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【分享】SIESTA中Bader analysis
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Mulliken分布会因基组的不同,方法的不同结果差异很大,甚至有时候出来错误的结果。 除了Mulliken分布,现在还有其他的一些原子电荷布局分析方法:例如Natural bond orbital analysis(NBO),Lowdin analysis,Bader analysis方法。 现在主要简单介绍一下Bader analysis分析方法在SIESTA中的应用。 首先给出Bader analysis的网站(http://theory.cm.utexas.edu/bader/),从上面可以免费下载到分析的代码。其中咱们就用grid version(Version 0.27c)作分析,这个版本可以读取cube文件。 (当然做高斯计算的,也可以准备好空间电荷分布的cube文件,做Bader分析) 下面就要给出SIESTA中空间电荷分布的cube文件。 在SIESTA计算中如果设置SaveTotalCharge T的话,就会在输出文件中出现.TOCH文件,这个文件记录的是空间总电荷的分布。下面应用SIESTA自带的Util\Contrib\APostnikov中的rho2xsf的修改版本rho2cube(见附件,或者将Util\Grid下面的grid2cube.f文件头部添加一行: if (task .eq. 'toch') then fnamein = paste(sysname,'.TOCH') 重新编译,也可以将TOCH转化为cube格式。)将.TOCH转化为cube格式。然后做Bader analysis。 以上摘编自http://voznyy.elinity.com/blog/2 ... alysis-with-siesta/ [ Last edited by zhangguangping on 2011-4-9 at 03:54 ] 下面是单独的rho2cube的源代码,编译生成目标文件rho2cube[ Last edited by zhangguangping on 2011-12-8 at 19:14 ] 现在的siesta-3.1-pl9版本(以及相应更高版本)已经添加了bader分析的功能,可以参照手册来进行bader分析。并且分析中已经对有H存在的体系对H添加了一个artificial core of 1 electron. 具体分析参照手册。 [ Last edited by zhangguangping on 2012-7-16 at 10:35 ] 注:rho2cube可以处理晶格矢量不正交的情况,而grid2cube只能处理晶格矢量正交的情况。 [ Last edited by zhangguangping on 2013-5-26 at 19:56 ][ Last edited by zhangguangping on 2013-5-26 at 20:09 ] |
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youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 08:58:11
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VASP的bader analysis早就已经做好了,就在官网上。并且当时首先是针对VASP做的。grid版本是后来发展的。 http://theory.cm.utexas.edu/bader/ -------------------------------- 02/23/11 - Version 0.27b Released Properly reads CHGCAR files from vasp > 5.2.11. -------------------------------- |
5楼2011-04-11 08:24:28
2楼2011-04-09 00:11:30
4楼2011-04-11 00:16:35
6楼2011-04-11 09:01:06
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8楼2011-04-11 09:16:05
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youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 12:18:04
youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 12:18:04
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那我就不清楚了,我没有使用过VASP。不过你可以到官方的论坛上去找找答案。 我对SIESTA的分析还是很可以理解的。 http://theory.cm.utexas.edu/forum/ |
9楼2011-04-11 10:22:28
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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测试单个h2o分子,代码里面有VASP自带结果,基本与文献相近: 氧得到电子8-9.2510 =-1.25 H失去电子1-0.3766=+0.62 ACF.data # X Y Z CHARGE MIN DIST ATOMIC VOL -------------------------------------------------------------------------------- 1 0.0000 1.4304 0.9841 0.3766 0.2341 432.6947 2 0.0000 0.0000 -0.1230 9.2510 1.3756 2641.8385 3 0.0000 -1.4304 0.9841 0.3766 0.2341 432.6947 -------------------------------------------------------------------------------- VACUUM CHARGE: 0.0000 VACUUM VOLUME: 0.0000 NUMBER OF ELECTRONS: 10.0041 为啥我用siesta无法重复人家的结果呢? 输入: SystemName h2o SystemLabel h2o NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 1 H 2 8 O %endblock ChemicalSpeciesLabel NumberOfAtoms 3 LatticeConstant 1 Ang %block LatticeParameters 10.0000 10.0000 10.0000 90.0000 90.0000 90.0000 %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 5.000000000 5.000000000 5.000000000 2 O 1 4.243479473 5.000000000 5.617549706 1 H 2 5.782679059 5.000000000 5.583644457 1 H 3 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies SolutionMethod diagon PAO.BasisSize DZP #DM.UseSaveDM #DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 6 WriteForces MD.MaxForceTol 0.01 eV/Ang #MeshCutoff 200.0000000 Ry MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 100 #MD.VariableCell .TRUE. XC.functional GGA XC.authors PBE SlabDipoleCorrection .true. #SpinPolarized .true. WriteMullikenPop 1 SaveRho .true. SaveDeltaRho .true. SaveIonicCharge .true. SaveTotalCharge .true. 其中,Mulliken输出为: mulliken: Atomic and Orbital Populations: Species: H Atom Qatom Qorb 1s 1s 1Ppy 1Ppz 1Ppx 2 1.136 0.437 0.455 0.103 0.103 0.038 3 1.136 0.437 0.455 0.103 0.098 0.044 Species: O Atom Qatom Qorb 2s 2s 2py 2pz 2px 2py 2pz 2px 2Pdxy 2Pdyz 2Pdz2 2Pdxz 2Pdx2-y2 1 5.728 0.804 0.579 1.734 1.292 0.562 0.057 0.174 0.506 0.000 0.003 0.004 0.013 0.002 mulliken: Qtot = 8.000 后处理: ./rho2cube h2o A 0 0 0 10.000000 0.000000 0.000000 0.000000 10.000000 0.000000 0.000000 0.000000 10.000000 20 20 20 TOCH 然后 bader h2o.cube 得到ACF.dat # X Y Z CHARGE MIN DIST ---------------------------------------------------------------- 1 9.4676 9.4486 9.5486 -0.5815 4.7254 2 8.0955 9.4486 10.7618 0.0000 5.6958 3 10.9913 9.4486 10.5653 0.0000 5.6824 ---------------------------------------------------------------- NUMBER OF ELECTRONS: -0.58154 完全不对~ 折腾了一下午,还没搞定~ [ Last edited by hw45888792 on 2011-8-1 at 20:01 ] |
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