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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】请教siesta3.0-beta如何计算PDOS、overlap population及coop
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xiaosi8758

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教siesta3.0-beta如何计算PDOS、overlap population及coop已有4人参与

以下是我的输入文本，请高手指教。
1、fdf文本中SCF模块、驰豫、PDOS-Overlap population-COOP的顺序有区别吗？
2、我的是块体结构，驰豫时用
MD.TypeOfRun         CG
MD.NumCGsteps       500
MD.UseSaveCG         yes
MD.UseSaveXV         yes                                                   
UseSaveData          yes      
是否合理？

=================================================
Ti10Si6                    # Just a label by itself

NumberOfSpecies            2
NumberOfAtoms              16            # Set an integer parameter

xc.functional GGA
xc.authors PBE


MeshCutoff                200.0 Ryd     # Example of physical magnitude
factor-Value    3.14e10                 # Alternate label appearance
nameOFfile      Ti5Si3                 # A multiword string

%block ChemicalSpeciesLabel
1 14 Si
2 22 Ti
%endblock ChemicalSpeciesLabel

latticeconstant  1.000  Ang
%block LatticeVectors
       6.446693105771364      -3.722000000000003       0.000000000000000
       0.000000000000000       7.444000000000002       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       5.143000000000001
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  ScaledCartesian
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies               # Read block from file
    0.6150000095367443   0.0000000000000000   0.2500000000000000 1
    0.0000000000000000   0.6150000095367442   0.2500000000000000 1
   -0.6150000095367443  -0.6150000095367442   0.2500000000000000 1
   -0.6150000095367443  -0.0000000000000000   0.7500000000000000 1
   -0.0000000000000000  -0.6150000095367442   0.7500000000000000 1
    0.6150000095367443   0.6150000095367442   0.7500000000000000 1
    0.3333333333333334   0.6666666666666666  -0.0000000000000000 2
   -0.3333333333333334  -0.6666666666666666   0.5000000000000000 2
   -0.3333333333333334  -0.6666666666666666   0.0000000000000000 2
    0.3333333333333334   0.6666666666666666   0.5000000000000000 2
    0.2399999946355824   0.0000000000000000   0.2500000000000000 2
    0.0000000000000000   0.2399999946355824   0.2500000000000000 2
   -0.2399999946355824  -0.2399999946355824   0.2500000000000000 2
   -0.2399999946355824  -0.0000000000000000   0.7500000000000000 2
   -0.0000000000000000  -0.2399999946355824   0.7500000000000000 2
    0.2399999946355824   0.2399999946355824   0.7499999999999999 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block AtomicMass
1 28.0849990845
2 47.9000015259
%endblock AtomicMass

Harris_functional          F     # Default value
MaxSCFIterations        500
SCFMustConverge        F     

LongOutput              T                              WriteEigenvalues              F     # Default value    WriteCoorStep              T                           WriteCoorInitial              T                        WriteMDhistory              F     # Default value      WriteMDXmol              F     # Default value         UseSaveData              F     # Default value         WriteKpoints              F     # Default value        WriteForces              T                             WriteDM              T                                 WriteBands              T                              WriteKbands              T                             WriteMullikenPop       3      
COOP.Write              T   
WriteCoorInitial     yes                                                   
WriteCoorStep        yes                                                   
WriteCoorCerius      yes                                                   
WriteCoorXmol        yes                                                   
MD.TypeOfRun         CG
MD.NumCGsteps       500
MD.UseSaveCG         yes
MD.UseSaveXV         yes                                                   
UseSaveData          yes                                                  
WriteForces          yes
AtomicCoordinatesFormat  Ang   

#%block ProjectedDensityOfStates
#-10.00   2.00  0.02  1000  eV
#%endblock ProjectedDensityOfStates
#
#%block LocalDensityOfStates
# -6.00   2.00  eV
#%endblock LocalDensityOfStates
=============================================
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1楼2010-05-22 16:04:14
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
xiaosi8758(金币+10): 2010-05-22 16:47:57
zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-05-22 23:17:58
引用回帖:
Originally posted by xiaosi8758 at 2010-05-22 09:04:14:
以下是我的输入文本，请高手指教。
1、fdf文本中SCF模块、驰豫、PDOS-Overlap population-COOP的顺序有区别吗？
2、我的是块体结构，驰豫时用
MD.TypeOfRun         CG
MD.NumCGsteps       500
MD.UseSaveC ...

你这种弛豫不是很合适吧？一个原胞里包含了两个格点，并且你在弛豫的时候你的原胞的大小不变化。如果你现在选取的原胞太小，原胞大小不变化，你吃鱼出来的结果对吗？
好像对块体做弛豫的，一般一个机构算一个能量，找出能量最低的点对应的晶格常数。几何结构的描述用分数坐标。给出一个latticeconstant，优化一个几何结构，当然原胞内只包含一个格点最方便。找到一个latticeconstant使得原胞的能量最小。这个时候这个值就是晶格常数，相应的优化出来的结构就是每个格点上的结合结构。我以前没有做过块体的优化。听一个师兄说，他对块体金属就是这么找出晶格常数来的。
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弘德明志博学笃行
2楼2010-05-22 16:25:01
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xiaosi8758

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-22 16:25:01:

你这种弛豫不是很合适吧？一个原胞里包含了两个格点，并且你在弛豫的时候你的原胞的大小不变化。如果你现在选取的原胞太小，原胞大小不变化，你吃鱼出来的结果对吗？
好像对块体做弛豫的，一般一个机构算一个能 ...

