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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » G03中溶剂化模型的选择
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Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] G03中溶剂化模型的选择

我是一个量化计算的本科生新手，现在在使用Gaussian03计算各种取代苯甲酸的Pka，其中使用ΔG来进行计算。不过结果发现并没有得到相对应的趋势，也就是说吸电子基给电子基所造成的ΔG都在H取代（苯甲酸）的一边，这趋势显然是不对的。
%nproc=4
%rwf=/tmp/b1gg.rwf,650mb,/tmp/ggb15.rwf,650mb,/tmp/ggb16.rwf,650mb,/tmp/bgg13.rwf,650mb,/tmp/bgg11.rwf,-1
%nosave
%chk=PCM-H.chk
%mem=2500MB
#P MP2/6-31+G* scrf=(pcm,read,solvent=Water) geom=check guess=read
scf=(maxcycl=500,nosymm,tight) int(grid=ultrafine) nosymm

PCM-H

-1 1

PCMDOC
OFAC=0.8
RMIN=0.5
SCFVAC

这是我的一个输入文件，是对于一个去质子化的分子做的量化计算。请问有什么建议意见么？
由于一开始用的b3lyp/6-311++G**这个基组，后来换的MP2/6-31+G*，趋势没有改变，最多是数据的一些变化。老师说试着换换IPCM或者CPCM的溶剂化模型，不过我不懂，不知道怎么写输入文件，请问谁能帮一下~是不是只是把括号里的PCM改成IPCM就好了？输出文件怎么读呢？？

再次感谢！！
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼 2013-01-14 16:01:12
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-01-15 14:22:28
没做过这种研究。直觉，应该是用解离的带负电荷的羧酸根形式减去中性形式的羧酸分子得到的用ΔG,才可能与pka有某种相关性.
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为了人类美好的明天！！
2楼2013-01-15 00:05:29
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by songyunlong at 2013-01-15 00:05:29
没做过这种研究。直觉，应该是用解离的带负电荷的羧酸根形式减去中性形式的羧酸分子得到的用ΔG,才可能与pka有某种相关性.

是的，我就是量化计算去质子化的一个羧酸分子和质子化的一个羧酸分子，做一下加减得到deltaG，但是得到的相关性不好...不知道怎么回事
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
3楼2013-01-15 14:09:47
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

好好看看文献里是怎么做的，应该有类似的文献的。如果没法实现文献里的计算，再来这里问吧
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为了人类美好的明天！！
4楼2013-01-15 14:52:02
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dumbgirl

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的solvent都等于water了，为什么还要在read呢？直接scrf=(pcm,solvent=water)不就行了吗
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5楼2013-01-15 22:01:13
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xjyuefan

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
scrf=(cpcm,solvent=water)
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6楼2013-01-16 09:48:26
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dumbgirl at 2013-01-15 22:01:13
你的solvent都等于water了，为什么还要在read呢？直接scrf=(pcm,solvent=water)不就行了吗

read的是我用低基组做的Opt优化把...geom=check guess=read
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
7楼2013-01-17 23:58:22
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

This method is very poor. Nothing about the solvation model.
Please take a look at the program Jaguar in Schrodinger. There is a superior method to calculate pKa shift.
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8楼2013-01-18 03:37:08
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xjyuefan at 2013-01-16 09:48:26
scrf=(cpcm,solvent=water)

你好，我只是一个本科生，对量化还不是很了解，我按照你说的选择了cpcm的溶剂化模型，就在我原有的输入文件将PCM改成了cpcm，但是g03是出错的，不知道能不能告诉我准确的输入方式呢...谢谢！
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9楼2013-01-19 18:22:23
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xjyuefan

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

# hf/3-21g scrf=(cpcm,solvent=water) geom=connectivity
这样写没错啊？你说出错了可能是别的参数有冲突吧？
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10楼2013-01-21 19:34:43
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