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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

[求助] siesta运行，forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

outcell: Unit cell vectors (Ang):
       60.552510    0.000000    0.000000
        0.000000   61.148290    0.000000
        0.000000    0.000000   30.000000

outcell: Cell vector modules (Ang)   :   60.552510   61.148290   30.000000
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)        : 111080.4733

InitMesh: MESH =   360 x   360 x   180 =    23328000
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    90.000    95.794 Ry

* Maximum dynamic memory allocated =  1133 MB
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
siesta             0000000000766BF8  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000073FDDF  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000738330  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000050B44E  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000449E11  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000436745  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000053069B  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000040968C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F682B4EA8A4  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000409599  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
siesta             0000000000766BF8  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000073FDDF  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000738330  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000050B44E  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000449E11  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000436745  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000053069B  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             000000000040968C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F013157F8A4  Unknown               Unknown  Unknown
siesta             0000000000409599  Unknown               Unknown  Unknown
yhrun: error: cn260: tasks 0-1: Exited with exit code 174

这是在两个核上面跑的，如果放在一个核上面跑就没有问题，可以算下去。。。肿麽回事？
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1楼 2011-07-22 13:41:48
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
ellsaking(金币+1): 感谢帮助 2011-07-22 16:46:11
hnuzhoulin(金币+5): 谢谢，我换到10也一样，我编译的是2.02版，貌似是可以ifort11的 2011-07-25 08:41:11
估计楼主用的ifort11或是更高版本的intel编译器编译的程序吧，解决的办法有两个，可以参照博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
应该能解决你的问题
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2楼2011-07-22 16:29:35
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wenjlu

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-07-22 22:07:40
内存溢出了。
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3楼2011-07-22 16:36:24
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-07-22 22:08:09
不是内存溢出的问题，siesta并行遇到这种情况，一般都是编译的问题，因为单核能运行，不是内存溢出。
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4楼2011-07-22 16:49:11
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:29:35:
估计楼主用的ifort11或是更高版本的intel编译器编译的程序吧，解决的办法有两个，可以参照博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
应该能解决 ...

我尝试在家目录下面安装了ifort10，而且在译之前确认了mpif90是指向ifort10的，但是结果还是一样的啊。

   我尝试自己安装mpich2，利用mpiexec就可以在主节点上面多核计算，但是由于天河的任务管理系统是和他自己的MPI一起的，所以自己安装，pi貌似没法教导后台计算。。。

  会不会是mpi的问题呢？
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5楼2011-07-25 08:40:18
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:49:11:
不是内存溢出的问题，siesta并行遇到这种情况，一般都是编译的问题，因为单核能运行，不是内存溢出。

又没有可能是mpi的问题呢？
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6楼2011-07-25 08:41:42
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:29:35:
估计楼主用的ifort11或是更高版本的intel编译器编译的程序吧，解决的办法有两个，可以参照博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
应该能解决 ...

问题是我用ifort11，和openmpi，然后直接登陆到计算节点是可以正常计算的啊。
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7楼2011-08-10 12:02:10
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-10 22:38:06
hnuzhoulin(金币+5): 关于切换mpi以及相关变量的问题，我曾经试过，但是还是老问题 2011-10-12 12:31:52
在这里回复了你
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3416206&pid=1466020&page=2#pid1466020
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2011-10-10 16:45:35
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