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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】tBuOH作为溶剂，在gaussian中如何输入？
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chemlilyzhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】tBuOH作为溶剂，在gaussian中如何输入？ 已有1人参与

请虫子高手指导：
      
       叔丁醇（tBuOH）做为溶剂，考虑其溶剂化效应，采用Gaussian中IEFPCM模型计算.由于Gaussian软件中没有指定的介电常数，所以不知如何输入，帮忙给出输入的具体格式及其参数，请赐教！


非常感谢！
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1楼 2010-08-25 08:43:39
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
chemlilyzhao(金币+3):多谢解答！ 2010-08-25 17:24:28
首先呢，g09已经提供了叔丁醇的溶剂，你只需要写明
scrf(iefpcm,solvent=2-Butanol)即可。
其次，如果是g03呢，你只好自定义溶剂了，给你一个数据，叔丁醇的
介电常数=15.944
不过呢，小小的担心一下，考虑一下溶质是否会跟溶剂形成氢键，如果有这个可能，那么用这种隐式的方法计算溶剂效应可能会有很大误差的，最好用显式的方法，摆出溶剂分子——当然，如果没有氢键作用，就无视这句话好了。

[ Last edited by zhangmt on 2010-8-25 at 16:15 ]
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2010-08-25 16:11:30
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chemlilyzhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-08-25 16:11:30:
首先呢，g09已经提供了叔丁醇的溶剂，你只需要写明
scrf(iefpcm,solvent=2-Butanol)即可。
其次，如果是g03呢，你只好自定义溶剂了，给你一个数据，叔丁醇的
介电常数=15.944
不过呢，小小的担心一下，考虑一 ...

我是用gauss03优化的结构，所以想用g03来做溶剂效应来保持一致。后来我又用了关键词scrf=(iefpcm,dielectric=15.9)，还是出错了。是不是我这个关键词用错了呢？

在计算的反应中，溶剂tBuOH 与反应物确实生成了氢键。请问你所说的“最好用显式的方法，摆出溶剂分子” 具体应该怎么做呢？


非常感谢你的解答，thanks！
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3楼2010-08-25 17:23:45
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
chemlilyzhao(金币+2):thank you! 2010-08-25 22:46:55
1、自定义溶剂，通常，我不适用dielectric这个字，而是在scrf里面写read，然后在输入文件的最后给出溶剂半径、溶剂密度以及介电常数
2、关于显示的摆放溶剂分子，其实就是在溶质分子周围根据形成氢键的方式明确画出溶剂分子，摆放合适的位置、距离，然后再行计算——因为那种隐式的溶剂化模型都是比较粗糙的，只是把溶剂大环境当成一个背景的电场，小环境也就是被溶质分子占据形成一个空腔，这样的计算，个人感觉多少有点不靠谱。至于怎么摆，那要具体情况具体分析，靠的是经验，我一点不敢乱说，只是看过而已，没有经验。
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4楼2010-08-25 21:37:54
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showcat

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1882418楼: Originally posted by zhangmt at 2010-08-25 21:37:54:
1、自定义溶剂，通常，我不适用dielectric这个字，而是在scrf里面写read，然后在输入文件的最后给出溶剂半径、溶剂密度以及介电常数
2、关于显示的摆放溶剂分子，其实就是在溶质分子周围根据形成氢键的方式明确画 ...

那对于显式溶剂模型来说，如何确定构造的体系是在是在液相中而不是真空气相或者晶体结构呢？因为一般来讲计算分子在气体中的相互作用也是要这样设计初始构型的吧。
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化工人，初入计算领域
5楼2012-04-18 19:57:51
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