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kaluoyi2008

铁虫 (正式写手)

[求助] 请问Gauss中溶剂化的计算怎样指定溶剂 已有1人参与

刚开始学用Gauss计算溶液中的模型,摸索看了那个exploring chemistry后,
觉得那一章中溶剂化效应都是指定溶剂的吧,而且只有水,乙睛几种,
我现在的溶剂是离子液体,也不知道能不能算,还是只要输入溶剂的介电常数后,什么溶剂都能够算的呢
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wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
kaluoyi2008(金币+2): ★★★很有帮助 多谢啦! 2012-02-21 13:34:25
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM calculation for ionic solution according to the IEF-PCM formalism.)
RADII=UAHF (radii optimized for the HF/6-31G(d) level of theory )
TSARE=0.3 (Set the average area of the tesserae generated on each sphere in the cavity surface)
TABS=353 (绝对温度 K)
TSNUM=240 (每个分子表面的划分成多少小块)
EPS=13 (介电常数)
DENSITY=0.003883 (溶液密度)
VMOL=154.37  (溶剂的摩尔体积)
RSOLV=2.83  (溶剂分子的半径)
DISM=6.45 (离子强度,根据体系设定)

这里引入一些宏观物理量的目的是:使得你模拟的情况和真实体系接近。譬如你其他参数对了,但你的溶液的密度or离子强度不对都会给结果带来一定的误差。
2楼2012-02-14 03:19:02
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604758762

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wolfzhong at 2012-02-14 03:19:02:
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM cal ...

这个里面的参数也要写在高斯的命令里面吗?
3楼2012-02-14 09:13:37
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
kaluoyi2008(金币+2): ★★★很有帮助 多谢啦! 2012-02-21 13:34:34
是的 也写进GAUSSIAN的输入文件中,具体对应某种溶剂的参数的话在高斯说明书的溶剂模型里有的,你可以看看~
4楼2012-02-14 10:48:46
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kaluoyi2008

铁虫 (正式写手)

wolfzhong,十分感谢您上次的回复,可怜我这么长时间还是没搞定溶剂化这一块的计算,现在我还想请教几个问题:
1,关键词 SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) ,这个Solvent如果不出现,是不是默认的就是水
2,在你的例子中虽然指定的是DMSO,只是因为DMSO是一种gauss中提供的溶剂,因为接近你需要模拟的溶剂所以在用DMSO代替,然后用read读入需要模拟溶剂的一系列参数。这么说我也可以用Solvent选择一种程序中接近的溶剂l来代替想要模拟的真实体系,然后用read修改参数是吗?
3,在例子最后指定的一系列参数,是否都必须输入实验值,如果不输入的话,是否都是默认Solvent=溶剂的数值。
盼您赐教,感激不尽啊~~~
5楼2012-05-15 14:43:46
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by kaluoyi2008 at 2012-05-15 14:43:46
wolfzhong,十分感谢您上次的回复,可怜我这么长时间还是没搞定溶剂化这一块的计算,现在我还想请教几个问题:
1,关键词 SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) ,这个Solvent如果不出现,是不是默认的就是水
2,在你 ...

楼主你好,最近我刚刚接触高斯,计算加溶剂的,看到你的这个帖子,我也仔细的想了想,我想在咨询一下你。
1:溶剂如果在高斯守则中能查到,比如说苯是不是scrf=(slovent=toluene)。
2:如果再scrf中不写slovent,默认的是水是吧,但是如果没写solvent但是有read这个,说明溶剂是从文件的末尾读入的是吧,比如说scrf=(read)   文件的末尾写上溶剂的参数,和2楼说的一样。这样就能指定高斯中没有定义的溶剂了是吧?
3:我想问问,如果说使用高斯中没有的溶剂,利用上面说的方法就行,但是我想给他个名字,是不是可以这样写:scrf=(read,solvent=i love you),这样是不是定义了一个iloveyou的溶剂。参数我们在后面自己输入?
谢谢你,期待你的回答
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
6楼2014-07-06 21:10:56
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 604758762 at 2012-02-14 09:13:37
这个里面的参数也要写在高斯的命令里面吗?...

参数好像是写在文件的末尾,在坐标输入结束后空一行,就写参数,参数的结束标志是,在一个空行,我自己觉得是这样
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2014-07-06 21:12:59
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wolfzhong at 2012-02-14 03:19:02
可以,IEFPCM就合适离子型溶液,具体见help。
给个直接的例子:
SCRF=(IEFPCM,Read,Solvent=DMSO) SCF=tight  (这里DMSO和我想模拟的离子溶液接近)

SCFVAC (真空中用HF方法)
IONIC(Performs a PCM calcu ...

解释的好
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
8楼2014-07-06 21:13:22
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