我不用驰豫了。因为这个晶格常数是在MS里得到的，已经优化了的晶格常数，所以这块儿没有问题。
我就是想用siesta自洽计算一回，得到PDOS，你看看这些参数合理不？还有什么遗漏的。MANY THANKS！！！！
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3楼2010-05-22 16:49:38
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
xiaosi8758(金币+1):谢谢参与
xiaosi8758(金币+10):谢谢了 2010-05-22 20:14:36
zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-05-22 23:19:38
引用回帖:
Originally posted by xiaosi8758 at 2010-05-22 09:49:38:

   
我不用驰豫了。因为这个晶格常数是在MS里得到的，已经优化了的晶格常数，所以这块儿没有问题。
我就是想用siesta自洽计算一回，得到PDOS，你看看这些参数合理不？还有什么遗漏的。MANY THANKS ...

你要是不弛豫的话，MD.NumCGsteps       00
另外你要是仅仅为了得到PDOS的话，你用
%block ProjectedDensityOfStates
-10.00   2.00  0.02  1000  eV
%endblock ProjectedDensityOfStates
就行，要是想用COOP的话，直接用COOP.Write              T 好像就可以。
你可以自己试试。
计算起来应该挺快的，你自己算一下就知道了。
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弘德明志博学笃行
4楼2010-05-22 16:55:00
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★
xiaosi8758(金币+1):谢谢参与
xiaosi8758(金币+10):谢谢~~~ 2010-05-22 20:14:53
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-22 16:55:00:

你要是不弛豫的话，MD.NumCGsteps       00
另外你要是仅仅为了得到PDOS的话，你用
%block ProjectedDensityOfStates
-10.00   2.00  0.02  1000  eV
%endblock ProjectedDensityOfStates
就行，要是想用C ...

正解，就是这样，算好之后，就会有DOS和PDOS两个文件的
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5楼2010-05-22 17:45:50
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xiaosi8758

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by y1ding at 2010-05-22 17:45:50:

正解，就是这样，算好之后，就会有DOS和PDOS两个文件的

但是我计算完结果没有输出文件啊，不知道哪个模块缺失了。。。。
我已经把驰豫步数设为0。。。
下面是我所有的结果。。。
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6楼2010-05-22 21:03:37
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langgenet

木虫 (正式写手)

狼哥
★
xiaosi8758(金币+1):谢谢参与
xiaosi8758(金币+10): 2010-05-22 21:40:38
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-05-22 16:55:00:

你要是不弛豫的话，MD.NumCGsteps       00
另外你要是仅仅为了得到PDOS的话，你用
%block ProjectedDensityOfStates
-10.00   2.00  0.02  1000  eV
%endblock ProjectedDensityOfStates
就行，要是想用C ...

应该是这样的
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细节决定成败
7楼2010-05-22 21:20:11
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xiaosi8758

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by langgenet at 2010-05-22 21:20:11:

应该是这样的

能不能帮我检查看看  我缺少哪个输出文件  计算PDOS的地方 我会设置了 但是一些基本的输出设置 我还不懂得
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8楼2010-05-22 21:40:28
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢 2010-05-22 23:20:17
引用回帖:
Originally posted by xiaosi8758 at 2010-05-22 21:03:37:


但是我计算完结果没有输出文件啊，不知道哪个模块缺失了。。。。
我已经把驰豫步数设为0。。。
下面是我所有的结果。。。

你的fdf里面加上
%block ProjectedDensityOfStates
-10.00   2.00  0.02  1000  eV
%endblock ProjectedDensityOfStates
了吗？
加上这段就应该有了
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-05-22 22:04:21
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
xiaosi8758(金币+10): 2010-05-22 22:13:47
zzy870720z(金币+2):感谢指导 2010-05-22 23:20:34
引用回帖:
Originally posted by xiaosi8758 at 2010-05-22 21:40:28:


能不能帮我检查看看  我缺少哪个输出文件  计算PDOS的地方 我会设置了 但是一些基本的输出设置 我还不懂得

试算了一下你的fdf
有两个问题：
1. MeshCutoff                200.0 Ry  这里是Ry 你打成了Ryd
2.你用的是 AtomicCoordinatesFormat  ScaledCartesian，
这样计算出现
siesta: WARNING: Atoms     1    11 too close: rij =    0.375000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     2    12 too close: rij =    0.375000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     3     9 too close: rij =    0.380139 Ang
siesta: WARNING: Atoms     4    14 too close: rij =    0.375000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     5    15 too close: rij =    0.375000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     6    10 too close: rij =    0.380139 Ang
siesta: WARNING: Atoms     7    10 too close: rij =    0.500000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     8     9 too close: rij =    0.500000 Ang
siesta: WARNING: Atoms     9    13 too close: rij =    0.503245 Ang
siesta: WARNING: Atoms    10    16 too close: rij =    0.503245 Ang
siesta: WARNING: Atoms    11    12 too close: rij =    0.339411 Ang
siesta: WARNING: Atoms    14    15 too close: rij =    0.339411 Ang
怀疑是不是应该是 AtomicCoordinatesFormat Fractional
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10楼2010-05-22 22:10:33
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