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hnuzhoulin金虫 (小有名气)
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[求助]
原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错
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前几天才尝试用gfortran和mpich2编译siesta，通过了，并且在test目录和example、目录下都能够计算得到差不多的结果。由于当时安装的mpich2用的是mpd，后来改用新版的mpich2换hydra作为进程调度的系统，于是重新编译了一下：这次尝试用ifort10+mpich2，编译过程没什么错误，但是在test目录下make，得到的错误如下： 于是我将可执行文件拷贝到第一次正确运行（gfortran编译成功那次）的目录，再次 ./siesta initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ---------- Species number: 1 Label: O Atomic number: 8 Species number: 2 Label: H Atomic number: 1 Ground state valence configuration: 2s02 2p04 Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf Semicore shell(s) with -5 electrons included in the valence for O Ground state valence configuration: 1s01 Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf O must be in PAO.Basis (it has semicore states) Stopping Program from Node: 0 application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 [unset]: aborting job: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 不明白啊，为啥编译没问题，运行却出错？？ 还有曾经还编译出一个版本，在前台可以算，rocks集群系统交到后台有进程，但是不计算，郁闷啊。 求教。 [ Last edited by hnuzhoulin on 2011-7-19 at 16:02 ] |
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souledge
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gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-23 19:28:56
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-11 09:04:54
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-23 19:28:56
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-11 09:04:54
 事实上，俺也遇到相似的问题了，提示的是libmkl_def.so有问题。使用的是ifort 12，后来去掉了arch.make中忘记做了哪些修改，总算得到了能计算的，使用的库为：-lmkl_blacs_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_intel_lp64 -lmkl_def -lmkl_core -lmkl_scalapack_lp64 -lpthread 但是编译后又出现了问题，那就是串行计算一切正常，但是并行时就会提示 我使用的是MPICH2，用ifort 12编译的。已经顺利的用在VASP 5.2，Quantum-ESPRESSO v4.3.1，ELK 1.3.31，Exciting Code He及Abinit v6.8.1上了，都没啥问题，怎么会偏偏在Siesta上就挂了呢…… 有没有也碰到这样的问题的……Siesta的编译还真折磨人～ |
12楼2011-09-23 16:27:09
2楼2011-07-19 20:22:05
hnuzhoulin
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