问题
已经有9人回复
- 【求助】Ms如何导入通过高斯优化好的结构
已经有9人回复
- 【转载】Gaussian入门技巧四（关于对称性）
已经有7人回复
- 【求助】高斯计算高对称性分子轨道有问号
已经有11人回复
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2015-03-29 09:02:28
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
3楼2015-03-29 09:08:39
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.7小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
4楼2015-03-29 12:33:28
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
|
你好，谢谢你的解答，附件是我的初始分子和优化后的分子。初始的时候，我的分子是两边对称的，但是优化结束后，两边就不对称了，而且频率没有虚频。 谢谢您的指点。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : DMAC-DPS.fchk
- 附件 2 : DMAC-DPS.gjf
2015-03-29 19:39:19, 14.77 M
2015-03-29 19:39:31, 6.01 K
5楼2015-03-29 19:39:34
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.7小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
6楼2015-03-29 21:08:23
mlanqiang
木虫之王 (文学泰斗)
蓝博士
- 应助: 3409 (副教授)
- 金币: 55278.8
- 散金: 5498
- 红花: 62
- 帖子: 73916
- 在线: 730.8小时
- 虫号: 302202
- 注册: 2006-12-02
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
7楼2015-03-29 21:35:33
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
|
首先谢谢你的仔细回复。 但是，是这样的情况： 由于我的初始分子是D-A-D这样两边D是一样的分子， 我的s0已经优化出来了，但是构型的变化比较大，两边的D和A的夹角以及两个D的形状都变了，我从宏观上想，就和一个母亲（A）带着两个孩子（D），难道能对连个孩子的关爱不一样？所以，我的感觉是，优化出来的s0的结构，应该是两边看着还是一样的。 但是，我优化出来s0构型变化比较大，同时我花了homo，它只分布在一个D上，然后，文章中的是分布在两个D上。 你说我这种情况，是用我原来的结构，重新优化s0？ ps：附件是我的初始的分子，和优化后的log |
8楼2015-03-29 21:38:14
qchem
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 280 (大学生)
- 金币: 6871.6
- 散金: 1411
- 红花: 43
- 帖子: 2586
- 在线: 669.7小时
- 虫号: 183011
- 注册: 2006-02-12
- 专业: 理论和计算化学
9楼2015-03-29 22:30:09
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3563.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+8, thanks 2015-03-30 07:53:27
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+8, thanks 2015-03-30 07:53:27
|
额，懒一点的话可以先用MS建模，这大概是最简单的了。Gaussian如果初始结构不具备对称性，那么计算过程始终不会按照对称性来进行处理。 MS下，将模型一直微调，微调后在Build-Symmetry中Find Symmetry并且Impose，找对称性的步长可以大一些，不断微调并且Find Symmetry直至能够Find出你所要的对称性为止，之后将xsd文件export为pdb文件导出再通过GV打开即可。 当然，可能还有更多的方法来建立一个具有对称性的分子。 |
10楼2015-03-29 23:58:30
100