应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian SCRF 优化求助
81/1返回列表
查看: 1967  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

z5476t4508

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gaussian SCRF 优化求助

大家好，我最近在溶剂环境下做了一个优化计算，体系有140个原子，可是没有成功，搞了半天也没明白怎么回事，麻烦大家指点下原因，谢啦

输入文件：
******************************************
%chk=prod20ns.chk
%mem=480MW
%nproc=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
----------------------------
#p b3lyp/6-31g* opt scrf=pcm
----------------------------

报错是：
Leave Link  103 at Fri Nov 12 05:22:00 2010, MaxMem=  503316480 cpu:      75.1
(Enter /apps/g03/l202.exe)
Small interatomic distances encountered:
     2    1

     3    1

     3    2

     4    1

     4    2

     4    3

     5    1

     5    2

     5    3

     5    4

     6    1

     6    2

     6    3

     6    4

     6    5
     7    1

     7    2

     7    3

     7    4

     7    5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /apps/g03/l202.exe at Fri Nov 12 05:22:02 2010.
Job cpu time: 12 days  7 hours 53 minutes  2.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   6284 Int=      0 D2E=      0 Chk=     96 Scr=      1
                                                                                                                                                               40570,2       Bot
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-12 16:42:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-12 20:15:48
z5476t4508(金币+1):谢谢 2010-11-12 22:22:09
计算量很大啊 一可能你的结构有问题，二 去手册上看看PCM的说明吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-12 17:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-12 20:15:58
z5476t4508(金币+1):谢谢 2010-11-12 22:22:23
主要原因是初始结构不合理，某些原子之间的距离太近，导致按PCM缺省的联合原子模型计算分子溶剂化表面时出现无法闭合的情况。改进初始结构是避免这一错误的关键（尽管并不总能奏效）。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-12 17:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hliu

银虫 (初入文坛)
heyo_123:可以！ 2010-11-12 20:16:04
z5476t4508(金币+1):谢谢 我试试 2010-11-12 22:23:30
能不能在气相下先优化一下，再加溶剂条件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-12 18:04:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)
应该是初始结构不合理，某些原子靠的太近
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-12 20:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzfish

金虫 (正式写手)
可以改用其它的联合原子模型试试。
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-12 21:09:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

z5476t4508

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-12 17:33:48:
主要原因是初始结构不合理，某些原子之间的距离太近，导致按PCM缺省的联合原子模型计算分子溶剂化表面时出现无法闭合的情况。改进初始结构是避免这一错误的关键（尽管并不总能奏效）。

可是我用gview看了看log文件，没有离的很近的原子啊
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-12 22:23:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
z5476t4508(金币+1):谢谢!!! 2010-11-13 11:46:52
引用回帖:
Originally posted by z5476t4508 at 2010-11-12 22:23:10:
可是我用gview看了看log文件，没有离的很近的原子啊

这里的“近”是相对于PCM模型中联合原子的“半径”而言的，这就是为什么我在回帖中专门加了“未必奏效”的原因。至于PCM模型中为什么用到这样的“半径”就不是一两句话能说清的。建议看一下有关的文献，特别是原始文献。
赞一下 回复此楼
8楼2010-11-12 22:57:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 z5476t4508 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 299求调剂 +4 shxchem 2026-03-20 6/300 2026-03-21 11:54 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666！
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +9 一鸭鸭哟 2026-03-14 11/550 2026-03-19 17:22 by ！本暗一次！
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