24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 3178  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

[求助] 原来编译的siesta突然不能用,重新编译没错,运行出错

前几天才尝试用gfortran和mpich2编译siesta,通过了,并且在test目录和example、目录下都能够计算得到差不多的结果。由于当时安装的mpich2用的是mpd,后来改用新版的mpich2换hydra作为进程调度的系统,于是重新编译了一下:这次尝试用ifort10+mpich2,编译过程没什么错误,但是在test目录下make,得到的错误如下:
CODE:
[zhoulin@cluster h2o]$ make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential file for H...
    ==> Copying pseudopotential file for O...
    ==> Running SIESTA as ../../../Src/siesta
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002B54A3C4CF8F  Unknown               Unknown  Unknown
make: *** [completed] Error 174

于是我将可执行文件拷贝到第一次正确运行(gfortran编译成功那次)的目录,再次  ./siestaCODE:
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:            1  Label: O Atomic number:           8
Species number:            2  Label: H Atomic number:           1
Ground state valence configuration:   2s02  2p04
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf
Semicore shell(s) with -5 electrons included in the valence for
O
Ground state valence configuration:   1s01
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf
O                    must be in PAO.Basis (it has semicore states)
Stopping Program from Node:    0
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
[unset]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

不明白啊,为啥编译没问题,运行却出错??

还有曾经还编译出一个版本,在前台可以算,rocks集群系统交到后台有进程,但是不计算,郁闷啊。

求教。

[ Last edited by hnuzhoulin on 2011-7-19 at 16:02 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
uuv2010(金币+2): 多谢提示 2011-10-11 09:05:16
hnuzhoulin(金币+10): 这个问题可能是这个原因,但是那个segmentation错误不是这个原因 2011-10-12 12:31:12
这样的问题很常见,我经常出现这样的问题,原因是用不同mpi编译不同的软件,在运行的不同的软件就需要改变mpi的环境变量,如果没改就是出现这样的问题。你把你的有关mpi的环境改成你编译用的mpi就行了。有时还要清除原有的环境变量(比较危险,如果自己不懂的话不建议使用),然后加入新的
嘟啦啦嘟啦啦嘟
13楼2011-10-10 16:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

identation

金虫 (著名写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-07-21 13:23:59
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统
2楼2011-07-19 20:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by identation at 2011-07-19 20:22:05:
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统

哎,确实啊。
我是帮人编译,不用他的,问题多多。。
3楼2011-07-20 11:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖


贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-07-20 13:55:57
hnuzhoulin(金币+5): 2011-07-20 16:14:00
貌似mkl库的问题。
linux就是通过牺牲用户体验的方式来保证程序在不同的CPU上都能够高效率运行。设计理念与windows是完全不同的。
4楼2011-07-20 11:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见