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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Gaussian SCRF 优化求助
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z5476t4508

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gaussian SCRF 优化求助

大家好，我最近在溶剂环境下做了一个优化计算，体系有140个原子，可是没有成功，搞了半天也没明白怎么回事，麻烦大家指点下原因，谢啦

输入文件：
******************************************
%chk=prod20ns.chk
%mem=480MW
%nproc=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
----------------------------
#p b3lyp/6-31g* opt scrf=pcm
----------------------------

报错是：
Leave Link  103 at Fri Nov 12 05:22:00 2010, MaxMem=  503316480 cpu:      75.1
(Enter /apps/g03/l202.exe)
Small interatomic distances encountered:
     2    1

     3    1

     3    2

     4    1

     4    2

     4    3

     5    1

     5    2

     5    3

     5    4

     6    1

     6    2

     6    3

     6    4

     6    5
     7    1

     7    2

     7    3

     7    4

     7    5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /apps/g03/l202.exe at Fri Nov 12 05:22:02 2010.
Job cpu time: 12 days  7 hours 53 minutes  2.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   6284 Int=      0 D2E=      0 Chk=     96 Scr=      1
                                                                                                                                                               40570,2       Bot
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1楼 2010-11-12 16:42:16
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！ 2010-11-12 20:15:48
z5476t4508(金币+1):谢谢 2010-11-12 22:22:09
计算量很大啊 一可能你的结构有问题，二 去手册上看看PCM的说明吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-12 17:00:40
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-11-12 20:15:58
z5476t4508(金币+1):谢谢 2010-11-12 22:22:23
主要原因是初始结构不合理，某些原子之间的距离太近，导致按PCM缺省的联合原子模型计算分子溶剂化表面时出现无法闭合的情况。改进初始结构是避免这一错误的关键（尽管并不总能奏效）。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-12 17:33:48
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hliu

银虫 (初入文坛)
heyo_123:可以！ 2010-11-12 20:16:04
z5476t4508(金币+1):谢谢 我试试 2010-11-12 22:23:30
能不能在气相下先优化一下，再加溶剂条件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-12 18:04:28
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boylc789

木虫 (著名写手)
应该是初始结构不合理，某些原子靠的太近
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5楼2010-11-12 20:43:34
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hzfish

金虫 (正式写手)
可以改用其它的联合原子模型试试。
赞一下 回复此楼
6楼2010-11-12 21:09:35
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z5476t4508

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-12 17:33:48:
主要原因是初始结构不合理，某些原子之间的距离太近，导致按PCM缺省的联合原子模型计算分子溶剂化表面时出现无法闭合的情况。改进初始结构是避免这一错误的关键（尽管并不总能奏效）。

可是我用gview看了看log文件，没有离的很近的原子啊
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7楼2010-11-12 22:23:10
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ykwang

金虫 (正式写手)
z5476t4508(金币+1):谢谢!!! 2010-11-13 11:46:52
引用回帖:
Originally posted by z5476t4508 at 2010-11-12 22:23:10:
可是我用gview看了看log文件，没有离的很近的原子啊

这里的“近”是相对于PCM模型中联合原子的“半径”而言的，这就是为什么我在回帖中专门加了“未必奏效”的原因。至于PCM模型中为什么用到这样的“半径”就不是一两句话能说清的。建议看一下有关的文献，特别是原始文献。
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8楼2010-11-12 22:57:11
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