[交流] 高斯view怎么样固定分子的对称性进行优化？

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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.

1楼2015-03-29 08:55:09

小范范1989

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为什么我的图片老是不显示，然后我又修改有传，就会出现这个。哎。我在这在传一次

文章的homo.png

2-我的homo.png

sob的回复1.png

sob2.png

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2楼2015-03-29 09:02:28

小范范1989

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这到底是怎么个情况？为啥不显示嫩？

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3楼2015-03-29 09:08:39

qchem

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小范范1989: 金币+6, 谢谢你 2015-03-29 19:40:18
小范范1989: 金币+4 2015-03-29 19:46:16

你一开始的初始结构是不对称的，那优化之后它也就是不对称的
如果这个对称性影响到了homo,lumo那就出问题了

事实上gaussian在优化的过程中对称性是不会改变的
所以只要初始结构是什么，那它是不会改变的

4楼2015-03-29 12:33:28

小范范1989

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4楼: Originally posted by qchem at 2015-03-29 12:33:28
你一开始的初始结构是不对称的，那优化之后它也就是不对称的
如果这个对称性影响到了homo,lumo那就出问题了

事实上gaussian在优化的过程中对称性是不会改变的
所以只要初始结构是什么，那它是不会改变的

你好，谢谢你的解答，附件是我的初始分子和优化后的分子。初始的时候，我的分子是两边对称的，但是优化结束后，两边就不对称了，而且频率没有虚频。
谢谢您的指点。

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2015-03-29 19:39:19, 14.77 M

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2015-03-29 19:39:31, 6.01 K

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5楼2015-03-29 19:39:34

qchem

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5楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-29 19:39:34
你好，谢谢你的解答，附件是我的初始分子和优化后的分子。初始的时候，我的分子是两边对称的，但是优化结束后，两边就不对称了，而且频率没有虚频。
谢谢您的指点。...

网速太慢fchk文件还没下下来，你这输入文件说对称也只是看着对称吧，实际还是C1，那没用的

再者目测这结构斥力太大优化之后必然结构会有大的变化

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6楼2015-03-29 21:08:23

mlanqiang

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blessing

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7楼2015-03-29 21:35:33

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6楼: Originally posted by qchem at 2015-03-29 21:08:23
网速太慢fchk文件还没下下来，你这输入文件说对称也只是看着对称吧，实际还是C1，那没用的

再者目测这结构斥力太大优化之后必然结构会有大的变化
...

首先谢谢你的仔细回复。
但是，是这样的情况：
由于我的初始分子是D-A-D这样两边D是一样的分子，
我的s0已经优化出来了，但是构型的变化比较大，两边的D和A的夹角以及两个D的形状都变了，我从宏观上想，就和一个母亲（A）带着两个孩子（D），难道能对连个孩子的关爱不一样？所以，我的感觉是，优化出来的s0的结构，应该是两边看着还是一样的。
但是，我优化出来s0构型变化比较大，同时我花了homo，它只分布在一个D上，然后，文章中的是分布在两个D上。
你说我这种情况，是用我原来的结构，重新优化s0？
ps：附件是我的初始的分子，和优化后的log

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附件 1 : 3.gjf

2015-03-29 21:38:00, 5.78 K

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8楼2015-03-29 21:38:14

qchem

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8楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-29 21:38:14
首先谢谢你的仔细回复。
但是，是这样的情况：
由于我的初始分子是D-A-D这样两边D是一样的分子，
我的s0已经优化出来了，但是构型的变化比较大，两边的D和A的夹角以及两个D的形状都变了，我从宏观上想，就和一个 ...

你非要他对称那就用molden来建模型，用内坐标来进行优化

虽然你两边分子是一样的，但是常识告诉我们这样是不稳定的，所以一优化必然大变

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9楼2015-03-29 22:30:09

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小范范1989: 金币+8, thanks 2015-03-30 07:53:27

额，懒一点的话可以先用MS建模，这大概是最简单的了。Gaussian如果初始结构不具备对称性，那么计算过程始终不会按照对称性来进行处理。

MS下，将模型一直微调，微调后在Build-Symmetry中Find Symmetry并且Impose，找对称性的步长可以大一些，不断微调并且Find Symmetry直至能够Find出你所要的对称性为止，之后将xsd文件export为pdb文件导出再通过GV打开即可。

当然，可能还有更多的方法来建立一个具有对称性的分子。

不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。

10楼2015-03-29 23:58:30