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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算负频如何修改
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cczjkd

木虫 (正式写手)

[求助] 高斯计算负频如何修改

我用高斯计算，计算方式是opt+freq在计算结尾是 Normal termination of Gaussian 03 结束的。在查看频率时出现负频。
Frequencies --   -18.6466                37.8502                83.8667
Frequencies --    85.1228                86.5643                89.2846
Frequencies --   101.3354               119.4033               120.7554
Frequencies --   125.8665               126.1519               132.6895
Frequencies --   144.7401               159.4350               167.4659
Frequencies --   176.2744               182.7707               192.3313
Frequencies --   194.9447               199.1771               241.0531
Frequencies --   288.7987               295.7388               371.3347
Frequencies --   432.3451               435.5862              1841.7032
请问如何修改呢？
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1楼2013-11-28 20:06:08
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gkf高: 金币+3 2013-11-28 22:24:51
cczjkd: 金币+10, ★有帮助 2013-12-01 16:06:16
引用回帖:
4楼: Originally posted by cczjkd at 2013-11-28 20:24:41
还有输入的坐标是：
W
W                    1    B1
W                    2    B2       1    A1
W                    1    B3       2    A2       3    D1       0
W                    3    B4    ...

在输出文件里有每个振动所对应的坐标。
用gaussview打开输出文件，进入“results”，“vibrations”，就能看到各个振动的列表，选中虚频，勾选最下面一行manual displacement，把那个数改成0.2，然后右边“save structure”就行了。如图。
高斯计算负频如何修改
屏幕快照 2013-11-28 下午9.33.54.png
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5楼2013-11-28 20:38:49
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普通回帖

绍敏郡主

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-11-28 22:24:38
将虚频对应的坐标乘上一个系数比如0.2，然后与优化后的分子坐标相加，以此作为初始坐标，再进行优化
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2楼2013-11-28 20:13:59
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cczjkd

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-28 20:13:59
将虚频对应的坐标乘上一个系数比如0.2，然后与优化后的分子坐标相加，以此作为初始坐标，再进行优化

你好，谢谢你的回答。但是如何知道负频和哪个坐标对应呢？
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3楼2013-11-28 20:21:27
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cczjkd

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-28 20:13:59
将虚频对应的坐标乘上一个系数比如0.2，然后与优化后的分子坐标相加，以此作为初始坐标，再进行优化

还有输入的坐标是：
W
W                    1    B1
W                    2    B2       1    A1
W                    1    B3       2    A2       3    D1       0
W                    3    B4       2    A3       1    D2       0
W                    5    B5       3    A4       2    D3       0
W                    6    B6       5    A5       3    D4       0
W                    7    B7       6    A6       5    D5       0
W                    8    B8       7    A7       6    D6       0
C                    3    B9       2    A8       1    D7       0
O                    10   B10      3    A9       2    D8       0
       Variables:
  B1                    2.55099                  
  B2                    2.68336                  
  B3                    2.5502                  
  B4                    2.64943                  
  B5                    2.6605                  
  B6                    2.64198                  
  B7                    2.51139                  
  B8                    2.49995                  
  B9                    2.59                     
  B10                   1.19                     
  A1                   62.48564                  
  A2                   60.02585                  
  A3                   61.12406                  
  A4                   60.36224                  
  A5                   88.36781                  
  A6                   62.05267                  
  A7                   59.97786                  
  A8                  109.42695                  
  A9                  178.49146                  
  D1                  109.59536                  
  D2                 -109.25265                  
  D3                  107.54165                  
  D4                   55.60575                  
  D5                   54.27173                  
  D6                 -111.17867                  
  D7                  103.93658                  
  D8                 -168.02495                  
而输出的坐标是：
Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1         74             0        2.114332    0.564364    1.301887
    2         74             0        2.115539    0.628731   -1.268488
    3         74             0       -0.000938    1.509963    0.035475
    4         74             0        2.244623   -1.460891   -0.035160
    5         74             0        0.000698   -0.849630   -1.326705
    6         74             0        0.000794   -0.915975    1.289214
    7         74             0       -2.114356    0.561610    1.302208
    8         74             0       -2.242400   -1.463527   -0.035154
    9         74             0       -2.115693    0.626058   -1.268780
   10          6             0       -0.010442    3.541844    0.030611
   11          8             0       -0.016202    4.737118    0.027939
---------------------------------------------------------------------
这样话怎么对应相加呢？
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4楼2013-11-28 20:24:41
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-11-28 22:24:55
gmy1990: 金币+2 2013-11-28 22:28:10
将虚频对应的坐标乘上一个系数比如0.2，然后与优化后的分子坐标相加，以此作为初始坐标，再进行优化
这只是方法一，另外也可以用GV打开含有虚频的log文件然后看虚频对应的振动方向，朝着振动方向微调构型保存重新opt即可~
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思想有多远，我们就能走多远~
6楼2013-11-28 20:42:44
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cczjkd

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-28 20:38:49
在输出文件里有每个振动所对应的坐标。
用gaussview打开输出文件，进入“results”，“vibrations”，就能看到各个振动的列表，选中虚频，勾选最下面一行manual displacement，把那个数改成0.2，然后右边“save s ...

没有那功能
高斯计算负频如何修改-1
9`AG7D)V](USEN3D6U%AY[U.jpg
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7楼2013-11-28 22:19:57
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by cczjkd at 2013-11-28 22:19:57
没有那功能

9`AG7D)V](USEN3D6U%AY[U.jpg
...

http://muchong.com/html/201104/3035135.html
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8楼2013-11-28 22:29:03
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果你是多个虚频的话，如下几种方法可尝试，建议先把你的输入文件改成直角坐标（save as，下面的cartesian打钩）
1、增加收敛精度：scf=verytight；
2、降低对称性，我一般是用nosymm打破；
3、找到最大虚频，将原始分子坐标或优化后的分子坐标移动过去，我一般乘0.5，怎么移动上面都讲了，如果你体系不大，可以用excel来做，注意坐标格式修改成输入文件那样的。
然后再优化，这几个方法可以同时使用，我一般1，2，3连用。
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9楼2013-11-29 07:43:13
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cczjkd

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-29 07:43:13
如果你是多个虚频的话，如下几种方法可尝试，建议先把你的输入文件改成直角坐标（save as，下面的cartesian打钩）
1、增加收敛精度：scf=verytight；
2、降低对称性，我一般是用nosymm打破；
3、找到最大虚频，将 ...

直角坐标（save as，下面的cartesian打钩）这个是在GView里面吗？找不到呢。
还有请问如何用GView提交任务啊？
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10楼2013-11-29 09:53:37
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