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【分享】SIESTA中Bader analysis
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Mulliken分布会因基组的不同，方法的不同结果差异很大，甚至有时候出来错误的结果。 除了Mulliken分布，现在还有其他的一些原子电荷布局分析方法：例如Natural bond orbital analysis（NBO），Lowdin analysis，Bader analysis方法。 现在主要简单介绍一下Bader analysis分析方法在SIESTA中的应用。 首先给出Bader analysis的网站(http://theory.cm.utexas.edu/bader/)，从上面可以免费下载到分析的代码。其中咱们就用grid version（Version 0.27c）作分析，这个版本可以读取cube文件。 (当然做高斯计算的，也可以准备好空间电荷分布的cube文件，做Bader分析) 下面就要给出SIESTA中空间电荷分布的cube文件。 在SIESTA计算中如果设置SaveTotalCharge T的话，就会在输出文件中出现.TOCH文件，这个文件记录的是空间总电荷的分布。下面应用SIESTA自带的Util\Contrib\APostnikov中的rho2xsf的修改版本rho2cube（见附件，或者将Util\Grid下面的grid2cube.f文件头部添加一行： if (task .eq. 'toch') then fnamein = paste(sysname,'.TOCH') 重新编译，也可以将TOCH转化为cube格式。）将.TOCH转化为cube格式。然后做Bader analysis。 以上摘编自http://voznyy.elinity.com/blog/2 ... alysis-with-siesta/ [ Last edited by zhangguangping on 2011-4-9 at 03:54 ] 下面是单独的rho2cube的源代码，编译生成目标文件rho2cube[ Last edited by zhangguangping on 2011-12-8 at 19:14 ] 现在的siesta-3.1-pl9版本(以及相应更高版本)已经添加了bader分析的功能，可以参照手册来进行bader分析。并且分析中已经对有H存在的体系对H添加了一个artificial core of 1 electron. 具体分析参照手册。 [ Last edited by zhangguangping on 2012-7-16 at 10:35 ] 注：rho2cube可以处理晶格矢量不正交的情况，而grid2cube只能处理晶格矢量正交的情况。 [ Last edited by zhangguangping on 2013-5-26 at 19:56 ][ Last edited by zhangguangping on 2013-5-26 at 20:09 ] |
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youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 12:18:04
youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 12:18:04
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那我就不清楚了，我没有使用过VASP。不过你可以到官方的论坛上去找找答案。 我对SIESTA的分析还是很可以理解的。 http://theory.cm.utexas.edu/forum/ |
9楼2011-04-11 10:22:28
4楼2011-04-11 00:16:35
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youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 08:58:11
youzhizhe(金币+2): 谢谢提示。 2011-04-11 08:58:11
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VASP的bader analysis早就已经做好了，就在官网上。并且当时首先是针对VASP做的。grid版本是后来发展的。 http://theory.cm.utexas.edu/bader/ -------------------------------- 02/23/11 - Version 0.27b Released Properly reads CHGCAR files from vasp > 5.2.11. -------------------------------- |
5楼2011-04-11 08:24:28
6楼2011-04-11 09:01:06
简单回复
qjj_fighting10楼
2011-04-28 10:27
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五星好评 顶一下，感谢分享！
nicailing11楼
2011-07-06 09:32
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五星好评 顶一下，感谢分享！
