24小时热门版块排行榜    

查看: 2790  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] G03中溶剂化模型的选择

我是一个量化计算的本科生新手,现在在使用Gaussian03计算各种取代苯甲酸的Pka,其中使用ΔG来进行计算。不过结果发现并没有得到相对应的趋势,也就是说吸电子基给电子基所造成的ΔG都在H取代(苯甲酸)的一边,这趋势显然是不对的。
%nproc=4
%rwf=/tmp/b1gg.rwf,650mb,/tmp/ggb15.rwf,650mb,/tmp/ggb16.rwf,650mb,/tmp/bgg13.rwf,650mb,/tmp/bgg11.rwf,-1
%nosave
%chk=PCM-H.chk
%mem=2500MB
#P MP2/6-31+G* scrf=(pcm,read,solvent=Water) geom=check guess=read
scf=(maxcycl=500,nosymm,tight) int(grid=ultrafine) nosymm

PCM-H

-1 1

PCMDOC
OFAC=0.8
RMIN=0.5
SCFVAC

这是我的一个输入文件,是对于一个去质子化的分子做的量化计算。请问有什么建议意见么?
由于一开始用的b3lyp/6-311++G**这个基组,后来换的MP2/6-31+G*,趋势没有改变,最多是数据的一些变化。老师说试着换换IPCM或者CPCM的溶剂化模型,不过我不懂,不知道怎么写输入文件,请问谁能帮一下~是不是只是把括号里的PCM改成IPCM就好了?输出文件怎么读呢??

再次感谢!!
回复此楼
God‘s in his heaven,all's right with the world。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

This method is very poor. Nothing about the solvation model.
Please take a look at the program Jaguar in Schrodinger. There is a superior method to calculate pKa shift.
8楼2013-01-18 03:37:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-01-15 14:22:28
没做过这种研究。直觉,应该是用解离的带负电荷的羧酸根形式减去中性形式的羧酸分子得到的用ΔG,才可能与pka有某种相关性.
为了人类美好的明天!!
2楼2013-01-15 00:05:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by songyunlong at 2013-01-15 00:05:29
没做过这种研究。直觉,应该是用解离的带负电荷的羧酸根形式减去中性形式的羧酸分子得到的用ΔG,才可能与pka有某种相关性.

是的,我就是量化计算去质子化的一个羧酸分子和质子化的一个羧酸分子,做一下加减得到deltaG,但是得到的相关性不好...不知道怎么回事
God‘s in his heaven,all's right with the world。
3楼2013-01-15 14:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

好好看看文献里是怎么做的,应该有类似的文献的。如果没法实现文献里的计算,再来这里问吧
为了人类美好的明天!!
4楼2013-01-15 14:52:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +5 瞬息宇宙 2026-09-01 11/550 2026-09-02 14:15 by simwe390
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见