24小时热门版块排行榜    

查看: 6078  |  回复: 7

kaluoyi2008

铁虫 (正式写手)

[求助] 请问Gauss中溶剂化的计算怎样指定溶剂 已有1人参与

刚开始学用Gauss计算溶液中的模型,摸索看了那个exploring chemistry后,
觉得那一章中溶剂化效应都是指定溶剂的吧,而且只有水,乙睛几种,
我现在的溶剂是离子液体,也不知道能不能算,还是只要输入溶剂的介电常数后,什么溶剂都能够算的呢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
kaluoyi2008(金币+2): ★★★很有帮助 多谢啦! 2012-02-21 13:34:25
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM calculation for ionic solution according to the IEF-PCM formalism.)
RADII=UAHF (radii optimized for the HF/6-31G(d) level of theory )
TSARE=0.3 (Set the average area of the tesserae generated on each sphere in the cavity surface)
TABS=353 (绝对温度 K)
TSNUM=240 (每个分子表面的划分成多少小块)
EPS=13 (介电常数)
DENSITY=0.003883 (溶液密度)
VMOL=154.37  (溶剂的摩尔体积)
RSOLV=2.83  (溶剂分子的半径)
DISM=6.45 (离子强度,根据体系设定)

这里引入一些宏观物理量的目的是:使得你模拟的情况和真实体系接近。譬如你其他参数对了,但你的溶液的密度or离子强度不对都会给结果带来一定的误差。
2楼2012-02-14 03:19:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

604758762

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wolfzhong at 2012-02-14 03:19:02:
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM cal ...

这个里面的参数也要写在高斯的命令里面吗?
3楼2012-02-14 09:13:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
kaluoyi2008(金币+2): ★★★很有帮助 多谢啦! 2012-02-21 13:34:34
是的 也写进GAUSSIAN的输入文件中,具体对应某种溶剂的参数的话在高斯说明书的溶剂模型里有的,你可以看看~
4楼2012-02-14 10:48:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaluoyi2008

铁虫 (正式写手)

wolfzhong,十分感谢您上次的回复,可怜我这么长时间还是没搞定溶剂化这一块的计算,现在我还想请教几个问题:
1,关键词 SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) ,这个Solvent如果不出现,是不是默认的就是水
2,在你的例子中虽然指定的是DMSO,只是因为DMSO是一种gauss中提供的溶剂,因为接近你需要模拟的溶剂所以在用DMSO代替,然后用read读入需要模拟溶剂的一系列参数。这么说我也可以用Solvent选择一种程序中接近的溶剂l来代替想要模拟的真实体系,然后用read修改参数是吗?
3,在例子最后指定的一系列参数,是否都必须输入实验值,如果不输入的话,是否都是默认Solvent=溶剂的数值。
盼您赐教,感激不尽啊~~~
5楼2012-05-15 14:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by kaluoyi2008 at 2012-05-15 14:43:46
wolfzhong,十分感谢您上次的回复,可怜我这么长时间还是没搞定溶剂化这一块的计算,现在我还想请教几个问题:
1,关键词 SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) ,这个Solvent如果不出现,是不是默认的就是水
2,在你 ...

楼主你好,最近我刚刚接触高斯,计算加溶剂的,看到你的这个帖子,我也仔细的想了想,我想在咨询一下你。
1:溶剂如果在高斯守则中能查到,比如说苯是不是scrf=(slovent=toluene)。
2:如果再scrf中不写slovent,默认的是水是吧,但是如果没写solvent但是有read这个,说明溶剂是从文件的末尾读入的是吧,比如说scrf=(read)   文件的末尾写上溶剂的参数,和2楼说的一样。这样就能指定高斯中没有定义的溶剂了是吧?
3:我想问问,如果说使用高斯中没有的溶剂,利用上面说的方法就行,但是我想给他个名字,是不是可以这样写:scrf=(read,solvent=i love you),这样是不是定义了一个iloveyou的溶剂。参数我们在后面自己输入?
谢谢你,期待你的回答
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
6楼2014-07-06 21:10:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 604758762 at 2012-02-14 09:13:37
这个里面的参数也要写在高斯的命令里面吗?...

参数好像是写在文件的末尾,在坐标输入结束后空一行,就写参数,参数的结束标志是,在一个空行,我自己觉得是这样
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2014-07-06 21:12:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wolfzhong at 2012-02-14 03:19:02
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM calcu ...

解释的好
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
8楼2014-07-06 21:13:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kaluoyi2008 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 01:49 by xxniao123
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 3/150 2026-08-27 00:09 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 基金不中,共勉 +5 eulota 2026-08-26 5/250 2026-08-26 23:33 by young90
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +3 a089 2026-08-26 3/150 2026-08-26 23:21 by young90
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +4 晴天加油 2026-08-26 5/250 2026-08-26 21:27 by 木风9012
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见