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小范范1989木虫 (著名写手)
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[交流]
高斯view怎么样固定分子的对称性进行优化？
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首先，说明一下我的问题： 1：我用高斯view画出分子，计算后，发现自己分子的homo和lumo与实验上的homo和lumo符合不上， 因为分子是D-A-D的分子，按说应该homo在两个D上，实验上画出来的是在两个D上，然而，我自己画出来的却在一个D上，从表面来看，我的应该是错误的。但是，我对我算出来的分子，计算频率，没有虚频的出现。不知道为什么？ 2：解决的办法，是不是在高斯view中固定分子的对成型来优化？我看了高斯view固定对成型的设置，但是我的就是一个c1对称。 3：我问sob，sob给我的回复，附带贴上来。但是，不是很理解 4：针对我的问题，谢谢您的解答。 ps，附带的图片。  2-我的homo.png  sob2.png  sob的回复1.png  文章的homo.png  2-我的homo.png  sob的回复1.png  sob2.png  文章的homo.png  2-我的homo.png  sob的回复1.png  sob2.png |
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2楼2015-03-29 09:02:28
小范范1989
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qchem
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你好，谢谢你的解答，附件是我的初始分子和优化后的分子。初始的时候，我的分子是两边对称的，但是优化结束后，两边就不对称了，而且频率没有虚频。 谢谢您的指点。 |
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2015-03-29 19:39:19, 14.77 M
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5楼2015-03-29 19:39:34
qchem
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mlanqiang
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首先谢谢你的仔细回复。 但是，是这样的情况： 由于我的初始分子是D-A-D这样两边D是一样的分子， 我的s0已经优化出来了，但是构型的变化比较大，两边的D和A的夹角以及两个D的形状都变了，我从宏观上想，就和一个母亲（A）带着两个孩子（D），难道能对连个孩子的关爱不一样？所以，我的感觉是，优化出来的s0的结构，应该是两边看着还是一样的。 但是，我优化出来s0构型变化比较大，同时我花了homo，它只分布在一个D上，然后，文章中的是分布在两个D上。 你说我这种情况，是用我原来的结构，重新优化s0？ ps：附件是我的初始的分子，和优化后的log |
8楼2015-03-29 21:38:14
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小范范1989: 金币+8, thanks 2015-03-30 07:53:27
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额，懒一点的话可以先用MS建模，这大概是最简单的了。Gaussian如果初始结构不具备对称性，那么计算过程始终不会按照对称性来进行处理。 MS下，将模型一直微调，微调后在Build-Symmetry中Find Symmetry并且Impose，找对称性的步长可以大一些，不断微调并且Find Symmetry直至能够Find出你所要的对称性为止，之后将xsd文件export为pdb文件导出再通过GV打开即可。 当然，可能还有更多的方法来建立一个具有对称性的分子。 |
10楼2015-03-29 23:58:30