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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-25 09:49:54:
贴出你 的arch.make，看看

#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996-2006.
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90

RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 ###-i-static
#DUMMY_FOX= --enable-dummy
FFLAGS_DEBUG= -g -O2
FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/vol6/intellib/mkl -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide -lpthread
LAPACK_LIBS=-L/vol6/intellib/mkl -lmkl_lapack95_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
BLACS_LIBS=-L/vol6/intellib/mkl -lmkl_blacs_lp64 -lpthread
SCALAPACK_LIBS=-L/vol6/intellib/mkl -lmkl_scalapack_lp64 -lpthread

COMP_LIBS=dc_lapack.a  liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/vol6/home/caeuser/wangyuhu/soft/mpi_default/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
        $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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11楼2011-08-10 11:04:07
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-23 19:28:56
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-11 09:04:54
事实上，俺也遇到相似的问题了，提示的是libmkl_def.so有问题。使用的是ifort 12，后来去掉了arch.make中忘记做了哪些修改，总算得到了能计算的，使用的库为：
-lmkl_blacs_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_intel_lp64 -lmkl_def -lmkl_core -lmkl_scalapack_lp64 -lpthread
但是编译后又出现了问题，那就是串行计算一切正常，但是并行时就会提示
CODE:
Fatal error in PMPI_Comm_size: Invalid communicator, error stack:
PMPI_Comm_size(111): MPI_Comm_size(comm=0x5b, size=0xca600c) failed
PMPI_Comm_size(69).: Invalid communicator

我使用的是MPICH2，用ifort 12编译的。已经顺利的用在VASP 5.2，Quantum-ESPRESSO v4.3.1，ELK 1.3.31，Exciting Code He及Abinit v6.8.1上了，都没啥问题，怎么会偏偏在Siesta上就挂了呢……
有没有也碰到这样的问题的……Siesta的编译还真折磨人～
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思想重于技巧，内涵重于表象
12楼2011-09-23 16:27:09
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
uuv2010(金币+2): 多谢提示 2011-10-11 09:05:16
hnuzhoulin(金币+10): 这个问题可能是这个原因，但是那个segmentation错误不是这个原因 2011-10-12 12:31:12
这样的问题很常见，我经常出现这样的问题，原因是用不同mpi编译不同的软件，在运行的不同的软件就需要改变mpi的环境变量，如果没改就是出现这样的问题。你把你的有关mpi的环境改成你编译用的mpi就行了。有时还要清除原有的环境变量（比较危险，如果自己不懂的话不建议使用），然后加入新的
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
13楼2011-10-10 16:44:56
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hhspace

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
mazuju028(金币+2): 谢谢交流 2011-11-19 18:06:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by hnuzhoulin at 2011-07-22 10:50:44:
可以啊，我们就在上面用着呢，呵呵。

在这里编译siesta的时候，编译能够通过，在test目录下面也是可以计算的。但是在测试某些比较大的体系的时候会出现segmentation fault的问题。。

是否需要重新安装mkl库？

这个问题我也碰到了，现在已经解决。下面是解决方法，我也是转来的。你看看是否有用。

修改系统资源的限制，把以下语句写在.bashrc的最后
# set unlimited stack size
ulimit -s unlimited
选那一个取决于你的Linux系统。你自己试一下就知道。
赞一下(1人) 回复此楼
薄积而后发
14楼2011-11-19 11:57:15
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